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Minor Variant Finder Software
Sanger 시퀀싱을 사용한 5% 체세포 변이체 검출
Applied Biosystems™ Minor Variant Finder Software는 작은 돌연변이를 Sanger 시퀀싱을 통해 검출하고 보고하도록 개발된 새로운 소프트웨어입니다. 작은 변이체는 해당 대립유전자에서 기여도가 25% 미만인 작은 성분으로 존재하는 단일 핵산 다형성(SNP)입니다.
종양학, 감염성 질환, 유전병과 같은 연구 분야에서는 미량의 체세포 돌연변이를 검출할 수 있어야 합니다. Minor Variant Finder Software를 통해 민감도가 개선된 덕분에 Sanger 시퀀싱은 종양학자 및 병리학자들이 관련 표적 개수가 흔히 제한적인 저빈도 체세포 변이체(5% 미만)를 검출하는 데 있어 이상적인 도구입니다.암 종류에 따라 종양유전자(KRAS, NRAS 등) 및 종양 억제 유전자(TP53 등)에서 보통 개수의 관련 변이체는 Minor Variant Finder를 사용한 최고 표준의 Sanger 시퀀싱을 통해 빠르고 저렴하게 검출할 수 있습니다. 또한 이것은 NGS(next-generation sequencing) 결과에 중요하고 확실한 방법입니다.
5% 정도의 낮은 검출 수준에서 작은 변이체 추출
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위: 원래 Sanger 시퀀싱 데이터.
아래: Minor Variant Finder Software를 통한 출력 데이터.
위: 원래 Sanger 시퀀싱 데이터.
아래: Minor Variant Finder Software를 통한 출력 데이터.
Minor Variant Finder Software의 혁신적인 알고리즘은 대조군 샘플을 사용해 배경 잡음을 상쇄시키고 5% 정도의 낮은 검출 수준에서 작은 변이체를 추출할 수 있습니다. 소프트웨어의 소음 최소화 절차를 통해 가져온 Sanger 시퀀싱 데이터 결과는 깔끔한 전기영동도 형식으로 표시되므로 이 작은 변이체를 시각적으로 확인할 수 있습니다. 검토 지표를 설정하면 분석 후에 드러나는 잠재적인 작은 변이체를 추출하는 데 도움이 됩니다. 순방향 및 역방향 가닥 모두에서 작은 변이체가 검출되어 결과를 확인할 수 있습니다.
가장 저렴한 비용으로 보통 개수의 표적 시퀀싱
Sanger 시퀀싱은 제한적인 개수의 표적을 실행할 때 비용 효과적인 옵션입니다. Minor Variant Finder Software를 통해 민감도가 개선된 덕분에 Sanger 시퀀싱은 종양학 및 병리학 연구 실험실에서 관련 표적 개수가 흔히 제한적인 체세포 변이체를 검출하는 데 있어 이상적인 도구입니다. 또한 고정된 유전자 패널을 쉽고 유연하게 증가시킬 수도 있습니다.
중요한 결과를 보다 빠르게 도출
Sanger 시퀀싱의 빠른 분석 시간을 활용할 수 있습니다. 샘플부터 결과 도출까지 하루 이내에 가능하므로, 중요한 결과를 빠르게 받아볼 수 있습니다.
정렬 보기와 벤다이어그램에서 NGS 결과 확인
NGS 기술을 사용하는 고효율 실험실에서는 NGS 결과의 작은 변이체를 Sanger 시퀀싱으로 빠르고 저렴하게 확인할 수 있습니다. 보고할 확인 데이터를 정렬 보기와 벤다이어그램으로 시각화할 수 있습니다.
간단한 workflow
이 소프트웨어를 사용하더라도 현재 workflow를 변경할 필요가 없습니다. 이 소프트웨어를 사용하더라도 현재 workflow를 변경할 필요가 없습니다.
workflow 살펴보기
대조군과 검사 샘플을 준비하고 동일한 물질과 절차(동일한 primer, 동일한 샘플 세척 방법, 동일한 장비, 동일한 전문가 손 등)를 사용해 시퀀싱합니다.
Minor Variant Finder Software에 새 프로젝트를 생성합니다.
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대조군에 순방응과 역반응을 적용하고 검사 샘플의 순반응과 역반응을 소프트웨어에 제공합니다.
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소음 최소화 전후에 추출된 변이체 및 전기영동도를 검토합니다.
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Minor Variant Finder Software - 첫 선보임
Applied Biosystems™ Minor Variant Finder Software는 Sanger 시퀀싱을 사용해 5% 체세포 변이체를 검출하도록 해줍니다.
컴퓨터 사양
구성요소 | 사양 |
| 컴퓨터 | Windows™ 컴퓨터, 2GB 하드디스크 공간, 최소 4GB 메모리, 8GB 권장. 검사 구성:
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| 운영 체제 | Windows™ 7 SP1 32비트 또는 64비트 또는 Windows™ 10 Pro, 64비트 |
| 브라우저 | Google™ Chrome™, Mozilla™ Firefox™, Microsoft™ Internet Explorer™ v.11 또는 Microsoft™ Edge Minor Variant Finder Software는 웹 브라우저 창에서 실행되지만, 실행하기 위해 인터넷 연결이 필요하지 않습니다. 데이터는 데스크톱 컴퓨터에서 보안됩니다. |
| 화면 해상도 | 1024x768 이상, 1280x1024에 최적화 |
장비 사양
사양 | 설명 |
| Basecaller | 이 소프트웨어는 KB Basecaller v1.4 이상에서 염기를 판독한 .ab1 파일을 분석할 수 있고, 여기에는 Applied Biosystems™ SeqScape™ Software와 같은 재시퀀싱 소프트웨어 응용프로그램으로 편집하지 않은 염기서열을 포함합니다. |
| 호환되는 유전자 분석기 | Applied Biosystems™ 3500, 3130, 3730 Genetic Analyzer의 데이터는 Minor Variant Finder Software로 검사되었습니다. 앞서 설명한 basecaller 버전으로 염기를 판독할 경우 3100 모델의 데이터가 지원됩니다. |
For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.