Características
Fluxo de trabalho
Desempenho
Faça o pedido agora
Recursos

 

 

Escolha entre um menu de ensaios de pesquisa de PCR em tempo real verificados para criar seu próprio painel de mutação TaqMan SARS-CoV-2 da Applied Biosystems e obtenha os resultados de que você precisa hoje, enquanto prepara você para o que está por vir. Esta solução escalável permite que você execute algumas ou centenas de amostras para identificar uma ou muitas mutações, tudo em sua instrumentação atual de PCR em tempo real.

Solicitar cotação    

For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.

 
Os recursos dos ensaios Painel de pesquisa de mutação TaqMan SARS-CoV-2 incluem:
  • Prático – Use sua instrumentação atual de PCR em tempo real para realizar testes de pesquisa de amostras de SARS-CoV-2
  • Escalável – Execute algumas ou centenas de amostras para monitorar uma ou várias mutações
  • Fluxo de trabalho único e simplificado – Combinação dos nossos ensaios de genotipagem TaqMan SNP padrão ouro com uma reação RT-PCR de 1 etapa; é possível ir do RNA aos resultados em pouco mais de 1 hora
 
Detalhes do produto
AlvosEscolha entre um menu de  ensaios de pesquisa PCR SNP verificados em tempo real para criar seu painel personalizado
Design do ensaio

Primers diretos e reversos específicos da sequência para amplificar a região da sequência-alvo. O primer reverso também prepara a transcrição reversa das sequências de RNA genômico do SARS-CoV-2. Cada ensaio inclui duas sondas MGB (minor groove binder) TaqMan com supressores não fluorescentes (NFQ):

  • Uma sonda rotulada com corante VIC para detectar a sequência de referência
  • Uma sonda rotulada com corante FAM para detectar a sequência de mutação
    • Tamanhos disponíveis375 reações 
    1.250 reações 
    Entrada amostraRNA extraído de amostras de SARS-CoV-2 com um valor de CT menor ou igual a 30 
    Tempo de resposta1 hora e 10 min do RNA extraído até os resultados
    equipamentos recomendadosQualquer equipamento de PCR em tempo real , como os sistemas da Applied Biosystems 7500, 7500 Fast, QuantStudio 5 e QuantStudio 7  
    Software recomendadoSoftware QuantStudio Design and Analysis v2.5 ou posterior, com módulo de análise de genotipagem
     
    Fluxo de trabalho
     
    Desempenho

    Nosso menu de ensaios de pesquisa de PCR em tempo real verificados oferece detecção robusta de mutações do SARS-CoV-2. Abaixo estão os resultados (gráficos de cluster), conforme vistos usando o software QuantStudio Design and Analysis v2.5, com o módulo de análise de genotipagem. Esses gráficos de cluster mostram uma discriminação muito clara entre as amostras do tipo selvagem (pontos vermelhos ao longo do eixo x) e as amostras de mutação (pontos azuis ao longo do eixo y).

    Mutação do gene S delH69V70

    Figura 2. Gráfico de cluster de mutação do gene S delH69V70. delH69V70 (também conhecido como 69-70del) é uma mutação conhecida de B.1.1.7 (501Y.V1 ou variante do Reino Unido). O delH69V70 não é exclusivo do B.1.1.7.

    • Tipo selvagem detectado
    • Mutação delH68V70 detectada

    Mutação do gene S N501Y

    Figura 3. Gráfico de cluster da mutação do gene S N501Y. N501Y é comumente encontrado em B.1.1,7 (variante do Reino Unido), B.1.351 (variante sul-africana), P.1 (variante brasileira).

    • Tipo selvagem detectado
    • Mutação N501Y detectada

    Como funciona

    Começando com RNA isolado de amostras positivas para SARS-CoV-2, nosso fluxo de trabalho exclusivo combina nossos ensaios de genotipagem de SNP TaqMan da Applied Biosystems com uma reação de RT-PCR de uma etapa para detectar se há mutações conhecidas presentes em suas amostras ou não.

    Neste vídeo, mostraremos como esta reação de RT-PCR de uma etapa funciona e como você pode esperar que seus resultados pareçam.

    Suporte para treinamento

    Neste breve tutorial em dois vídeos, você aprenderá a:

    • Configurar o software do equipamento para detectar o painel de mutação do SARS COV-2
    • Analisar os dados com o software Design and Analysis v2.5 ou posterior da Applied Biosystems com o modelo de análise de genotipagem usando os arquivos de execução de todos os equipamentos de PCR em tempo real da Applied Biosystems

    Acessar thermofisher.com/educationconnect e fazer login em sua conta ou criar uma nova! 

    Software de análise

    Dicas e truques para configurar seu experimento e analisar os resultados

    Neste breve vídeo, você aprenderá:

    1. Como configurar a análise de genotipagem no software do equipamento
    2. Como configurar seu método com uma etapa de transcrição reversa
    3. Como selecionar dados em tempo real nas configurações de análise de genotipagem
    4. Como visualizar resultados e ler gráficos de cluster

    Use o software QuantStudio Design and Analysis v2.5 ou posterior com o módulo de análise de genotipagem.

    Blogs de casos de uso
    Pôsteres gratuitos: Painel de mutação TaqMan SARS-CoV-2
    • Variante e perfil de mutação do SARS-CoV-2 de via rápida para ação de saúde pública no Reino Unido usando ensaios de genotipagem baseados em RT-PCR
    • Sistema rápido e econômico de vigilância de variantes preocupantes do SARS-CoV-2 usando o painel de mutação direcionado RT-PCR SARS COV-2
    • Comparação dos ensaios de genotipagem de SARS-CoV-2 TaqMan e TIB Molbiol para a identificação de B.1.1.7 na falha no alvo do gene S
    • Vigilância rápida do SARS-CoV-2 na região central europeia usando SGTF e um painel de sete ensaios de mutações preocupantes de SNP RT-PCR
    • Associações epidemiológicas e biológicas de variantes do SARS-CoV-2 com base em dados observacionais reais

    Acesse os pôsteres agora

    Ficha técnica
     
    Informações para pedidos

    Para executar o painel de mutação TaqMan SARS-CoV-2, você precisará solicitar o seguinte:

    sars-covid2-mutation-panel-order2

    Os ensaios personalizados são fornecidos em dois tamanhos, com tempos de entrega mais longos.

    Convenção de nomenclatura: Gene.Mutação.Códon de referência.Códon mutante

    Exemplo: S.D215G.GAT.GGT

    Nota: Para anulações de vários nucleotídeos, o códon de referência e o códon mutante não fazem parte da convenção de nomenclatura. (Exemplo: S.delH69V70)

    Ensaios associados à publicação A method for variant agnostic detection of SARS-CoV-2, rapid monitoring of circulating variants, detection of mutations of biological significance, and early detection of emergent variants such as Omicron, de E. Lai, D. Becker, et al., estão destacados abaixo em azul.

    Precisa de ajuda para selecionar ensaios para detectar variantes de preocupação? Saiba mais aqui.

    Para obter assistência adicional sobre a seleção do ensaio de mutação, fale conosco.

    O projeto financiado pela NIH oferece uma abordagem eficiente ao rastrear variantes de SARS-CoV-2

    Os ensaios destacados em cinza são os ensaios mais recentes usados no Painel Rosalind, em 31 de janeiro de 2023.

    Novos ensaios de mutação da variante Omicron XBB, BA.2.75 e BQ.1:

    ORF1b.P1953P.CCA.CCG
    ORF1b.S959P.TCC.CCC
    ORF1ab:N4060S
    ORF1b:Y264H

    Ensaios personalizados

    Os arquivos AIF estão incluídos no envio do ensaio.

    Q493R
    Q493R
    MutaçãoRótulo da OMSPrincipais variantes e
    sublinhagens associadas    		Amostras documentadas mais antigasID do EnsaioNúmero de catálogo
    A49785
    375 rxn    		Número de catálogo
    A49786
    1250 rxn
    ORF1b.P1953P.CCA.CCG OmicronXBB e todas as sublinhagensVários paísesCV32Z67
    ORF1b.S959P.TCC.CCCOmicronXBB e todas as sublinhagensVários paísesCVZTD2D
    ORF1ab:N4060SOmicron BA.2.75Vários países CVCE3VJ
    ORF1b:Y264H OmicronBQ.1 e todas as sublinhagensVários paísesCV47VR3
    ORF1ab.C7528TOmicronBF.7Vários países CV7DPCZ
    N.E136D.GAG.GATOmicronBA.5.3.1, BE e todas as sublinhagens, BQ.1Vários paísesCV9HHWW
    M.D3N.GAT.AAT OmicronBA.5, BA.5.1, sublinhagens BE e BF, BQ.1 e todas as sublinhagensVários paísesCVAAAAK
    ORF7b.L11F.TTG.TTTOmicronBA.4 e todas as sublinhagensVários paísesCVCE3VH
    C12880T Omicron BA.5 e todas as sublinhagensVários paísesCVEPRZD
    S.S704L.TCA.TTAOmicronBA.2.12 e todas as sublinhagens, BQ.1Vários países CVMFWVY
    T15009COmicron BA.2.12.1Vários países CVFVKKA
    S.L452Q.CTG.CAGOmicron, LambdaBA.2.12.1, C.37Vários paísesCVKA3AV
    ORF1a.A2710T.GCT.ACTOmicronBA.1, BA.1.1Vários paísesCVZTDZ7
    ORF1a.T13195COmicronBA.1, BA.1.1Vários paísesCVWCWCF
    S.T547K.ACA.AAAOmicronBA.1, BA.1.1Vários paísesCVYMJGA
    S.Q954H.CAA.CATOmicronTodas as linhagens da OmicronVários paísesCVAAAAH
    S.T19R.ACA.AGADeltaB.1.617.2ÍndiaCVXGPWD
    S.T478K.ACA.AAADeltaB.1.617.2ÍndiaCVNKRFP
    ORF1a.A13057TMuB.1.621ColômbiaCVXGPV9
    ORF1a.F2387V.TTT.GTTLambdaC.37PeruCVH49PY
    ORF1ab.Q5412H.CAA.CAC (ORF1b.Q1011H)IotaB.1.526Estados UnidosCVPRJZN
    S.W152C.TGG.TGCEpsilonB.1.427, B.1.429Estados UnidosCVYMJF7
    S.D80A.GAT.GCTBetaB.1.351África do SulCV32Z6V
    T16176CAlfaB.1.1.7Reino UnidoCVNKRFR
    S.D614G.GAT.GGT DiversosTodas as sublinhagens da Omicron, B.1.1.207, P.1, B.1.1.33, B.1.1.7, B.1.177, B.1.258, B.1.351, B.1.525, variante Mink Vários paísesCVKA3AT
    S.K417N.AAG.AAT Omicron, BetaBA.1 e todas as sublinhagens, BA.2 e todas as sublinhagens, BA.3, BA.4, BA.5 e todas as sublinhagens, B.1.351 Vários paísesCVFVKJZ
    S.R346T.AGA.ACA Omicron BA.4.6, BF.7, BN.1, BQ.1, XBB.1 e todas as sublinhagensVários países CV47VR2
    ORF10.L37F.CTT.TTT Omicron BA.5.1Vários países CVYMJGD
    S.F157L.TTC.TTAOmicronBA.2.75, BN.1Vários países CVGZE4Y
    ORF1a.S2519P.TCT.CCT OmicronBA.2.11 Vários países CVWCWCH
    S.L452M.CTG.ATG OmicronBA.2.9.1, BA.2.13 Vários países CVXGPWF
    ORF3a.H78Y.CAC.TAC OmicronBA.2.9 e todas as sublinhagens Vários países CVZTD2A
    N.P151S.CCT.TCTOmicronBA.4 e todas as sublinhagensVários países CV32Z64
    S.T376A.ACT.GCTOmicronBA.2 e todas as sublinhagens, BA.4, BA.5 e todas as sublinhagens, BF.7, BQ.1, XBB.1Vários paísesCVNKRFV
    S.V213G.GTG.GGG*OmicronBA.2, BA.4, BA.5 e todas as sublinhagens, exceto XBB.1 Vários paísesCV32Z62
    S.Q493R.CAA.CGAOmicronB.1.1.529. BA.1 e todas as sublinhagens, BA.2 e todas as sublinhagens, BA.3 e todas as sublinhagensVários paísesCVH49P2
    S.R346K.AGA.AAAOmicron, MuB.1.621, BA.1.1 e todas as sublinhagensVários paísesCVZTDZ3
    S.T95I.ACT.ATTOmicron, Iota, MuB.1.526, B.1.621.1, BA.1 e todas as sublinhagens, BA.3 e todas as sublinhagensVários países CVRWEKJ
    S.A701V.GCA.GTAOmicron, BetaBA.1.17.2, B.1.351Vários paísesCVZTDZZ
    S.G339D.GGT.GATOmicronTodas as linhagens da Omicron, exceto BA.2.75 e XBB.1 Vários paísesCV47VRX
    S.L452R.CTG.CGGOmicron, Delta, EpsilonBA.5, BA.4, BA.2.11, B.1.617, B.1.617.1, B.1.617.2, B.1.617.3, B.1.429Vários paísesCVAAAAD
    S.P681R.CCT.CGTDeltaB.1.617.1, B.1.617.2, B.1.617.3ÍndiaCVEPRY4
    S.E484Q.GAA.CAADelta (ausência desta mutação)B.1.617, B.1.617.1, B.1.617.3ÍndiaCVDJXE7
    S.delH69V70 AlfaB.1.1.7, B.1.258, B.1.525  Reino UnidoCVCE3U9
    S.delY144 AlfaB.1.1.7 Reino UnidoCVTZ76E
    S.N501Y.AAT.TAT Alfa, Beta, GamaP.1, B.1.1.7, B.1.351 Reino Unido, África do Sul, Brasil/AmazôniaCVDJXE6
    S.P681H.CCT.CATAlfaB.1.1.207, B.1.1.7 Nigéria, Reino UnidoCVPRJZJ
    S.D215G.GAT.GGTBetaB.1.351África do SulCV9HHWM
    S.E484K.GAA.AAABeta, Gama, EtaP.1 ,B.1.1.33, B.1.351, B.1.525África do Sul, BrasilCVEPRY3
    S.K417T.AAG.ACG GamaP.1 Brasil/AmazôniaCVGZE4X
    S.L18F.CTT.TTTGamaP.1, B.1.351Brasil/AmazôniaCV47VRT
    S.T20N.ACC.AACGamaP.1 Brasil/AmazôniaCVCE3VA
    S.S13I.AGT.ATTEpsilonB.1.427, B.1.429CaliforniaCVNKRFN
    S.F888L.TTT.CTTEtaB.1.525 CVFVKJ2
    S.S477N.AGC.AAClotaB.1.526Nova YorkCVMFWVR
    S.N439K.AAC.AAAB.1.258CVH49PV
    S.V1176F.GTT.TTTP.2BrasilCVKA3AU

    *Recomenda-se a realização de um ensaio adicional em paralelo com V213G, como Q493R, que produzirá amplificação de BA.1, o que se encontra em alta prevalência nas variantes da Omicron.


    Produtos adicionais necessários

    Mistura mestre

    Interessado em cadeias GeneArt? Fale conosco para discutir as opções.


    Controles recomendados


    Controles de RNA do tipo selvagem


    Cadeias GeneArt

    Interessado em cadeias GeneArt? Fale conosco para discutir as opções.

     
    Recursos

    Suporte

    Blogs adicionais

    For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.