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Dynabeads Streptavidin para enriquecimento do alvo, captura de células e de proteínas |
Os produtos Dynabeads têm sido usados em todo o mundo em centenas de milhares de experimentos, citados em mais de 30.000 publicações, e estão presentes em inúmeras prateleiras de laboratório. A Dynabeads streptavidin é usada na purificação de células, isolamento de proteínas, captura de ácido nucleico e fluxos de trabalho de NGS.
A primeira etapa no sequenciamento de nova geração (NGS) é o isolamento de ácido nucleico para a preparação da biblioteca. As quatro etapas principais para o sequenciamento de nova geração geralmente incluem a preparação da biblioteca, seguida da amplificação clonal, do sequenciamento da biblioteca e, finalmente, a análise de dados.
O sequenciamento de nova geração (NGS) como uma tecnologia de sequenciamento paralelo massivo e de alta produtividade permite o sequenciamento de DNA e RNA para o estudo da variação genética associada a doenças e outros processos biológicos. As aplicações incluem o sequenciamento do genoma completo, o sequenciamento profundo de regiões-alvo e a identificação de novos patógenos para promover o avanço de pesquisas microbianas e de doenças infecciosas.
O NGS revolucionou a análise genética e possibilitou novas aplicações em pesquisa genômica e clínica, saúde reprodutiva e ciência ambiental, agrícola e forense.
O enriquecimento do alvo por hibridização permite a captura e, portanto, cobertura suficiente de regiões genômicas de tipos de amostras degradadas, seja usando DNA, RNA ou DNA cell-free circulantes a partir do sangue.
O Dynabeads Streptavidin for Target Enrichment se baseia na superfície sólida das esferas magnéticas. A captura de hibridização usa sondas de oligonucleotídeo biotinilado (iscas) que são complementares à sequência genética de interesse. As sondas biotiniladas imobilizam o oligonucleotídeo na superfície da esfera ligando com esferas revestidas com estreptavidina de 1 μm de diâmetro. As regiões-alvo isoladas e purificadas são subsequentemente amplificadas e preparadas para sequenciamento.
Figura 1. Enriquecimento de alvo no fluxo de trabalho de NGS
Figura 2. Captura de hibridização com esferas revestidas com estreptavidina
Dynabeads Streptavidin for Target Enrichment oferece as seguintes vantagens:
Os produtos Dynabeads revestidos com estreptavidina estão entre as esferas magnéticas mais publicadas no fluxo de trabalho de NGS e são recomendados por alguns dos maiores fornecedores de soluções para NGS.
A concentração medida das bibliotecas finais [Nm] para Dynabeads Streptavidin for Target Enrichment (barra vermelha), um controle positivo e esferas magnéticas de estreptavidina de quatro outros fornecedores é mostrada (Figura 3). Todas as amostras foram preparadas em triplicata (n=3). A concentração das bibliotecas finais foi calculada com base na concentração dos fragmentos da biblioteca e na distribuição por tamanho. Para o sequenciamento de exoma a jusante, os critérios de aceitação foram definidos como 2,5 nM.
A cobertura de sequenciamento de Dynabeads Streptavidin for Target Enrichment (Figura 4, barra vermelha), um controle positivo e esferas magnéticas de estreptavidina dos 2 fornecedores que atenderam aos critérios de concentração de enriquecimento do alvo descritos na figura 3. A cobertura média é expressa como uma média das triplicatas; todas as amostras foram preparadas em triplicata (n=3). A barra de erro é o desvio padrão. O uso da Dynabeads Streptavidin for Target Enrichment proporcionou a cobertura mais profunda (a maioria das leituras a partir das quais se pode estabelecer um consenso e a maior precisão).
A porcentagem da sequência de referência versus a profundidade de cobertura de Dynabeads Streptavidin for Target Enrichment (Figura 5, barras vermelhas), um controle positivo e esferas magnéticas de estreptavidina dos 2 fornecedores que atenderam aos critérios de concentração de enriquecimento do alvo descritos na figura 3. Para Dynabeads Streptavidin for Target Enrichment a 60x, 97,53% da referência é coberta com um mínimo de 60 leituras; esse desempenho de Dynabeads Streptavidin for Target Enrichment é particularmente importante para aplicações clínicas e identificação de variantes raras em que uma cobertura profunda (p. ex., 60x) é essencial.
Todos os produtos Dynabeads são produzidos com controle total de parâmetros como tamanho da esfera, área da superfície, teor de ferro e mobilidade magnética. A ausência de excesso de estreptavidina adsorvida fisicamente ajuda a garantir um vazamento insignificante e assegura uma variação mínima de lote para lote. As características uniformes e a reprodutibilidade incomparável dentro de um mesmo lote (CV <3%) e entre lotes ajudam a reduzir os custos associados aos testes de controle de qualidade (Figura 6). Seja para seu projeto de pesquisa ou para atividades de teste IVD, você pode confiar no desempenho consistente dos produtos Dynabeads.
Figura 6. Esferas magnéticas Dynabeads superparamagnéticas de tamanho médio. Cada esfera tem uma dispersão uniforme de material magnético, envolto em uma fina camada de polímero. Isso fornece uma superfície específica e definida para ligar o seu ligante. A verdadeira uniformidade de todas as esferas dentro de cada lote (CV típico <3%) fornece propriedades físicas e químicas consistentes. A reprodutibilidade incomparável entre lotes (CV típico <5%) permite a reprodutibilidade e a qualidade dos resultados.
A Dynabeads streptavidin permite a captura instantânea e eficiente de moléculas biotiniladas por meio da cinética rápida da fase líquida. Isso aumenta a velocidade e a sensibilidade em comparação com filtros e abordagens baseadas em placas (Figura 7). Os produtos Dynabeads são verdadeiramente esféricos e têm uma grande área de superfície por unidade de volume. Isso permite uma alta e constante capacidade de ligação.
Figura 7. A cinética de ligação da Dynabeads streptavidin é superior às placas de microtitulação tradicionais. O gráfico mostra o % de ligação do fator de necrose tumoral (TNF) a anticorpos imobilizados em função do tempo. Cortesia do Dr. N-B Liabakk, Norwegian University of Science and Technology, Trondheim, Noruega.
Os produtos Dynabeads Streptavidin apresentam excelente estabilidade mecânica e química. Sem vazamento de ferro. Sem inibição da atividade enzimática. A monocamada de estreptavidina recombinante ajuda a garantir que a grande maioria dos locais de ligação de biotina fique estericamente disponível para ligação. A tecnologia também é muito suave, permitindo o isolamento de proteínas, bem como de complexos grandes ou instáveis. O estado nativo das proteínas é preservado e células frágeis permanecem viáveis. Volumes flexíveis podem ser usados, permitindo o isolamento de moléculas de baixa abundância. Uma alta relação sinal/ruído também contribui para o aumento da sensibilidade.
A separação magnética é surpreendentemente fácil. Sem centrifugação, precipitação, filtragem ou colunas tediosas. O manuseio magnético permite fácil lavagem, separação e concentração do seu alvo. A excelente capacidade de dispersão e a falta de remanência magnética tornam os produtos Dynabeads Streptavidin ideais tanto para protocolos manuais como automatizados, incluindo sistemas microfluídicos. Dependendo de sua aplicação específica e molécula-alvo, um método de captura direta ou indireta é aplicado.
Quando usada em combinação com sonda/ligante biotinilado, qualquer molécula-alvo pode ser capturada nas Dynabeads acopladas à estreptavidina, isolada e manipulada posteriormente.
Dependendo da molécula-alvo e da aplicação específica, o método de captura direta ou indireta pode ser aplicado.
Para algumas aplicações, o uso de um ligante pré-acoplado para captura direta permite reutilizar Dynabeads e, assim, reduzir ainda mais os custos de preparação de amostras.
Uma abordagem indireta pode ser benéfica quando a concentração do seu alvo é baixa, a afinidade específica é fraca ou a cinética de ligação é lenta. Na abordagem indireta, a sonda/o ligante pode se ligar ao alvo em suspensão antes da adição das esferas.
Uma monocamada de estreptavidina é acoplada de forma covalente às Dynabeads, ajudando a garantir um vazamento desprezível que, de outra forma, poderia interferir no seu ensaio.
Com as esferas de estreptavidina e a capacidade de trabalhar com o KingFisher permitem que não haja etapas ou colunas de centrifugação.
As esferas magnéticas Dynabeads permitem aplicações de maior produtividade, para as quais as amostras podem ser processadas em placas de 24 ou 96 poços na família de instrumentos KingFisher.
Para baixar protocolos de estreptavidina, visite a biblioteca em thermofisher.com/kingfisherprotocols e personalize-os facilmente usando o software BindIt.
Além disso, para ver como KingFisher e Dynabeads são usados na nota de aplicação Sensibilidade de detecção de mutação em amostras de biópsia líquida e tecido FFPE correspondente.
Todos os produtos Dynabeads são produzidos com controle total de parâmetros como tamanho da esfera, área da superfície, teor de ferro e mobilidade magnética. A ausência de excesso de estreptavidina adsorvida fisicamente ajuda a garantir um vazamento insignificante e assegura uma variação mínima de lote para lote. As características uniformes e a reprodutibilidade incomparável dentro de um mesmo lote (CV <3%) e entre lotes ajudam a reduzir os custos associados aos testes de controle de qualidade (Figura 6). Seja para seu projeto de pesquisa ou para atividades de teste IVD, você pode confiar no desempenho consistente dos produtos Dynabeads.
Figura 6. Esferas magnéticas Dynabeads superparamagnéticas de tamanho médio. Cada esfera tem uma dispersão uniforme de material magnético, envolto em uma fina camada de polímero. Isso fornece uma superfície específica e definida para ligar o seu ligante. A verdadeira uniformidade de todas as esferas dentro de cada lote (CV típico <3%) fornece propriedades físicas e químicas consistentes. A reprodutibilidade incomparável entre lotes (CV típico <5%) permite a reprodutibilidade e a qualidade dos resultados.
A Dynabeads streptavidin permite a captura instantânea e eficiente de moléculas biotiniladas por meio da cinética rápida da fase líquida. Isso aumenta a velocidade e a sensibilidade em comparação com filtros e abordagens baseadas em placas (Figura 7). Os produtos Dynabeads são verdadeiramente esféricos e têm uma grande área de superfície por unidade de volume. Isso permite uma alta e constante capacidade de ligação.
Figura 7. A cinética de ligação da Dynabeads streptavidin é superior às placas de microtitulação tradicionais. O gráfico mostra o % de ligação do fator de necrose tumoral (TNF) a anticorpos imobilizados em função do tempo. Cortesia do Dr. N-B Liabakk, Norwegian University of Science and Technology, Trondheim, Noruega.
Os produtos Dynabeads Streptavidin apresentam excelente estabilidade mecânica e química. Sem vazamento de ferro. Sem inibição da atividade enzimática. A monocamada de estreptavidina recombinante ajuda a garantir que a grande maioria dos locais de ligação de biotina fique estericamente disponível para ligação. A tecnologia também é muito suave, permitindo o isolamento de proteínas, bem como de complexos grandes ou instáveis. O estado nativo das proteínas é preservado e células frágeis permanecem viáveis. Volumes flexíveis podem ser usados, permitindo o isolamento de moléculas de baixa abundância. Uma alta relação sinal/ruído também contribui para o aumento da sensibilidade.
A separação magnética é surpreendentemente fácil. Sem centrifugação, precipitação, filtragem ou colunas tediosas. O manuseio magnético permite fácil lavagem, separação e concentração do seu alvo. A excelente capacidade de dispersão e a falta de remanência magnética tornam os produtos Dynabeads Streptavidin ideais tanto para protocolos manuais como automatizados, incluindo sistemas microfluídicos. Dependendo de sua aplicação específica e molécula-alvo, um método de captura direta ou indireta é aplicado.
Quando usada em combinação com sonda/ligante biotinilado, qualquer molécula-alvo pode ser capturada nas Dynabeads acopladas à estreptavidina, isolada e manipulada posteriormente.
Dependendo da molécula-alvo e da aplicação específica, o método de captura direta ou indireta pode ser aplicado.
Para algumas aplicações, o uso de um ligante pré-acoplado para captura direta permite reutilizar Dynabeads e, assim, reduzir ainda mais os custos de preparação de amostras.
Uma abordagem indireta pode ser benéfica quando a concentração do seu alvo é baixa, a afinidade específica é fraca ou a cinética de ligação é lenta. Na abordagem indireta, a sonda/o ligante pode se ligar ao alvo em suspensão antes da adição das esferas.
Uma monocamada de estreptavidina é acoplada de forma covalente às Dynabeads, ajudando a garantir um vazamento desprezível que, de outra forma, poderia interferir no seu ensaio.
Com as esferas de estreptavidina e a capacidade de trabalhar com o KingFisher permitem que não haja etapas ou colunas de centrifugação.
As esferas magnéticas Dynabeads permitem aplicações de maior produtividade, para as quais as amostras podem ser processadas em placas de 24 ou 96 poços na família de instrumentos KingFisher.
Para baixar protocolos de estreptavidina, visite a biblioteca em thermofisher.com/kingfisherprotocols e personalize-os facilmente usando o software BindIt.
Além disso, para ver como KingFisher e Dynabeads são usados na nota de aplicação Sensibilidade de detecção de mutação em amostras de biópsia líquida e tecido FFPE correspondente.
Produto | Capacidade | Características e propriedades | Ideal para |
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Dynabeads M-280 Streptavidin | Biotina livre: esferas de 490–750 pmoles/mg Ig biotinilado: esferas de 5–10 µg/mg |
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Dynabeads MyOne Streptavidin T1 | Biotina livre: esferas de 950–1500 pmoles/mg Ig biotinilado: esferas de 20 µg/mg |
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Dynabeads M-270 Streptavidin | Biotina livre: Esferas de >950 pmoles/mg Ig biotinilado: esferas de 5–10 µg/mg |
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Dynabeads MyOne Streptavidin C1 | Biotina livre: Esferas de > 2.800 pmoles/mg Ig biotinilado: esferas de 15–20 µg/mg |
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Dynabeads kilobaseBINDER Kit | 70 pmoles de um fragmento de DNA biotinilado de 4 kb e 80 pmoles de um fragmento de 10 kb por esferas de mg |
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Dynabeads Biotin Binder | Processa 2 x 109 células (PBMC) ou 200 ml de sangue total |
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CELLection Biotin Binder Kit | Processa 2 x 109 células (PBMC) ou 200 ml de sangue total |
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Dynabeads FlowComp Flexi | Processa 2 x 109 células (MNC) ou 80 mL de sangue total/camada leucoplaquetária |
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Aplicações típicas | Produtos preferenciais | |
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Captura de ácido nucleico![]() |
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Captura de proteínas![]() |
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Captura de células![]() |
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For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.