Primer Designer Tool FAQs

다음은 휴먼 엑솜과 휴먼 미토콘드리아 게놈을 다시 시퀀싱하기 위해 사전 설계된 primer pair 약 650,000개의 데이터베이스에서 최적의 PCR/Sanger primer pair을 검색하기 위해 온라인 Primer Designer™ Tool을 사용할 때 자주 묻는 질문(FAQ)입니다.

Q. 사전 설계된 primer pair의 배송 소요 기간은 얼마나 됩니까?
A. 미국과 캐나다의 경우에 일반적인 배송 소요 기간은 다음과 같습니다.
a. 탈염 primer: 3영업일 이내에 배송
b. HLPC 정제 primer: 8영업일 이내에 배송

Q: 시퀀싱되는 영역을 어떻게 알 수 있나요?
A: 각 amplicon에 amplicon 좌표가 표시됩니다.  “View Primer on Map(맵에서 Primer 보기)”을 클릭하면 전사물과 관련하여 게놈에 amplicon이 표시됩니다.

Q: 지원되는 검색어는 무엇인가요?
A: Assay ID(분석 ID): "Hs00326060_CE" 등. SNP ID: "rs12096805" 등. Entrez Gene ID: "6262 등. Gene Symbol(유전자 기호): "JAK2" 등. Gene Name(유전자 이름): "Janus kinase 2" 등. RefSeq Accession #: "NM_007294" 등. GenBank mRNA: CR536579.1" 등. Protein ID(단백질 ID): "CAA66975.1" 등. Cosmic ID: "121007" 등. Primer Designer™ Tool를 사용해 염기서열을 입력해도 매핑 primer pair가 반환됩니다.

Q: 특이적 엑손(exon)의 primer를 어떻게 찾나요?
A: 엑손 계수 방법은 표준화되어 있지 않습니다. 엑손 1은 흔히 전사물에서 첫 번째 엑손을 의미하지만, 전사물 의미에 상관 없이 게놈에서 첫 번째 엑손을 의미할 수도 있습니다. 게놈 뷰어에서 팝업 상자에 마우스를 놓으면 엑손 번호가 나타납니다. 그렇지만, 고객에게 직접 확인하여 표시된 엑손 번호가 사용자가 생각하는 엑손 계수 시스템과 일치하는지 확인하는 것이 좋습니다.

Q: 타깃 SNP부터 primer의 3’ 말단까지의 거리가 얼마여야 하나요?
A: 시퀀싱 화학에 따라 타깃 변이체가 시퀀싱 primer와 떨어져 있는 위치에 amplicon이 있도록 primer pair를 선택하는 것이 좋습니다. BigDye™ Direct 및 BigDye™ Terminator v1.1은 일반적으로 시퀀싱 primer 말단과 매우 가까운 데이터의 경우 품질이 더 우수하지만, BigDye Terminator v3.1은 POP7™ 중합체와 함께 첫35~40개 염기 이후에서 최적화된 데이터 품질을 제공합니다.

Q: 엑손(exon) 영역에 primer가 있나요?
A: Primer pair는 유전자의 엑손(exon) 영역을 증폭합니다.  전체 적용 범위를 확보할 수 있도록 각 엑손의 첫 번째와 마지막 primer는 인트론(intron)에 있습니다.

Q: 양쪽 말단에서 인트론(intron)의 폭은 얼마나 큰가요?
A: 현재 유일하게 엑손용 primer를 제공하고 있으며, "인트론 전용" amplicon을 제공하지 않습니다. 많은 primer pair의 폭은 전체 엑손에 달하므로, 염기서열에 인접한 엑손의 서열도 제공합니다. 이 인트론 염기서열의 크기는 분석별로 다르며 그 크기는 게놈 브라우저 패널에서 볼 수 있습니다.

Q: Primer pair의 amplicon 서열은 어떻게 확보할 수 있나요?
A: Amplicon 좌표는 각 primer pair마다 표시됩니다. 현재 당사 웹사이트에서는 amplicon 서열을 제공하지 않습니다. amplicon 서열을 확인할 수 있는 NCBI 웹사이트를 추천합니다. Primer Designer Tool에서 View Details(세부 정보 보기)를 클릭하면 NCBI 페이지의 다른 위치로 이동하는 하이퍼링크가 여러 개 있습니다. 예를 들어, Entrez Gene ID 하이퍼링크를 클릭하면, Gene ID 페이지로 이동합니다. 게놈 영역, 전사물, 산물로 스크롤하고 "Go to nucleotide(뉴클레오티드로 이동)" 옆에 있는 FASTA 옵션을 클릭하면 전체 서열이 나타납니다.

Q: 주문 후 primer를 받지 못한 경우 어디로 문의해야 하나요?
A: Thermo Fisher Scientific 제품 지원에 문의하시면 되는 데, 이때 주문 번호를 알고 있어야 합니다.

Q: 증폭을 하지 않거나, 오프타깃(off-target) 증폭 또는 PCR 프라이밍 영역과 너무 가까운 타깃 SNP로 인해 제 primer가 작용하지 않으면 어떻게 해야 하나요?
A: Thermo Fisher 제품 지원에 문의하십시오.