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검증된 real-time PCR 어세이 메뉴를 통해, 맞춤화된 Applied Biosystems TaqMan SARS-CoV-2 Mutation Panel을 구축하여 변이 분석에 매우 중요한 결과를 확보하면서, 미래를 대비할 수 있습니다. 확장 가능한 솔루션으로 현재 보유한 real-time PCR 기기에서 최소 몇개에서 최대 수백 개에 달하는 검체를 분석하여 하나 이상의 돌연변이를 식별할 수 있습니다.
- Customizable— SARS-CoV-2 돌연변이를 파악할 수 있는 검증된 실시간 PCR 분석 메뉴를 사용하여 고객은 맞춤화된 패널을 구축하고 추가적인 돌연변이와 변이가 발생할 때 신속하게 조정할 수 있습니다.
- Convenient— 현재 보유중인 real-Time PCR 기기를 사용하여 SARS-CoV-2 검체의 후속 검사가 가능합니다.
- Scalable— 하나 이상의 돌연변이를 식별하기 위해 몇 개 또는 수백 개에 달하는 검체를 유연하게 분석할 수 있습니다.
- Unique, streamlined workflow— 당사의 Gold standard인 TaqMan SNP Genotyping Assays과 1-step RT-PCR 반응을 결합하면, RNA샘플에서 결과까지 약 1시간이면 결과를 얻을 수 있습니다.
| Target | 검증된 실시간 PCR SNP 분석의 메뉴를 선택하여 맞춤화된 패널을 구축할 수 있습니다. |
| Assay design | 타겟 sequence 영역을 증폭하기 위한 염기서열별 forward, reverse primer set 제공. reverse primer는 SARS-CoV-2 유전체 RNA 염기서열의 reverse transcription을 priming 하기도 합니다. 각 분석에는 NFQ(nonfluorescent quenchers)와 2개의 TaqMan MGB(minor groove binder) probe가 포함되어 있습니다. |
| Available sizes | 375 reactions 1,250 reactions |
| Sample input | CT 값이 30 이하인 SARS-CoV-2 검체에서 추출한 RNA |
| Turnaround time | RNA 샘플추출부터 결과분석까지 약 1시간 10분 소요 |
| Recommended instruments | Applied Biosystems 7500, 7500 Fast Dx, 7500 Fast, QuantStudio 5 및 QuantStudio 7 시스템 등 모든 real-time PCR 기기 |
| Recommended software | Genotyping Analysis Module이 포함된 QuantStudio Design and Analysis Software 2.5 버전 이상 |
Figure 1. Workflow for TaqMan SARS-CoV-2 Mutation Panel [Click to enlarge]
검증된 real-time PCR 분석 메뉴는 강력한 SARS-CoV-2 돌연변이 검출에 도움이 됩니다. 아래 데이터는, Genotyping Analysis Module이 포함된 QuantStudio Design and Analysis Software 2.5 버전 이상을 사용하여 얻은 클러스터 플롯(cluster plots) 결과입니다. 클러스터 플롯의 x축을 따라 빨간색 점으로 나타난 정상 검체와 y축을 따라 파란색 점으로 나타난 돌연변이 검체 간 차이를 분명하게 확인 하실 수 있습니다.
S gene mutation delH69V70
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Figure 2. S gene mutation delH69V70 cluster plot. delH69V70 (also known as 69-70del) is a known mutation of B.1.1.7 (501Y.V1 or UK variant). delH69V70 is not exclusive to B.1.1.7.
- Wild type detected
- delH68V70 mutation detected
S gene mutation N501Y
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Figure 3. S gene mutation N501Y cluster plot. N501Y is commonly found in B.1.1.7 (UK variant), B.1.351 (South African variant), P.1 (Brazilian variant).
- Wild type detected
- N501Y mutation detected
작동 방식 (How it works)
Applied Biosystems TaqMan SNP Genotyping Assay는 SARS-CoV-2 양성 검체에서 분리한 RNA로부터 단일 단계 RT-PCR 반응을 통해 원하는 검체에 존재하는 돌연변이를 검출합니다.
본 동영상을 통해 단일 단계 RT-PCR 반응의 작동 방식과 예상 결과를 확인할 수 있습니다.
교육 지원(Training support)
짧은 튜토리얼 동영상 두 개로 정보를 얻으실 수 있습니다.
- SARS CoV-2돌연변이 패널 검출을 위해 기기 소프트웨어를 설정하는 방법
- Applied Biosystems의 실시간 PCR 기기로 워크플로우 파일을 사용하여 Genotyping Analysis Module이 포함된 버전 2.5 이상의 Applied Biosystems Design and Analysis Software로 데이터를 분석하는 방법
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분석 소프트웨어(Analysis software)
실험 셋업과 결과 분석에 유용한 정보
짧은 동영상으로 다음 사항을 확인할 수 있습니다.
- 고객의 기기 소프트웨어에 Genotyping Analysis를 셋업하는 방법
- Reverse transcription 단계 method 세팅 방법
- Genotyping 분석 세팅에서 실시간 데이터를 선택하는 방법
- 결과로 얻은 클러스터 플롯을 분석하는 방법
Genotyping Analysis Module이 포함된 QuantStudio Design and Analysis Software 2.5 이상 버전을 사용하십시오.
- Fast-track SARS‑CoV‑2 variant and mutation profiling for public health action in the UK using RT‑PCR–based genotyping assays
- Rapid, Cost-effective System for Surveillance of SARS-CoV-2 Variants of Concern using Targeted RT-PCR SARS CoV-2 Mutation Panel
- Comparison of TaqMan and TIB Molbiol SARS-CoV-2 Genotyping Assays for the Identification of B.1.1.7 in S-gene Target Failure
- Quick SARS-CoV-2 surveillance in the central European region using SGTF and a panel of seven mutation of concern RT-PCR SNP assays
- Epidemiological and biological associations of SARS-CoV-2 variants based on real-world observational data
TaqMan SARS-CoV-2 Mutation Panel을 사용하려면, 아래의 제품을 사용하셔야 합니다.
Premier assays는 단일 표준 사이즈로 많이 알려진 변이를 대상으로 제작되었으며 수요가 많은 어세이입니다.
Custom assays는 두 개의 사이즈로 제공하며 배송 기간이 길게 소요됩니다.
최근 표기법이 Gene.Mutation.Reference Codon.Mutant Codon 형식으로 변경되었습니다.
예: S.D215G.GAT.GGT
Note: 다중 염기변이 결실(MNV)의 경우, reference codon과 mutant codon이 표기법에 포함되지 않습니다. (예: S.delH69V70)
New 오미크론 변이의 분석: G339D, Q493R, T547K, A2710T, T13195C
신규 오미크론 BA.2 변이의 분석: T376A 및 V213G
E. Lai, D. Becker, et al.의 연구 논문 A method for variant agnostic detection of SARS-CoV-2, rapid monitoring of circulating variants, detection of mutations of biological significance, and early detection of emergent variants such as Omicron 관련 제품은 아래 테이블 상에 파란색으로 표시되어 있습니다. 일부 TaqMan SARS-CoV-2 돌연변이 분석의 신규 오미크론 변이 분석 성능이 프로브/프라이머 염기서열의 adjacent mutation(S477N, T478K, P681H, delH69V70)으로 인해 저하될 수 있습니다. 해당 adjacent mutation이 성능에 영향을 주는지 파악하기 위해 기술 평가가 추가적으로 진행 중입니다.
Mutation 연구를 위해 제품을 선택하는 과정에 도움이 필요하시면 연락 부탁드립니다.
The TaqMan SARS-CoV-2 Mutation Panel Premier Assay AIF file can be accessed in the Resources section below.
AIF files are included in assay shipment.
*Recommend running an additional assay in parallel with V213G, such as Q493R, that will produce amplification from BA.1 which is found to a high prevalence in Omicron variants.
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