Proteome Discoverer 軟體

全方位可擴充的智慧平台

Thermo Scientific Proteome Discoverer 軟體是蛋白質研究學者的終極工具箱，針對各種複雜擷取方法，提供一套完整、可自訂的資料分析工作流程。管理您的資料集以進行統計分析、生物註解及資料解讀，可為大範圍蛋白質體學工作流程簡化複雜生物樣本的蛋白質鑑定與定量。此軟體可精簡所有重大蛋白質體學所需，包括胜肽及蛋白質鑑定、PTM 分析、定量標記以及自非數據依賴擷取法 (DIA)、數據依賴擷取法 (DDA) 和寬區間擷取法 (WWA) 所擷取的無標記定量 (LFQ)。透過醣肽分析、top-down 蛋白質體學、蛋白型態學分析和質譜式化學交聯質譜儀的結構生物學來達成您的目標，這些全部都在同一個整合式、多用途且透過社群強化的蛋白質資訊系統之下。Proteome Discoverer 軟體可在同一個工作流程中支援多重資料庫搜尋演算法與解離技術，提供全方位的資料分析。

透過 MSAID 使用智慧型 INFERYS™ Rescoring 與新穎的 CHIMERYS™ 智慧型搜尋演算法，讓搜尋不僅限於搜尋，朝探索發現的境界邁進。這些創新方法大幅增加了鑑定率、蛋白質覆蓋率、PTM 及鑑定出獨特胜肽的數量，讓科學家能從現有及新獲取的資料中產生更多生物學上的見解。CHIMERYS 2.0 也能改善蛋白質定量能力，以利進行定量標記及採用 DIA、DDA 和 WWA 所擷取的 LFQ。

探索如何將蛋白質體學質譜儀資料轉換為見解

深入了解

不易找到的微量物質–使用嵌合光譜來提升蛋白質鑑定率

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運用免疫胜肽組來鑑定&量化 MHC 抗原。

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關鍵效益

量身打造您的資料分析	執行相對定量	可擴充的工作流程工具
使用節點式工作流程編輯器來量身打造您的資料分析，以獲取最大覆蓋率與信心。整合來自多種搜尋引擎的資料庫搜尋結果，例如 SEQUEST™ HT、Mascot、MSAmanda、來自 Protein Metrics 的 Byonic™，以及 Thermo Scientific ProSightPD 軟體。使用 INFERYS Rescoring 來提高胜肽鑑定及定量的信心，並利用 CHIMERYS 2.0 智慧型搜尋演算法更深入探勘您的 DIA、DDA 或 WWA 資料。	針對下列項目，測量並報告同位素標記肽的相對表現程度： TMT SPS MS3 醣肽鑑定與量化磷酸肽鑑定與量化 Top-down 蛋白質體學交聯透過整合式統計與視像化工具，讓您自信且有效地解讀資料，更快取得有意義的結果。	運用第三方節點及含指令碼節點之內建自訂，同時能保持全面整合至 Proteome Discoverer 軟體架構，以利用視像化、統計分析與生物解讀等工具，讓您的分析更上一層樓。

量身打造您的資料分析

執行相對定量

可擴充的工作流程工具

使用節點式工作流程編輯器來量身打造您的資料分析，以獲取最大覆蓋率與信心。整合來自多種搜尋引擎的資料庫搜尋結果，例如 SEQUEST™ HT、Mascot、MSAmanda、來自 Protein Metrics 的 Byonic™，以及 Thermo Scientific ProSightPD 軟體。使用 INFERYS Rescoring 來提高胜肽鑑定及定量的信心，並利用 CHIMERYS 2.0 智慧型搜尋演算法更深入探勘您的 DIA、DDA 或 WWA 資料。

針對下列項目，測量並報告同位素標記肽的相對表現程度：

TMT SPS MS3
醣肽鑑定與量化
磷酸肽鑑定與量化
Top-down 蛋白質體學
交聯

透過整合式統計與視像化工具，讓您自信且有效地解讀資料，更快取得有意義的結果。

運用第三方節點及含指令碼節點之內建自訂，同時能保持全面整合至 Proteome Discoverer 軟體架構，以利用視像化、統計分析與生物解讀等工具，讓您的分析更上一層樓。

全方位的蛋白質體學研究工具

憑藉包羅萬象的資料庫搜尋選項以及合併多種演算法輸出的能力，Proteome Discoverer 軟體可提升您對結果與透過交叉驗證做出決策的信心。使用智慧型 INFERYS Rescoring 來強化搜尋結果，提升胜肽鑑定及量化分析的信心。無論您的資料是自 DIA、DDA，還是 WWA 模式擷取而來，CHIMERYS 2.0 智慧型搜尋演算法都能協助您更深入地研究資料，大幅增加獨特胜肽鑑定出的數量、改善蛋白質覆蓋率、擴大定量功能，以及發掘出新見解。

完整的序列覆蓋率與轉譯後修飾 (PTM) 的可靠鑑定均有賴多重解離技術輔助得以實現，這些技術包括誘導碰撞解離 (CID)、高能量誘導碰撞解離 (HCD)，以及電子轉移解離 (ETD)，搭配依用途建構之搜尋引擎一併使用。

可自訂的資料分析工作流程

透過可自訂的工作流程來自動化並簡化資料分析，包括多種量化工作流程的全面支援。運用使用 TMT 和 TMTpro 試劑的定量標記或其他同位素標記策略，或是利用無標記定量技術，在定量方面享有實驗靈活性。透過研究管理將量化資料與生物資訊進行比對，並運用快速、可靠的演算法來進行波峰選擇及胜肽定量，進而自定量蛋白質體學研究取得最多資訊。

透過產出的納入及排除清單來改善獲取策略，這些清單可直接匯入至儀器方法當中。自信且輕鬆進行資料比較、交換及驗證，同時能符合 HUPO Proteomics Standards Initiative (PSI) 所開發的各種資料標準。