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PCR検査陽性検体に対してウイルスゲノムの全遺伝情報、また一部の領域を解析し、N501YやE484Kなど関連する既知の変異(Mutation)の有無を解析することにより、ウイルス株の同定やスクリーニングを実施します。
「新型コロナウイルス変異を検出・同定するためのPCRおよびシーケンシング技術のご紹介」
本オンラインセミナーではN501Y、E484K、L453Rなどの新型コロナウイルス変異株の変異を同定できるリアルタイムPCRタイピングアッセイの紹介を中心に、迅速にSARS-CoV-2のゲノム解析が可能な次世代シーケンス技術や、サンガーシーケンス法による変異箇所シーケンス手法も合わせてご紹介しております。
演者:白神 博 (サーモフィッシャーサイエンティフィック テクニカルサポート部 スーパーバイザー)
ウイルスにはRNAウイルスとDNAウイルスの2種類があり、それぞれ適切な抽出方法を選択することが重要となります。また、目的遺伝子を検出する際には、RNAから逆転写反応によるcDNA合成が必要となり、最近ではコンタミネーションのリスクを回避しつつ、迅速に検出ができるリアルタイムPCRが多用されています。
N501Y、E484K、K417N、など22種類の変異を1種類から高感度に検出可能なSNPジェノタイピング(遺伝子型判定)アッセイです。
SARS-CoV-2ウイルス(新型コロナウイルス)のような RNA ウイルスは、遺伝子変異を起こす頻度が高いことが知られています。このようなウイルスの感染拡大の影響を調べるため、新型コロナウイルスゲノムの変異解析から、疫学的アプローチにより、クラスターの発生や伝播パターンの解析の重要性が増しています。検体からレポートまでのワークフローを自動化した、新型次世代シーケンサGenexus システムは、「新型コロナウイルス全体のゲノム解析をしたい」、「新型コロナウイルスの変異を検出や変異株の付加的情報を調べたい」、「新型コロナウイルスの感染経路不明をなくしたい」という目的を、簡単かつ迅速に実現します。
SARS-CoV-2ゲノムを99%以上カバーするSARS-CoV-2特異的なプライマーとシーケンサ付属の解析サーバーで迅速に解析可能です。Ion Torrent Genexusシステムを使用すれば、抽出した核酸からデータ解析までハンズオンタイムはたった10分、わずか1日でデータが得られます。
サンガーシーケンシングは、RT-PCR/qPCR の結果を確認し、SARS-CoV-2を他の呼吸器病原体と確実に識別するために使用されています。またCEによるフラグメント解析は、単一のサンプルで異なる症候群に関連する複数の病原体を検査するのに使用することができます。
サンガーシーケンスにより変異株を検出するための、研究用途のプロトコルを開発しました。ここで用いるプライマー配列は、CDCが発表したものに基づいています。
ブログの記事の一例です。新型コロナウイルス遺伝子解析に関する最新の記事が追加、更新されていきますので、ぜひご覧ください。