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使用RNAqeous家族的试剂盒提取的为200 nt以上的RNA,所以这些试剂盒不适合提取5S rRNA 或tRNA。但是,RNAqueous-Micro Total RNA Isolation试剂盒提供一个改进的实验方案,可以从样本分离miRNA。
请使用选择指南来比较用于miRNA提取的不同试剂盒。
对于福尔马林固定样本,我们推荐使用RecoverAll™FFPE样品总核酸分离试剂盒。您可以使用此试剂盒从FFPE样品中提取总RNA和miRNA,然后按照miRVana™试剂盒说明中的富集方案对上述样本内的miRNA进行富集。对于未固定的LCM样品,您可以使用RNAqueous试剂盒
不能,由于该纯化柱的截留分子量较低(大约为200bp),小RNA将会在使用这种纯化方法时丢失。
是的,您可以使用修改版的Megaplex™ Pools microRNA表达分析实验方案 (组分号 4399721,B版)。在该方案中,调整逆转录和预扩增反应体系以包含所有的细胞裂解物。
是的。您将需要按照另一个实验方案操作,点击此链接获取。
Poly(A)Purist™ 试剂盒和MicroPoly(A)Purist™试剂盒使用基于oligo(dT)纤维素的富集方法,而Poly(A)Purist™ MAG试剂盒采用基于oligo(dT)磁珠的纯化方法。Poly(A)Purist™试剂盒和Poly(A)Purist™ MAG试剂盒的样品为总RNA,而MicroPoly(A)Purist™试剂盒可以从总RNA中或直接从少量组织或哺乳动物细胞中提取mRNA。
有的,您可以加入1/10体积的3 M NaOAc,然后进行乙醇沉淀。
点击查看RiboMinus™工作流程。
对于物种特异性来说,以下物种对于LSU/SSU探针没有任何错配(LSU (28S) / SSU (18S)探针完美配对)。这意味着探针可从下列物种中去除18S和28S序列。
陆生物种 | 海洋物种 | 植物 |
Human, mouse, rat, frog, rabbit, cow, pig, chicken, Drosophila,* Caenorhabditiselegans, midge, mosquito, yeast (Saccharomyces cerevisiae, Schizosaccharomyces pombe) | Sea squirt, coelacanth, lancelet, eel, salmon, sturgeon, ratfish, lamprey, brown plankton, zooplankton | Arabidopsis thaliana, Brassica napus, rice, tomato, Humulus lupulus, Zea mays, wheat, soybean, pine, aspen |
* 该试剂盒中的28S和18S探针分别和果蝇的 18S和28S rRNA序列完全匹配。但是,有报道表明果蝇(昆虫)的 28S rRNA会分裂为2个较小片段并与18S共迁移。目前准确的分裂位点还未被找到。但是,基于用户的反馈,该试剂盒并不能完全去除分裂的28S rRNA。我们也没有用该试剂盒测试过果蝇样本。
5S和5.8S序列更具多样性,因此效果好的探针所使用的物种范围可能会较小:
5S: 0至1个错配:人,小鼠,,大鼠,青蛙,,鸡,果蝇,线虫, 拟南芥,玉米
5.8S: 0错配: 人, 小鼠,,大鼠
纯化后的RNA可以方便的用260 nm 紫外吸光值或Quant-iT™ RNA Assay试剂盒进行定量。要验证rRNA的去除效果,可以对样本进行琼脂糖凝胶电泳检测或使用Agilent 2100 Bioanalyzer进行分析。与对照相比,样本的琼脂糖凝胶电泳应无18S和28S rRNA条带。通过琼脂糖凝胶电泳也可以判断样品是否有DNA污染及RNA降解。rRNA的去除效率,RNA的降解,以及RNA的浓度也都可以通过Bioanalyzer进行分析。
您需要在提取前将病毒从细胞中分离出来,以避免样品中细胞核酸的污染。
请参阅RNA样本收集,保护,以及提取支持中心 以获取更多信息。
这里是我们单独出售的DNA/RNA纯化缓冲液列表。
请点击此链接了解两套系统的比较结果。
MagMAX™ Express-96磁珠处理仪可兼容MagMAXTM Express-96孔板,深孔反应板(方孔)及PCR反应板(带裙边)。每一类型的反应板都有对应的优化过的MagMAXTM Express-96磁棒头和吸头。在这三种类型反应板中,MagMAXTM Express-96孔板可兼容所有三类磁头。方形孔的深孔板的样本最小体积必须为每孔2.2 mL(带盖2.0 mL)。
可以。您可在同一次运行中使用深孔板和MagMAXTM Express-96孔板。因此,您可以先采用较大体积的反应板开始处理,之后将纯化样本洗脱到小体积反应板(MagMAXTM Express-96孔板)中。
我们提供完整的MagMAXTM Express-96系统(又称MagMAXTM Express-96磁珠处理仪),能够以96孔板的形式纯化和处理蛋白、DNA、RNA和细胞样品。该处理仪能按照预先载入的纯化方案自动处理磁珠。
MagMAXTM Express-96的磁体使用非常稳定的材料制成。磁体的磁性不会变弱。不过,极端的机械外力或加热可能会对磁体造成损坏。注:务必使MagMAXTM Express-96的磁棒头远离其他磁棒或其他磁体。磁体相互撞击会引起严重损坏。
MagMAXTM Express-96系统不可靠近磁带、计算机磁碟及信用卡等磁性存储系统,这些物品可能会被MagMAXTM Express-96磁棒的强力磁场所损坏。MagMAXTM Express-96磁棒头不可靠近PC显示器,否则将可能造成显示器损坏。操控MagMAXTM Express-96磁棒头时,不可使用金属工具。
警告:本产品含有强力永磁体。佩戴心脏起搏器或金属义肢的人员不宜使用此设备。心脏起搏器或义肢靠近强磁场时,性能可能受到影响或发生损坏。
加热模块位于仪器内部,在实验方案执行过程中会被自动调用。MagMAXTM Express-96孔板与PCR反应板(带裙边)都能够通过专门设计的,可互换的加热模块进行加热。在实验方案中,可添加任意数量的加热步骤。在实验方案的执行过程中,当进入加热步骤时,反应板会自动移至专用的加热位置。加热步骤结束后,实验方案将自动进入下一步骤。
注:无法加入冷却步骤。
加热模块每分钟升温10°C,因此需要6分钟左右。
我们强烈建议保持每孔的液体体积在指定的限值范围内,以免试剂溢出。
在运行过程中您可以按“停止”按钮以暂停程序。如果您再按一次“开始”,则会继续运行。如果您按“停止”按钮两次,则运行完全停止。无法从一个实验方案的中间开始运行。
由磁套进行的试剂混合发生在液面以下,这样可防止使用MagMAXTM Express仪器时出现气溶胶和溢出。
共有2排,每排12个磁棒头;2个上样板。
推荐使用深孔板。对于更大体积的样品(可达400 μL),请使用深孔配置。
很遗憾,没有。
有的,您可以使用0.1 mM EDTA作为替代品(但是磁珠会沉降得慢一些)。
下列表格显示了不同 MagMAX™试剂盒之间通用的试剂:
| AM1835 | AM1836 | AM1939 | AM1830 | AM1837 | AM1839 | AM1840 |
裂解/结合液浓缩液 | X | X | X | X | X | X | X |
RNA结合磁珠 | X | X | X | X | X | X | X |
洗涤液1浓缩液 | X | X | X | X | X | X | X |
洗涤液2浓缩液. | X | X | X | X | X | X | X |
洗脱缓冲液 | X | X | X | X | X | X | X |
裂解/结合增强剂 |
| X | X | X | X | X | X |
载体RNA | X | X | X |
|
|
| X |
TURBO™ DNA酶 |
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| X | X | X |
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MagMAX™ TURBO™ DNA酶缓冲液 |
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| X | X | X |
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氧化锆珠子管 |
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| X |
TRI Reagent |
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| X |
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RNA重结合浓缩液或磁珠重悬溶液. | X |
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| x |
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*在不同试剂盒中的同一试剂的体积会有所不同,但是成分是相同的。
如果将结合液和洗涤液1中异丙醇的浓度调整为50%,洗涤溶液2和洗脱溶液保持不变,MagMAX™ 磁珠处理仪即可以捕获小RNA。如果在使用AM1839时使用这种改进的方法,预期的 miRNA回收率是最高的。
AM1836是一个很好的选择, AM1835可以作为备选。
可以,载体RNA可以单独订购,货号是4382878。
可以,将结合液和洗涤液1中异丙醇的浓度调整为50%以沉淀小RNA。但是,我们还没有检测过这个方法的效果。
有的,Applied Biosystems™ MagMAX™ mirVana 总RNA试剂盒(货号A27828) 可以从多种样本(血清,血浆,全血,组织,细胞,尿液)同时提取小RNA和大RNA。
您可以根据您的实验操作习惯及具体实验需求选择磁力架。使用AM10027的磁力架,磁珠会聚集每孔的一侧,这样更有利于使用移液器从孔的另一侧吸取液体。AM10050的磁极在孔的周围,因此磁珠会在孔的周围聚集成环,更有利于使用自动化液体操作平台进行操作。
是的,iPrepTMPureLink总RNA试剂盒可胜任此项应用。当屏幕上出现提示时,您可选取“No DNase(无DNA酶)”项。这样仪器就会收集样本中所有类型的核酸。不过,此试剂盒并没有为纯化DNA而进行过优化,所以由于裂解/结合缓冲液中GITC的存在,RNA和磁珠的结合能力会高于DNA。
iPrepTM纯化仪能够从多达13份样本(12份样本和1份阳性对照)中自动纯化核酸。您需要购买一款iPrepTM试剂盒,其中包含了样本制备试剂,其它相关试剂以及iPrepTM实验方案储存卡(iPrepTM Protocol Card),后者中预先编有纯化方案程序,指定了所应用的试剂体积和孵育时间。
iPrep™试剂盒 | 推荐的 iPrep™卡 |
iPrep™ ChargeSwitch组织基因组DNA提取试剂盒 | iPrep™血液与组织基因组DNA卡 |
iPrep™ ChargeSwitch法医试剂盒 | iPrep™ 法医卡(包括口腔应用方案) |
iPrep™ ChargeSwitch口腔细胞试剂盒 | iPrep™ 法医卡 (包括口腔应用方案) |
是的,所有MagMAX™试剂盒都能用于KingFisher™ Flex 磁珠处理仪。
KingFisher™ Flex 磁珠处理仪有四种磁棒选择:
- 用于MagMAX™ Express-96深孔板的KingFisher™ Flex磁棒
- 用于KingFisher™ 24深孔板的KingFisher™ Flex磁棒
- 用于KingFisher™ 96孔板的KingFisher™ Flex磁棒
- 用于有裙边PCR板的KingFisher™ Flex磁棒
不可以,96孔标准磁棒头和96深孔磁棒头不能互换。但是,两台仪器可以使用相同的磁棒套。
带96深孔磁棒头的KingFisher™ Flex仪器和MagMAX™ Express-96仪器所需的耗材是相同的。列表如下:
- MagMAX™ Express-96 深孔板 (货号 4388476)
- MagMAX™ Express-96 标准板(货号4388475)
- MagMAX™ Express-96深孔磁棒套(货号4388487)
- MagMAX™ Express-96 标准磁棒套(货号 4388488)
- MicroAmp™ 透明封口膜(可选): (货号. 4306311)
对于带24深孔磁棒头的KingFisher™ Flex仪器,所需耗材列表如下:
- KingFisher™ Flex 24深孔板:(货号. 95040480)
- KingFisher™ Flex 24深孔磁棒套: (货号 97002610)
不行,我们强烈推荐您使用MagMAX™板或KingFisher™板,因为它们是专为配合KingFisher™ Flex磁棒套同时使用而设计的,以达到最佳效果。其它制造商生产的板子可能与KingFisher™ Flex加热模块不兼容。它们还可能引起意料之外的问题,例如可能会由于不同的孔容积和板底高度而引起交叉污染。
可以,反应体积可以扩大,并且所有其它体积(例如洗涤体积)需要以相同倍数扩大。除非板的容积允许,我们强烈建议反应体积扩大不应超过2倍。
可以,可将样品分装。在进行下一步之前,设置程序使得磁头可以从多个孔内收集样本。确保不要过量加样。
对于核酸提取,我们建议使用我们的MagMAX™试剂盒和MagJET试剂盒。其它大小在0.5到10 µm间的磁珠应该也可以使用。但是,您需要自己用Thermo Scientific™ BindIt™软件编写您自己的KingFisher™实验方案,并自己验证/优化这一实验方案。
BindIt™软件和Windows™ XP (Professional with Service Pack 3),Windows™ Vista (Service Pack 2), Windows™ 7 (Service Pack 1), 以及Windows™ 8兼容。
不能,出厂实验方案不能编辑,但是您可以使用“另存为”功能对其重命名,然后将它作为一个新的版本来编辑。
是的,MagMAX™ Express-96仪器可以和装有最新版本BindIt™软件v3.3.1.7的电脑相连。这种连接需要一个到USB转化器的串行端口。已有的.kf2 文件在BindIt™软件内不能被编辑,但是可以将.kf2文件重写为.bdz文件从而可以被编辑。请参见应用注意了解更多细节。
实验方案不能从KingFisher™ Flex仪器转移到电脑。实验方案需要被存储在BindIt™软件内之后才可以进行编辑。
KingFisher™ Flex使用一个USB接口,而MagMAX™ Express- 96需要一个RS-232接口。
The KingFisher™ Flex magnets are made of material that is very stable. The magnetic field will not get weaker. However, extreme mechanical force or heating can cause damage to the magnets.
Caution: It is very important to keep the KingFisher™ Flex heads away from each other and from other magnets at all times. Clashing together of the magnets may cause serious damage to the magnets.
The KingFisher™ Flex磁体是使用非常稳定的材料制成的。磁场不会变弱。不过,极端的机械外力或加热可能会对磁体造成损坏。
注:务必使KingFisher™ Flex的磁棒头远离其他磁棒或其他磁体。磁体相互接触会引起严重损坏。
可以通过运行“维护 (Maintenance)”菜单之下的“更换磁头 (Change magnet)”程序实现,使用“上 (up)”和“下 (down)”按钮进行选择。
您可在同一次运行中使用深孔板和KingFisher™ 96孔板。因此,您可以先采用较大体积的反应板开始处理,之后将纯化样本洗脱到小体积反应板(KingFisher™ 96孔板或MagMAX™ Express-96孔板)中。
加热模块每分钟升温10°C,因此需要6分钟左右。
我们强烈建议保持每孔的液体体积在指定的限值范围内,以免试剂溢出并确保最佳结果。
转移锁仅在移动仪器时有必要使用。
在BindIt™软件中设置实验方案。在完成前8块板后,仪器将暂停并提示您将板换出。
不是,处理体积指的是24孔深孔板内可以装入的最大体积。这包括结合缓冲液的体积和磁珠体积,所以当扩大反应体积时,一定要确保总体积不超过5mL。
是的,试剂盒内带有一块处理板,两块洗脱板,以及四个板盖,用于手动处理样本。但是,如果您希望使用KingFisher ™仪器,那么您需要额外购买深孔板,标准板,以及磁棒套。
可以,但是我们仅建议将样品在裂解结合缓冲液中于-20度储存不超过4天。在进行RNA纯化前应该将样本融化并平衡至室温。
不行,我们建议每次都新鲜制备蛋白酶K消化液。
您可以在产品页面找到MagMAX™ mirVana™总RNA提取试剂盒在MagMAX™ Express-96, KingFisher™ Flex, 或KingFisher™ Duo仪器上使用的脚本。
For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.