AutoScript TEM Software scripting environment

Thermo Scientific AutoScript TEM Software is a scripting environment combining a TEM-specific Python API with the Python editor. Thermo Scientific software packages for electron/ion microscopy, such as Maps Software and Tomography Software for automation and for mapping, are great for making collection of standard information easy. However, industrial automation and fundamental research often require advanced techniques for imaging and analysis that cannot be covered in the scope of general purpose software. AutoScript TEM Software provides access to the microscope controls in a Python environment to define your application tailored to the question at hand.

Automated electron microscopy workflows

AutoScript TEM Software for TEM is the customization toolkit tor transmission electron microscopes. Built around Python, it provides you the power to automate workflows and associated processing pipelines built to solve specific research questions.

AutoScript TEM Software:

  • Provides a direct link between research needs and microscope automation
  • Enables improved reproducibility and accuracy
  • Focuses time on the microscope for higher throughput
  • Empowers new scientific results

 


Key features

 

Automated electron microscopy and TEM imaging

 

Integrated IDE

An integrated development environment (IDE) makes it easy to get up and running with AutoScript TEM Software. Object browsing and syntax tools with auto completion are all included to ensure a rich user experience and rapid, consistent scripting framework.

Python

Harness the power of your microscope using the most popular scientific programming language. AutoScript TEM Software is built on Python 3.5 and includes a number of pre-installed libraries for scientific computing, data analysis, data visualization, image processing, and machine learning.


Specifications

Hoja de estilo para las especificaciones de la tabla de productos
System requirements
  • Thermo Scientific Spectra or Talos (S)TEM with Windows 10 operating system
Common packages
  • NumPy, SciPy, Pandas, OpenCV, SciKit-image, Matplotlib, Jupyter
Application examples
  • Acquisition of STEM images from 12 segments of Panther STEM and HAADF simultaneously
  • Tile acquisition in TEM and STEM
  • Work with apertures
  • Display of image metadata
  • Focus series acquisition
  • Acquire SmartCam image
  • Acquire rocking beam maps
Compatibility
  • Runs on Windows 10 support computer
  • Compatible with Windows 10-based Thermo Scientific transmission electron microscopes
Style Sheet for Komodo Tabs

AutoScript TEM Software microscope status and controls

  • Optics (mode, beam shift, tilt, magnification, rotation)
  • Control of Thermo Scientific Selectris Energy Filter
  • Stage (movement, position read-out) including piezo stage
  • Apertures
  • Vacuum (state), column valves controls
  • Lorentz mode support

 

AutoScript TEM Software for image acquisition

  • Acquisition (camera and detector control, single image or a sequence, simultaneous acquisition from multiple detectors or segments)
  • TEM image acquisition with Thermo Scientific Ceta, Falcon (including counting mode), and SmartCam Cameras
  • STEM detectors (insert, retract, gain, offset, individual segments)
  • STEM image acquisition with Fischione HAADF, Panther STEM, or Thermo Scientific BF/DF detector
  • Acquisition from any segment or combination of segments of Panther STEM
  • Post processing of images using integrated Vision Toolkit package

 

AutoScript TEM Software auto-functions

  • TEM autofocus and astigmatism correction
  • STEM autofocus including access to OptiSTEM/AutoSTEM (if purchased)
  • AutoComa correction
  • AI processing available with Scikit-learn

 

An optional offline mode is available to provide simulation of the microscope. Scripts can be tested offline on user PCs before going to the microscope. Regular updates available with new functionality. For latest information please check: https://www.fei-software-center.com/tem-apps/tem-applications-update-page/

 


Resources

Example how to acquire STEM image from12 segments of Panther STEM and HAADF simultaneously

Example of the tile acquisition in TEM. Please also check STEM tiled acquisition script

Example of the tile acquisition in STEM
Example of the work with apertures
Display image metadata
Example of focus series acquisition
Example how to acquire STEM image from12 segments of Panther STEM and HAADF simultaneously

Example of the tile acquisition in TEM. Please also check STEM tiled acquisition script

Example of the tile acquisition in STEM
Example of the work with apertures
Display image metadata
Example of focus series acquisition

Applications

Process Control_Thumb_274x180_144DPI

Control de proceso
 

La industria moderna exige un alto rendimiento con una calidad superior, un equilibrio que se mantiene a través de un control de procesos sólido. Las herramientas SEM y TEM con software de automatización exclusivo proporcionan información rápida y multiescala para la supervisión y la mejora de procesos.

 

Quality Control_Thumb_274x180_144DPI

Control de calidad
 

El control y garantía de calidad son esenciales en la industria moderna. Ofrecemos una gama de herramientas de EM y espectroscopía para el análisis multiescala y multimodal de defectos, lo que le permite tomar decisiones fiables e informadas para el control y la mejora de procesos.

 

Fundamental Materials Research_R&D_Thumb_274x180_144DPI

Investigación sobre materiales fundamentales

Se investigan nuevos materiales a escalas cada vez más pequeñas para lograr el máximo control de sus propiedades físicas y químicas. La microscopía electrónica proporciona a los investigadores información clave sobre una amplia variedad de características materiales a escala nanométrica.

 


Techniques

Caracterización de materiales en 3D

El desarrollo de materiales suele requerir caracterización en 3D en varias escalas. Los instrumentos DualBeam permiten el corte en secciones en serie de grandes volúmenes y la posterior adquisición de imágenes SEM a escala de nanómetro, las cuales se pueden procesar en reconstrucciones 3D de la muestra de alta calidad.

Más información ›

Análisis de escala múltiple

Los novedosos materiales se deben analizar a una resolución cada vez mayor, manteniendo el contexto más amplio de la muestra. El análisis de escala múltiple permite la correlación de varias herramientas y modalidades de obtención de imágenes, tales como microTC de rayos X, DualBeam, PFIB láser, SEM y TEM.

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Caracterización de materiales en 3D

El desarrollo de materiales suele requerir caracterización en 3D en varias escalas. Los instrumentos DualBeam permiten el corte en secciones en serie de grandes volúmenes y la posterior adquisición de imágenes SEM a escala de nanómetro, las cuales se pueden procesar en reconstrucciones 3D de la muestra de alta calidad.

Más información ›

Análisis de escala múltiple

Los novedosos materiales se deben analizar a una resolución cada vez mayor, manteniendo el contexto más amplio de la muestra. El análisis de escala múltiple permite la correlación de varias herramientas y modalidades de obtención de imágenes, tales como microTC de rayos X, DualBeam, PFIB láser, SEM y TEM.

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