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基于MPS测序技术的法医遗传学标记探索研究
张素华,副研究员,复旦大学遗传学博士,就职于司法部司法鉴定科学技术研究所,主要从事法医物证学的鉴定及科研工作,参与并主持了多项国家和上海市科委基金项目。2015年至2016年期间于德国科隆大学完成博士后研究工作。在国内外重要学术期刊上以第一作者或通讯作者发表论文22篇,其中以第一作者身份发表SCI文章14篇,获授权专利3项。
在演讲中,来自司法部司法鉴定科学技术研究所的张素华博士,分享了题为《基于MPS测序技术的法医遗传学标记探索研究》的报告。
张博士的讲座分为三个部分。第一部分,张博士介绍了实验室对Thermofisher公司的个体识别试剂盒在中国人群中的适用性进行测试的工作。Thermofisher公司的个体识别试剂盒共包含124个位点,其中90个在常染色体上,34在Y染色体上。实验使用了45个无关个体,标准样本使用了9947A和9948样本。灵敏度研究表明,即使低至200pg起始DNA样本依然能够得到非常好的结果。
混合样本研究表明,在100:1,10:1,5:1,1:1,1:5,1:10和1:100的情况下,都能得到很好的混合分型。90个常染色体SNP位点没有连锁不平衡现象。此部分工作发表在Scientific Reports杂志上。
张博士同时介绍了Early Access STR试剂盒在非洲、欧洲和亚洲人群的评估工作。指出下一代测序的STR试剂盒通过测序得到更多的亚型,可提高亲缘关系的识别率。
在第二部分,张博士介绍了使用AmpliSeq自主设计的包含273个SNP位点的Panel的研究情况。273个SNP位点可以在1管中同时扩增。在1ng DNA的样本时能够得到可靠的分型结果。位点从SNPforID和II SNP以及Hapmap的数据,通过生物信息学的方法最终筛选出适合中国人群的SNP位点组合。
在第三部分,张博士介绍了实验室使用AmpliSeq自主设计的包含273个SNP位点和109个STR的Panel的研究情况。109个STR基因座包括57个常染色体、28个X-STR和24个Y-STR基因座。在对STR的分析时,发现PGM能够同时得到准确的长度分型和序列信息,从而具有更高的识别效率和具有分析混合样本的能力。也能够更好的区分真实的Allele和Stutter峰。
最后,张博士介绍了以后的工作计划。将对自主设计的SNP+STR Panel进行进一步的实验和数据分析优化,优化混合样本分析的算法。指出下一代测序的序列信息能够准确地看出亲缘遗传时,突变是如何发生的。同时下一代测序可以容纳更多类型的位点,有助于复杂亲缘关系的鉴定。