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Axiom 基因型数据集包含数十亿种基因型,这些基因型是从 Axiom 基因组数据库中针对 540 万个经验证的标记物进行的广泛生物样品筛选中生成的。
每种变体都在大量生物样品中经过广泛验证,以确保 SNP 不是由于测序错误产生的,能够可靠检测到次要等位基因,并确保每种变体在 Axiom™ 检测中表现一致。可轻松下载此信息以帮助定制阵列设计和其他分析。
Axiom 基因型数据集是由持续的筛选管线生成的,借此我们利用生产规模的基础设施,迄今为止分析了数十亿种基因型。这些基因型检出包括使用国际 HapMap 项目中的样品(所有分期,包括来自 III 期项目的 1,300 份样品)生成的数据。SNP 来源包括单核苷酸多态性数据库 (dbSNP)、1000 基因组项目以及在某些情况下导致在非公共域发现新 SNP 的合作项目。
这些文件包含约 540 万个 SNP 的基因分型数据,其中约 180 万个来自 HapMap 和 dbSNP,约 300 万个来自 2009 年发布的 1000 基因组项目,约 60 万个来自合作发现项目。来自 HapMap 和 dbSNP 的约 180 万个 SNP 几乎全部在 11 个人群(包含 1,000 名以上个体)中进行了基因型分析,而其余约 360 万个 SNP 在 3 个 HapMap 人群(CEU:具有欧洲血统的犹他州居民;CHB:中国北京的汉族中国人;JPT:日本东京的日本人;YRI:尼日利亚伊巴丹的约鲁巴人)(包含约 270 名个体)中进行了基因型分析。上述 180 万个 SNP 的基因型子集也可从 HapMap 获得,超过 99% 的时间与 Axiom 基因型一致。
随着发现更多信息以及可公开获取更多 SNP,我们将继续筛选假定 SNP 并扩展向您提供的总体信息集。
使用经验证 SNP 的 Axiom 基因组数据库,研究人员可以创建自定义阵列或阵列板(包含 1,500 至 260 万个 SNP)。这种广泛的自定义功能使您能够利用来自 1000 基因组项目 的数百万个变体以及具有低次要等位基因频率的 SNP 得到高度精确的设计。研究人员还可以将来自其发现项目或其他来源的 SNP 与我们经验证的 SNP 相结合。
该产品可提供卓越的灵活性,便于研究设计,并尽可能提高在固定预算内生成有意义数据的能力。
为了创建数据库,我们从公共数据库和假定的新 SNP 中筛选出数百万个 SNP。这些经验证的 SNP 符合以下标准:
此处可以访问的数据发布文件包含约 500 万个经验证 SNP 的基因型和相关信息。
随附的自述文件提供了有关样品来源的更多信息,以及对哪些样品中的哪些 SNP 进行了基因型分析的详细描述。
除了基因型检出之外,这些文件还包含染色体和位点信息。这些文件采用"HapMap 格式"(与 HapMap 项目中用于批量数据下载的格式相同)。
要了解有关该数据集的更多信息、查询对整个数据集的访问权限或获取有关设计 Axiom 自定义阵列的信息,请联系您的客户经理或致电 888-362-2447。
仅供科研使用,不可用于诊断目的。