植物の場合、ほとんどのmiRNAとその標的mRNAに正確であり、またほとんど正確な相補性があるため、mRNAの同定は直接的です。 動物の場合、miRNAの標的配列は不完全な相補性を持つmRNAですので、少なからぬ困難をもたらしています。 実験設計とmiRNA標的の予測を容易にするために、いくつかのインフォマティックなアプローチが開発されました。 一般に、base-pairing rules や cross species conservation conditionsに従って、結合部位を同定します。

miRNAターゲット探索データベース

  • 配列・予測ターゲットおよび、新しいmiRNA遺伝子の正式名称登録についてのmiRBase Sanger Institute miRNA データベース。 The NCode miRNA Database contains information from Sanger mirBase (Release 9.0) with additional querying capabilities to Search probe-specific information for the NCode™ Multi-Species miRNA Microarray
  • EumiR ― Institute of Genomics and Integrative Biologyにより提供されているmicroRNA前駆体配列を予測可能な検索ウェブサイト
  • miRanda ― Computational Biology Center of Memorial Sloan-Kettering Cancer Center作成
  • miRex - searchable website for the identification of microRNA targets hosted by the Rajewsky lab at NYU's Center for Comparative Functional Genomics
  • PicTar - searchable website for the identification of microRNA targets hosted by the Rajewsky lab at NYU's Center for Comparative Functional Genomics
  • TargetScanS ―Whitehead Institute for Biomedical Researchにより提供されているmicroRNAターゲット同定について検索可能なウェブサイト。

興味深いターゲット予測総論

Sethupathy, P., et. al. A Guide Through Present Computational Approaches for the Identification of Mammalian microRNA Targets. Nature Methods. 2006: 3(11): 881-886.

Zhang, B., et. al. Computational Identification of microRNAs and Their Targets. Computational Biology and Chemistry. 2006; 30(6): 395-407.

Grittith-Jones, S. et al. miRBase: microRNA Sequences, Targets and Gene Nomenclature. Nucleic Acids Research. 2006: 34: 140-144.

miRNAターゲット検証

Several in vitro methods have proven useful to validate miRNA function, including RNA interference and protein analysis using SILAC.

Over-expression and knockdown functional studies - Over-expression and knockdown of the expression of a specific miRNA in a cell has proven useful to elucidate miRNA function. RNA干渉を誘導するには、以下の3つの基本的な方法があります。 合成RNAiおよびsiRNA、shRNAあるいは人工miRNAを発現するRNAiカセットを運ぶベクター、およびin vitro転写とsiRNAのプールを生成するdsRNAの切断です。

RNA干渉に関連するトピック:

SILAC studies - Although miRNA profiling can show changes based on miRNA activity, it is not always indicative of translation inhibition. Protein analysis examining by mass spectrometry combined with stable isotopic labeling by amino acids in cell culture (SILAC) has shown a strong correlation with miRNA activity. この手法は、「軽い」あるいは「重い」アミノ酸をタンパク質への代謝的な取り込みに依存しています。この取り込みは、乳房の正常組織と悪性腫瘍といった、細胞ポピュレーション間の違いを識別するために行っています。

関連するタンパク質発現トピックス

  • Scientific poster - Breast cancer research incorporating SILAC and miRNA profiling [add PDF]

追加情報トピック