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Invitrogen GeneArt Strings DNA Fragments是客製化、非選殖的雙股線性DNA片段,由合成寡核苷酸組裝而成。它們非常適合與我們的GeneArt Gibson Assembly® 基因選殖試劑盒進行多片段組裝的理想選擇,錯誤率極低,可減少對正確全長序列的篩選工作。
所有Strings DNA片段皆可進行蛋白質表達優化,無需額外成本,並且也可作為Strings DNA 文庫。
為了簡化訂購,GeneArt Strings小幫手工具已於2022年12月1日停用。請使用上面的連結至全新的GeneArt服務訂購中心,協助您訂購Strings DNA片段。
從Strings小幫手工具停用的常見問答集中,了解更多資訊。
Strings DNA片段由合成寡核苷酸組裝而成,採用與GeneArt基因合成選殖開發所相同的高品質製程,交付時已經乾燥,可隨時進行再回溶、選殖和篩選,以鑑定正確的序列。它們以管狀形式提供,是將合成基因選殖到您的表達質體中,快速且明智的一種替代方案。
與原生型序列相比,專用型Invitrogen GeneOptimizer演算法可顯著提高下游蛋白表達產量,並且無需移除額外的轉接子(adaptors)。
Strings DNA片段的優勢:
初次使用GeneArt服務嗎?探索GeneArt服務訂購中心快速指南
片段範圍(bp) | 生產時間(工作日)* |
---|---|
200–2,000 | 5 |
2001–3000 | 8 |
DNA文庫:IUPAC混合鹼基 | 10-15 |
* 生產時間是指在我們的生產設施中合成GeneArt Strings DNA產品所需的工作日數。交貨時間是指生產時間之外的時間,並取決於貨物的目的地。
透過GeneArt Gibson Assembly HiFi基因選殖試劑盒,使用Invitrogen TOP10勝任細胞,在pcDNA 3.4載體中組裝1個、2個和3個1 kb的Strings DNA片段。
GeneArt Gibson Assembly HiFi試劑盒採用單個到多個插入片段的設計,以提供高選殖效率。
對8個長達3,000 bp的Strings DNA片段,使用5' AscI限制性內切酶和3' PacI限制性內切酶進行基因選殖。在連接和轉殖後,將細菌鋪盤培養並於37°C培養過夜。挑取8個(<1kb)或16個(>1kb)選殖菌落,進行菌落PCR鑑定以確定全長選殖;對4至8個全長選殖進行定序,以確定序列正確的選殖數量。
經菌落PCR鑑定得到正確長度的選殖百分比(選殖效率),以及基於全長選殖數量的正確序列之選殖百分比(保真度)。
使用8個長度不同(最長達2,800 bp)且具合適序列末端(AarI識別序列和6 bp填充核苷酸)的Strings DNA片段,並透過GeneArt IIs型組裝試劑盒Aar I 直接組裝。由此得到4個基因長度分別為5,056 bp、5,061 bp、5,267 bp和5,448 bp。在連接和轉殖後,將細菌鋪盤培養並於37°C 培養過夜。挑取16個選殖菌落,進行菌落PCR鑑定以確定全長選殖。對於所有4個組裝基因的8個菌落,都進行定序以確定序列正確的選殖數量。
經菌落PCR鑑定得到正確長度的選殖百分比(選殖效率),以及基於全長選殖數量的正確序列之選殖百分比(保真度)。
10個長達3,000 bp的Strings DNA片段,使用GeneArt無縫選殖和組裝試劑盒進行選殖。在連接和轉化後,將細菌鋪盤並於37°C培養過夜。挑取8個(<1kb)或16個(>1kb)選殖菌落,進行菌落PCR鑑定以確定全長選殖;對4至8個全長選殖進行定序,以確定序列正確的選殖數量。
雖然Strings DNA片段的長度可達3,000 bp,GeneArt無縫組裝技術可用於直接組裝兩個長達1 kb的Strings DNA片段,而無需預選殖子片段。
如果您想使用無縫組裝技術組裝更多的Strings DNA片段、或更長的Strings DNA片段,建議對子片段進行預選殖,以減少為尋找正確選殖所需的組裝後篩選工作。此外,您也可以使用GeneArt Type IIs型組裝技術。
使用GeneArt無縫選殖和組裝試劑盒,可直接組裝12個不同長度(長達1 kb)且具有合適序列末端(與載體或相鄰片段具有15 bp的同源性)的Strings DNA片段。由此得到6個基因,長度分別為1,375 bp、1,466 bp、1,536 bp、1,590 bp、1,647 bp和1,853 bp。在連接和轉殖後,將細菌鋪盤培養並在37°C 下培養過夜。挑取16個選殖菌落,進行菌落PCR鑑定以確定全長選殖。對於所有6個組裝的基因的6個菌落進行定序,以確定序列正確的選殖數量。
將5個長達1,000 bp並帶有attB位點的Strings DNA片段,選殖至pDONR 221中。在連接和轉殖後,將細菌鋪板盤於37°C 培養過夜。挑取8個選殖菌落,進行菌落PCR鑑定以確定全長選殖;對4至7個全長選殖進行定序,以確定序列正確的選殖數量。
經菌落PCR鑑定得到正確長度的選殖百分比(選殖效率),以及基於全長選殖數量的正確序列之選殖百分比(保真度)。
Strings DNA產品可以使用任何選殖方法進行基因選殖,前提是設計中已包含合適的末端。末端序列可以在將序列上傳至GeneArt Services服務訂購中心之前添加,也可以在導入後添加。
選殖方法 | 推薦的序列設計 |
---|---|
限制性內切酶選殖 | 添加所需的5'和3'限制性內切酶序列,並在兩端添加填充核苷酸以確保酶的有效結合 |
GeneArt IIs型組裝 | 添加所需的5'和3'限制性內切酶序列,並在兩端添加填充核苷酸以確保酶的有效結合 |
Invitrogen GeneArt無縫選殖和組裝 | 添加15 bp(或更長,取決於使用試劑盒)與載體或相鄰片段重疊的序列 |
Invitrogen Gateway選殖 | 添加attB位點,以便正確重組進入Invitrogen pDONR載體 |
Invitrogen Zero Blunt TOPO PCR選殖 | Strings片段是平末端的,因此建議加入5-10個填充核苷酸以補償小的末端缺口 |
TA和Invitrogen TOPO TA選殖 | Strings片段是平末端的,需要在dATP存在的情況下使用Taq聚合酶進行腺苷酸化,以添加末端的A-overhangs |
Strings DNA片段是由寡核苷酸組裝而成的PCR擴增子,可隨時用於篩選,以鑑定出正確的選殖。Strings DNA片段會進行批量定序以作為品質管控的一部分,以幫助確保您所需的片段存在於產物中。
為了在超過90%的情況下鑑定出正確選殖,我們建議使用以下篩選指南。
Strings片段長度 | 篩選建議 |
---|---|
最長1 kb | 2至4個全長選殖的定序 |
1–2 kb | 3至5個全長選殖的定序 |
2–3 kb | 4至8個全長選殖的定序 |
GeneArt Strings DNA片段是定製的、非選殖的雙股線性DNA片段,由合成的寡核苷酸組裝而成,長度從200個鹼基對(bp)到3,000個鹼基對不等,採用與GeneArt高品質基因合成相同的製程。Strings片段可用於快速選殖您感興趣的基因。我們可在3-5個工作日(至多1,000 bp)或8個工作日(1,000到3,000 bp)之內生產至少200 ng的Strings DNA片段。GeneArt Strings DNA片段可於線上設計、優化序列和訂購,是選殖您表達質體的一種經濟高效的明智選擇。
雖然我們過去曾提供100–199 bp的Strings DNA片段,但目前已不再提供。
Strings片段是由寡核苷酸組裝而成的擴增子(PCR擴增);是基因合成生產過程的中間產物。該過程會生成一個片段庫,因此需要進行選殖和篩選以鑑定正確的選殖。Strings片段在交付前會進行大量的定序管控,以確保片段庫中存在您所需的正確片段。
Strings DNA片段產品作為乾燥粉末提供,可直接用於再回溶和選殖。我們建議您開管之前先進行離心,向管底添加適量的水以獲得所需濃度,並放置於室溫下培養靜置至少1小時(或放於4°C靜置過夜)。隨後,小心再懸浮內容物並立即使用。如需長期儲存,請將Strings DNA片段再懸浮後,等量分裝並冷凍於–20°C。請避免反覆解凍。
不一樣。200至1,000 bp的Strings DNA片段的生產需要5個工作日,而1,000至3,000 bp的Strings DNA片段的生產則需要8個工作日。根據序列本身的性質,生產時間亦可能有所不同。
是的。由於您需要自己進行選殖才能獲得最終基因,因此Strings DNA片段的價格始終比基因合成便宜。
有的。我們建議使用GeneArt線上訂購平台進行下單,您可以使用免費的基因編輯和優化功能,來調整序列以滿足您的需求。在編輯和優化後,請再次檢查片段的最終序列是否完全符合實驗室進一步處理的需求(例如,片段的潛在同源重疊、或選殖所需的限制性位點和緩衝鹼基)。
沒有。Strings DNA片段不提供亞選殖和組裝服務,因為它旨在為您提供最快速、最實惠的基因獲取方式。如果您不想自己選殖基因,我們推薦您訂購全基因合成服務。
可以。您可以直接組裝2個Strings片段,而無需預選殖。Thermo Fisher Scientific提供多種無縫組裝技術,如GeneArt Type IIs型組裝或GeneArt無縫選殖和組裝技術。請參閱本頁的應用實例部分以獲得詳細資訊。根據序列長度和您想要組裝的子片段數量,尋找正確選殖的篩選難度可能很高。因此,我們通常建議進行預選殖子片段,以降低組裝後尋找正確選殖所需的篩選工作。
不是。Strings DNA片段的長度僅限於200至3,000 bp。如果您的序列較長,您需要以基因合成的方式訂購,或經由兩個或多個Strings DNA片段進行組裝。此外,Strings DNA片段的生產流程經過簡化,可以快速且經濟地為您提供基因產品。如果您的序列很複雜,您可能會收到訊息告知,指出由於複雜性過高而無法以Strings DNA片段形式生產。在這種情況,我們建議修改您的序列以符合生產要求(生產標準見下文),或以基因合成方式訂購您的基因。大部分情況下,使用訂購平台的基因優化功能可以使您的序列滿足Strings片段生產要求。如果仍然無法滿足生產需求,您可以手動編輯序列以實現生產。
Gibson Assembly®是SGI-DNA, Inc. 的註冊商標,已得到授權和許可使用。
NEBuilder®是New England Biolabs , Inc. 的註冊商標。
In-Fusion®是Takara Bio USA, Inc. 的註冊商標。