Analysis Power Tools

Analysis Power Tools (APT) 是一组跨平台命令行程序，可实施算法以进行分析，并配合 GeneChip™ 和 Axiom 阵列一起使用。APT 程序适用于偏好以下程序的"高级用户"：可在脚本环境中使用，且足够先进，能够应对复杂的额外特点和功能。

其中两个特别受欢迎的程序及其特点是：

apt-probeset-summarize：一种用于分析表达（即 U133 和外显子阵列）的应用程序

其特点包括：

• 多种总结方法，如 PLIER、RMA、MAS5、DABG 和 IterPLIER
• 草图分位数归一化（保存内存）
• 大量参数可供高级用户使用
• 保存和重复使用特点效应和目标归一化
• 使用元探针集文件将探针集分成较大探针集（即将外显子并入基因中）
• 通过将作业分成较小的部分，可以在 1-2 GB RAM 中运行数千个芯片
• 可以分流作业，以便在群集上运行
• 一次运行多项分析（即 Plier 和 RMA）
• 相对快速且稳健：在 Windows 2 GB RAM 机器上处理 848 个人类外显子阵列（含 RMA 草图），耗时约为两天
  
  

apt-probeset-genotype：一种用于对基因分型阵列（Axiom 基因分型阵列、100 K 和 500 K 映射阵列、全基因组 SNP 阵列 5.0 和 6.0）进行基因型检出的应用程序

其特点包括：

• 实施 Axiom™ genotype caller、Birdseed、BRLMM-P 和 BRLMM 算法
• 将输出 DM 检出结果
• 输出用于拷贝数应用的等位基因总结
• 大量参数可供高级用户使用
• 保存和重复使用特点效应和目标归一化
• 可以分流作业，以便在群集上运行
• 相对快速且稳健：在 Windows 2 GB RAM 计算机上，在大约 60 分钟内完成 96 250 K Sty 阵列上的 BRLMM

  Axiom Genotyping Solution Data Analysis Guide.pdf

有关 APT 的更多信息，请参见 APT 下载中包含的 APT 文件，可从此处获取。APT 程序作为阵列开发人员工具（DevNet 工具）进行分发：根据下面的支持政策，仅提供极少的支持。

有关外显子阵列分析的更多信息，参见外显子阵列数据分析页面。对于 Expression Console （用于外显子阵列的 pgf/clf 文件）和 AGCC （用于 3'IVT 表达阵列的 cdf 文件）库文件及注释，参见特定的目标阵列支持页面。此外，阵列支持侧还可提供元探针集文件，以便使用外显子阵列进行基因水平信号总结。

APT 软件包

APT 以 Windows 安装程序包的形式提供，用于 Linux 和 Mac OS-X 的预构建二进制文件。以下列出了可供下载的 APT 版本，较新版本在顶部。请注意，可以在同一台计算机上同时安装多个 APT 版本。