Artistic rendering of a DNA helix with a synthetic biology design

Invitrogen GeneArt Strings DNA Fragments是客製化、非選殖的雙股線性DNA片段,由合成寡核苷酸組裝而成。它們非常適合與我們的GeneArt Gibson Assembly® 基因選殖試劑盒進行多片段組裝的理想選擇,錯誤率極低,可減少對正確全長序列的篩選工作。

所有Strings DNA片段皆可進行蛋白質表達優化,無需額外成本,並且也可作為Strings DNA 文庫。

訂購Strings DNA片段

為了簡化訂購,GeneArt Strings小幫手工具已於2022年12月1日停用。請使用上面的連結至全新的GeneArt服務訂購中心,協助您訂購Strings DNA片段。

從Strings小幫手工具停用的常見問答集中,了解更多資訊。


選擇Strings DNA片段的原因

Strings DNA片段由合成寡核苷酸組裝而成,採用與GeneArt基因合成選殖開發所相同的高品質製程,交付時已經乾燥,可隨時進行再回溶、選殖和篩選,以鑑定正確的序列。它們以管狀形式提供,是將合成基因選殖到您的表達質體中,快速且明智的一種替代方案。

與原生型序列相比,專用型Invitrogen GeneOptimizer演算法可顯著提高下游蛋白表達產量,並且無需移除額外的轉接子(adaptors)。

 

Strings DNA片段的優勢:

  • 經濟實惠—當進行您自己的PCR或完全選殖基因研究時,GeneArt Strings DNA片段是一種經濟高效的選擇。
  • 靈活—完整的基因設計和選殖靈活性;可任意選擇下游方法以進行基因選殖。
  • 快速—可在3-4個工作日內產出至少200 ng的GeneArt Strings DNA片段。
  • 優化—GeneArt GeneOptimizer軟體可顯著提升下游蛋白質表達的產量。
The production of Strings DNA Fragments starts with the software design, then oligonucleotide synthesis followed by gene assembly ready for cloning or assembly.

初次使用GeneArt服務嗎?探索GeneArt服務訂購中心快速指南

片段範圍(bp)生產時間(工作日)*
200–2,0005
2001–30008
DNA文庫:IUPAC混合鹼基10-15

* 生產時間是指在我們的生產設施中合成GeneArt Strings DNA產品所需的工作日數。交貨時間是指生產時間之外的時間,並取決於貨物的目的地。


使用DNA Strings:應用數據

GeneArt Gibson Assembly基因選殖試劑盒

透過GeneArt Gibson Assembly HiFi基因選殖試劑盒,使用Invitrogen TOP10勝任細胞,在pcDNA 3.4載體中組裝1個、2個和3個1 kb的Strings DNA片段。

GeneArt Gibson Assembly HiFi試劑盒採用單個到多個插入片段的設計,以提供高選殖效率。

探索Gibson assembly HiFi基因選殖試劑盒

Graph of percentage cloning efficiency using one, two and three strings DNA fragment inserts with a GeneArt Gibson Assembly HiFi Cloning Kit

限制性內切酶選殖實例

對8個長達3,000 bp的Strings DNA片段,使用5' AscI限制性內切酶3' PacI限制性內切酶進行基因選殖。在連接和轉殖後,將細菌鋪盤培養並於37°C培養過夜。挑取8個(<1kb)或16個(>1kb)選殖菌落,進行菌落PCR鑑定以確定全長選殖;對4至8個全長選殖進行定序,以確定序列正確的選殖數量。

Chart showing cloning efficiency and fidelity of eight strings fragments up to 3kb cloned using restriction enzymes

經菌落PCR鑑定得到正確長度的選殖百分比(選殖效率),以及基於全長選殖數量的正確序列之選殖百分比(保真度)。

GeneArt IIs型組裝實例

使用8個長度不同(最長達2,800 bp)且具合適序列末端(AarI識別序列和6 bp填充核苷酸)的Strings DNA片段,並透過GeneArt IIs型組裝試劑盒Aar I 直接組裝。由此得到4個基因長度分別為5,056 bp、5,061 bp、5,267 bp和5,448 bp。在連接和轉殖後,將細菌鋪盤培養並於37°C 培養過夜。挑取16個選殖菌落,進行菌落PCR鑑定以確定全長選殖。對於所有4個組裝基因的8個菌落,都進行定序以確定序列正確的選殖數量。

經菌落PCR鑑定得到正確長度的選殖百分比(選殖效率),以及基於全長選殖數量的正確序列之選殖百分比(保真度)。

Chart showing cloning efficiency and fidelity of eight strings fragments of different lengths up to 2.8kb assembled using the GeneArt type IIS Assembly Kits Aar I

GeneArt無縫選殖實例

10個長達3,000 bp的Strings DNA片段,使用GeneArt無縫選殖和組裝試劑盒進行選殖。在連接和轉化後,將細菌鋪盤並於37°C培養過夜。挑取8個(<1kb)或16個(>1kb)選殖菌落,進行菌落PCR鑑定以確定全長選殖;對4至8個全長選殖進行定序,以確定序列正確的選殖數量。

經菌落PCR鑑定得到正確長度的選殖百分比(選殖效率),以及基於全長選殖數量的正確序列之選殖百分比(保真度)。
Chart showing cloning efficiency and fidelity of ten strings fragments up to 3kb assembled using a GeneArt Seamless Assembly Cloning Kit

雖然Strings DNA片段的長度可達3,000 bp,GeneArt無縫組裝技術可用於直接組裝兩個長達1 kb的Strings DNA片段,而無需預選殖子片段。

如果您想使用無縫組裝技術組裝更多的Strings DNA片段、或更長的Strings DNA片段,建議對子片段進行預選殖,以減少為尋找正確選殖所需的組裝後篩選工作。此外,您也可以使用GeneArt Type IIs型組裝技術。

使用GeneArt無縫選殖和組裝試劑盒,可直接組裝12個不同長度(長達1 kb)且具有合適序列末端(與載體或相鄰片段具有15 bp的同源性)的Strings DNA片段。由此得到6個基因,長度分別為1,375 bp、1,466 bp、1,536 bp、1,590 bp、1,647 bp和1,853 bp。在連接和轉殖後,將細菌鋪盤培養並在37°C 下培養過夜。挑取16個選殖菌落,進行菌落PCR鑑定以確定全長選殖。對於所有6個組裝的基因的6個菌落進行定序,以確定序列正確的選殖數量。

Chart showing cloning efficiency and fidelity of twelve Strings DNA fragments of different lengths with suitable 15bp homology ends used for direct assembly with a GeneArt Seamless Cloning and Assembly Kit

GeneArt Strings DNA片段的Gateway選殖實例

將5個長達1,000 bp並帶有attB位點的Strings DNA片段,選殖至pDONR 221中。在連接和轉殖後,將細菌鋪板盤於37°C 培養過夜。挑取8個選殖菌落,進行菌落PCR鑑定以確定全長選殖;對4至7個全長選殖進行定序,以確定序列正確的選殖數量。

經菌落PCR鑑定得到正確長度的選殖百分比(選殖效率),以及基於全長選殖數量的正確序列之選殖百分比(保真度)。

Gateway cloning example with GeneArt Strings DNA Fragments

基因選殖和序列設計的建議

Strings DNA產品可以使用任何選殖方法進行基因選殖,前提是設計中已包含合適的末端。末端序列可以在將序列上傳至GeneArt Services服務訂購中心之前添加,也可以在導入後添加。

選殖方法推薦的序列設計
限制性內切酶選殖添加所需的5'和3'限制性內切酶序列,並在兩端添加填充核苷酸以確保酶的有效結合
GeneArt IIs型組裝添加所需的5'和3'限制性內切酶序列,並在兩端添加填充核苷酸以確保酶的有效結合
Invitrogen GeneArt無縫選殖和組裝添加15 bp(或更長,取決於使用試劑盒)與載體或相鄰片段重疊的序列
Invitrogen Gateway選殖添加attB位點,以便正確重組進入Invitrogen pDONR載體
Invitrogen Zero Blunt TOPO PCR選殖Strings片段是平末端的,因此建議加入5-10個填充核苷酸以補償小的末端缺口
TA和Invitrogen TOPO TA選殖Strings片段是平末端的,需要在dATP存在的情況下使用Taq聚合酶進行腺苷酸化,以添加末端的A-overhangs

篩選建議

Strings DNA片段是由寡核苷酸組裝而成的PCR擴增子,可隨時用於篩選,以鑑定出正確的選殖。Strings DNA片段會進行批量定序以作為品質管控的一部分,以幫助確保您所需的片段存在於產物中。

為了在超過90%的情況下鑑定出正確選殖,我們建議使用以下篩選指南。

Strings片段長度篩選建議
最長1 kb2至4個全長選殖的定序
1–2 kb3至5個全長選殖的定序
2–3 kb4至8個全長選殖的定序


常見問答集(FAQs)

GeneArt Strings DNA片段是定製的、非選殖的雙股線性DNA片段,由合成的寡核苷酸組裝而成,長度從200個鹼基對(bp)到3,000個鹼基對不等,採用與GeneArt高品質基因合成相同的製程。Strings片段可用於快速選殖您感興趣的基因。我們可在3-5個工作日(至多1,000 bp)或8個工作日(1,000到3,000 bp)之內生產至少200 ng的Strings DNA片段。GeneArt Strings DNA片段可於線上設計、優化序列和訂購,是選殖您表達質體的一種經濟高效的明智選擇。

雖然我們過去曾提供100–199 bp的Strings DNA片段,但目前已不再提供。

Strings片段是由寡核苷酸組裝而成的擴增子(PCR擴增);是基因合成生產過程的中間產物。該過程會生成一個片段庫,因此需要進行選殖和篩選以鑑定正確的選殖。Strings片段在交付前會進行大量的定序管控,以確保片段庫中存在您所需的正確片段。

Strings DNA片段產品作為乾燥粉末提供,可直接用於再回溶和選殖。我們建議您開管之前先進行離心,向管底添加適量的水以獲得所需濃度,並放置於室溫下培養靜置至少1小時(或放於4°C靜置過夜)。隨後,小心再懸浮內容物並立即使用。如需長期儲存,請將Strings DNA片段再懸浮後,等量分裝並冷凍於–20°C。請避免反覆解凍。

不一樣。200至1,000 bp的Strings DNA片段的生產需要5個工作日,而1,000至3,000 bp的Strings DNA片段的生產則需要8個工作日。根據序列本身的性質,生產時間亦可能有所不同。

是的。由於您需要自己進行選殖才能獲得最終基因,因此Strings DNA片段的價格始終比基因合成便宜。

有的。我們建議使用GeneArt線上訂購平台進行下單,您可以使用免費的基因編輯和優化功能,來調整序列以滿足您的需求。在編輯和優化後,請再次檢查片段的最終序列是否完全符合實驗室進一步處理的需求(例如,片段的潛在同源重疊、或選殖所需的限制性位點和緩衝鹼基)。

沒有。Strings DNA片段不提供亞選殖和組裝服務,因為它旨在為您提供最快速、最實惠的基因獲取方式。如果您不想自己選殖基因,我們推薦您訂購全基因合成服務。

可以。您可以直接組裝2個Strings片段,而無需預選殖。Thermo Fisher Scientific提供多種無縫組裝技術,如GeneArt Type IIs型組裝或GeneArt無縫選殖和組裝技術。請參閱本頁的應用實例部分以獲得詳細資訊。根據序列長度和您想要組裝的子片段數量,尋找正確選殖的篩選難度可能很高。因此,我們通常建議進行預選殖子片段,以降低組裝後尋找正確選殖所需的篩選工作。

不是。Strings DNA片段的長度僅限於200至3,000 bp。如果您的序列較長,您需要以基因合成的方式訂購,或經由兩個或多個Strings DNA片段進行組裝。此外,Strings DNA片段的生產流程經過簡化,可以快速且經濟地為您提供基因產品。如果您的序列很複雜,您可能會收到訊息告知,指出由於複雜性過高而無法以Strings DNA片段形式生產。在這種情況,我們建議修改您的序列以符合生產要求(生產標準見下文),或以基因合成方式訂購您的基因。大部分情況下,使用訂購平台的基因優化功能可以使您的序列滿足Strings片段生產要求。如果仍然無法滿足生產需求,您可以手動編輯序列以實現生產。

重要的生產標準包括:

  • GC含量在20% 至80% 之間(峰值,而非總體含量)
  • 無長的二級結構或序列重複
  • 無 >25 bp的A/T延伸,或 >20 bp的G/C延伸
相關資源
僅供研究用途,不得用於診斷程序。
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