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Next-Generation Sequencing(NGS)을 사용한 코로나바이러스 연구
역학 연구를 위한 전체 코로나바이러스 유전체 분석법
미생물학자와 바이러스학자들의 주요 도전 과제는 질병의 진화 및 출현 패턴을 예측하는 것입니다. 코로나바이러스와 같은 RNA 바이러스는 유전적 변이 능력이 높은 생물학적 특징을 가지고 있어 돌연변이의 집합체로 나타나게 됩니다. 또한 코로나바이러스 변이체는 박쥐 및 뱀과 같은 동물 전염원 내에서 antigenic shift를 통해 나타납니다.
Ion Torrent 표적 next-generation sequencing(NGS)을 사용하여 SARS-CoV-2(COVID-19의 원인이 되는 코로나바이러스) 전체 유전체 염기서열분석 및 역학 연구를 위한 워크플로우를 간소화할 수 있습니다. 높은 정확도를 제공하는 마스터 믹스와 특이성이 높은 범용 코로나바이러스 프라이머를 사용하여, Ion Torrent 시스템에서 모든 유전체 세그먼트가 증폭되고 DNA 앰플리콘이 시퀀싱되어 하루 안에 매우 정확하게 코로나바이러스 타이핑(typing)을 수행합니다.
전체 바이러스 유전체 염기서열분석 및 변이체 검출을 위해 Ion AmpliSeq SARS-CoV-2 Research Panel은 길이가 125–275 bp인 앰플리콘을 가진 풀(pool) 2개로 구성되어 있습니다.
Ion Torrent NGS의 장점:
- 빠른 염기 서열 분석—최소 2시간 30분 내에 염기서열 데이터를 확보할 수 있습니다.
- 자동화된 워크플로우로 작업자에 의한 오류의 최소화—작업자에 의한 수동 작업 시간은 약 45분입니다.
- 정확한 변이체 확인
- 높은 성공률과 증가된 분석 적격성—샘플 중 바이러스 함량이 적은 경우에도 분석이 가능합니다.
- PCR에 기반한 고감도로 인해 입력(input) 요건이 낮음—샘플로부터 직접 증폭합니다.
Ion AmpliSeq SARS-CoV-2 Research Panel을 위한 표적 NGS 워크플로우
Figure 1. Ion AmpliSeq workflow. Ion AmpliSeq libraries are prepared manually or with the Ion Chef System. Libraries are then placed in the Ion Chef System for emulsion PCR, enrichment, and loading onto Ion S5 chips.
Ion Torrent 시스템은 바이러스 유전체 및 변이체의 >99%를 커버하는 표적 염기서열분석 뿐만 아니라, NGS를 통한 SARS-CoV-2의 De novo(whole genome) 염기서열분석에도 사용될 수 있습니다.
올바른 칩(chip) 선택
하나의 단일 Ion 540칩에서 최대 80개 샘플을 복합 분석할 수 있습니다.
샘플 수 | Chip |
|---|---|
| 2–3개 샘플 | Ion 510 Chip |
| 4–6개 샘플 | Ion 520 Chip |
| 15–20개 샘플 | Ion 530 Chip |
| 60–80개 샘플 | Ion 540 Chip |
Ion AmpliSeq Designer
관심 유전자와 유기체에 초점을 맞춘 Ion AmpliSeq research panel을 간편하게 설계하고 주문할 수 있습니다.
Torrent Suite Software
단일 샘플에 대한 베이스콜링(basecalling) 및 정렬(alignment)을 수행하고 2차 분석을 위한 플러그인(plugin)을 실행하여 NGS 데이터를 쉽게 관리할 수 있습니다.
주문 정보
| 제품 | 주문 방법 |
|---|---|
| Ion AmpliSeq SARS-CoV-2 Research Panel | 1. ampliseq.com 에서 Ion AmpliSeq Designer 페이지를 방문하여 로그인 하십시오. 계정이 없는 경우, 등록 절차에 따라 새 계정을 생성할 수 있습니다. 2. 로그인 후, 이 페이지 로 이동하여 주문을 하십시오. |
For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.