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Com precisão superior a 99% e capacidades de leitura longa, o sequenciamento Sanger é a tecnologia de sequenciamento padrão ouro. E para permitir ainda mais sua pesquisa, a análise de fragmentos por eletroforese capilar (CE) fornece informações de dimensionamento de DNA, quantificação relativa e genotipagem. Com fluxos de trabalho simples, o sequenciamento Sanger e a análise de fragmentos podem ser concluídos em menos de um dia de trabalho, da amostra à resposta, ajudando a tornar sua pesquisa de SARS-COV-2 (o coronavírus que causa a COVID-19) rápida e econômica.
Fale com o pessoal de vendasProtocolo para encontrar e usar primers de sequenciamento Sanger para qualquer local no genoma do SARS-COV-2, incluindo novas variantes preocupantes
Faça download do protocolo | Visualize o genoma do SARS-COV-2 e faça pedidos de primers | Busque o genoma do SARS-COV-2 e faça pedidos de primers
Análise de variantes usando o Variant Reporter | Arquivos para o Variant Reporter (zip)
Análise de variantes usando SeqScape | arquivos para o SeqScape (zip)
Protocolo para confirmar rapidamente as alterações do gene S, observadas com o ensaio TaqPath COVID-19, identificando se a deleção 69/70 do gene S está presente
Faça download do protocolo | Faça pedido de primers
Protocolo flexível para confirmar a presença das linhagens de alta transmissibilidade de SARS-COV-2 B.1.1.7, B.1.351, B.1.1.28, B.1.427 ou B.1.429 em sua amostra. Escolha os pares de primers que melhor atendam às suas necessidades.
Faça download do protocolo | Faça download de sequências de primers para B.1.1.7 | Faça download de sequências de primers para B.1.351 | Faça download de sequências de primers para B.1.1.28 | Faça download de sequências de primers para B.1.427 | Faça download de sequências de primers para B.1.429
Protocolo para identificar novas variantes no gene Spike por sequenciamento de todo o gene S para o desenvolvimento de vacinas e pesquisa epidemiológica.
Faça download do protocolo | Faça download de sequências de primer
O sequenciamento Sanger é o padrão ouro para sequenciamento de genes únicos, confirmando variantes de genes, detectando sequências repetidas, variação no número de cópias e alterações de nucleotídeos únicos. O sequenciamento Sanger é perfeito para:
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Embora as tecnologias NGS sejam comuns em laboratórios de pesquisa devido aos recursos de maior rendimento, o sequenciamento Sanger oferece uma solução econômica para suas necessidades de pesquisa. Não requer equipamentos caros e pode gerar dados de alta qualidade, mesmo para amostras de baixa titulação viral que não produzem alta cobertura do genoma para algumas tecnologias NGS.
Conforme você trabalha para entender o SARS-CoV-2 para identificar rapidamente futuras opções de tratamento e desenvolver possíveis alvos de vacinas, nosso abrangente portfólio de soluções de pesquisa de sequenciamento Sanger e de análise de fragmentos está aqui para ajudar a avançar em sua pesquisa.
No contexto de um surto, em que um grande número de amostras precisa ser processado com rapidez e precisão, o sequenciamento Sanger e a análise de fragmentos podem ajudá-lo significativamente a obter respostas rapidamente.
No início do surto de SARS-CoV-2, o sequenciamento Sanger foi usado por vários laboratórios para confirmar o patógeno causador como sendo SARS-CoV-2 1-4. Além disso, analisando esses genomas e comparando-os com outros coronavírus conhecidos, foi determinado que o vírus se originou em um reservatório animal que evoluiu de morcegos, com um provável hospedeiro animal intermediário 5,6.
Confirmação do resultado de RT-PCR/qPCR | Testes rápidos para vários alvos |
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O sequenciamento Sanger está sendo usado para confirmar os resultados de RT-PCR/qPCR e fornecer confiança para distinguir o SARS-COV-2 de outros patógenos respiratórios. Em um fluxo de trabalho simplificado, o produto do PCR é purificado e os primers de sequenciamento ligam-se às sequências conhecidas na região alvo, permitindo assim que o sequenciamento seja estendido usando eletroforese capilar (CE) 1,3. | As soluções de qPCR multiplexadas testam para pequenos números de patógenos, e sua capacidade relativamente pequena pode limitar a produtividade quando um grande número de alvos ou patógenos precisam ser detectados. A análise de fragmentos por CE pode ser usada para testar vários patógenos associados a diferentes síndromes em uma única amostra 9. Por exemplo, um painel respiratório multiplex pode detectar patógenos virais e bacterianos para ajudar a descartar patógenos comuns como causa da infecção. |
Saiba mais sobre um método simples para detectar sequências virais de SARS-CoV-2 por meio de soluções de multiplexação de alvos, baseadas em análise de fragmentos:
De baixo custo, o sequenciamento de Sanger é considerado o método de sequenciamento padrão ouro para confirmar a sequência de genes específicos, incluindo aqueles já sequenciados por NGS. Pode ser usado para:
Um entendimento do tipo e do subtipo de vírus é essencial para uma resposta eficaz à crise. A vigilância também desempenha um papel na compreensão da transmissão entre espécies do vírus e sua propagação espacial ao longo do tempo evolutivo e nas interfaces entre a vida selvagem e a humana. O monitoramento ajuda a detectar a presença de diferentes variantes do vírus obtidas de amostras com diferentes graus de sintomas, incluindo amostras assintomáticas.
A identificação do SARS-COV-2 em águas residuais pode fornecer informações quase em tempo real sobre a propagação do vírus e pode ser uma abordagem importante para o monitoramento da propagação do vírus 18,19. Esse método, conhecido como epidemiologia baseada em águas residuais (WBE), pode conseguir agir como um sistema de alerta precoce para surtos de doenças infecciosas em geral e, no futuro imediato, pode ajudar a prever a segunda onda de infecções por SARS-COV-2. Vários pesquisadores em todo o mundo usaram o sequenciamento Sanger para confirmar a identificação do SARS-CoV-2 em águas residuais, após a identificação viral por RT-PCR ou qPCR 20-22.
Leia mais: SARS-COV-2 em águas residuais: Um possível método de alerta precoce
Pesquisas indicam que a microbiota faríngea (PM) pode influenciar a suscetibilidade a diferentes infecções virais respiratórias 23,24 , tornando possível que seja importante compreender a epidemiologia do SARS-CoV-2. A análise de fragmentos por CE pode ser usada para identificar assinaturas microbianas associadas a diferentes fenótipos da doença 25. Baseia-se na ampliação de regiões interespaciais (IS) de rRNA 16S-23S em bactérias para produzir fragmentos de PCR que variam em comprimento e frequência, dependendo das espécies bacterianas. Cada fragmento de PCR pode ser separado e detectado em um analisador genético. Os padrões de fragmentos resultantes são comparados a um banco de dados curado para determinar as espécies presentes na amostra 25.
Leia mais: As diferenças na microbiota poderiam explicar a variabilidade na suscetibilidade ao SARS-CoV-2?
Há uma necessidade urgente de desenvolver tratamentos antivirais e/ou vacinas seguros e específicos para o SARS-CoV-2. As vacinas fornecem uma solução de longo prazo para reduzir o risco de infecção ao treinar o sistema imunológico para responder de forma rápida e eficaz. Portanto, é fundamental selecionar uma abordagem vacinal e começar com uma pesquisa laboratorial básica para identificar os candidatos a patógenos e antígenos que poderiam causar uma resposta imune.
Simples, rápido e econômico, o fluxo de trabalho de sequenciamento Sanger é ideal em diferentes etapas do fluxo de trabalho de desenvolvimento de vacinas:
A pesquisa de vacinas é geralmente realizada com células humanas cultivadas, obtidas de repositórios principais ou de outros pesquisadores. Estima-se que em 15% a 20% do tempo, as células usadas em experimentos foram identificadas incorretamente ou contaminadas de forma cruzada com outra linhagem celular. Embora os principais repositórios agora autentiquem a identidade da linhagem celular, muitos estão solicitando que todos os pesquisadores testem e autentiquem a identidade da linhagem celular usando técnicas padrão de genotipagem, como Genotipagem de STR (Short Tandem Repeat, Repetição em tamdem curto) com CE.
Oferecemos produtos para autenticar a identidade da linhagem celular:
Os vírus emergentes representam um grande desafio para os sistemas globais de economia e de saúde. Devido ao seu potencial pandêmico, como testemunhado no caso do vírus SARS-COV-2, o rápido desenvolvimento e triagem de medicamentos são necessários para combater e conter a propagação da infecção.
"O sequenciamento Sanger pode realizar o que algumas outras novas plataformas não podem, especialmente quando você deseja observar haplótipos de frequência de alelos menos importantes de genes virais contagiosos, que podem não ser capturados em algumas das plataformas de maior rendimento."
Dra. Lillian Seu
Centro de controle de doenças infecciosas, Zâmbia
"A alta precisão e sensibilidade do sequenciamento Sanger o tornam insubstituível na confirmação de mutações pontuais, na determinação da posição do DNA clonado, no sequenciamento de lacunas internas curtas ou na ausência de dados no terminal do genoma."
Dra. Iryna Goraichuk
Unidade viral aviária exótica e emergente do USDA-ARS
Leia como novos vírus aviários foram descobertos com a ajuda do sequenciamento Sanger
Simples e rápido, o fluxo de trabalho de sequenciamento Sanger pode ser concluído em menos de um dia de trabalho, da amostra à resposta. Oferecemos produtos que suportam muitas etapas de nosso fluxo de trabalho recomendado, desde a ampliação por PCR até a análise de dados.
Desde a preparação direta das amostras até a análise de pico, oferecemos uma ampla gama de produtos e serviços para simplificar cada etapa do fluxo de trabalho de análise de fragmentos.
Protocolos de sequenciamento Sanger e análise de fragmentos são mencionados nas publicações abaixo:
Obtenha respostas curtas para suas perguntas diárias sobre sequenciamento Sanger e análise de fragmentos
Saiba mais sobre a história do sequenciamento e como escolher a plataforma certa para suas necessidades de pesquisa
For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.