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小 RNA 的发现与表达谱分析

任何对小 RNA 功能感兴趣的实验室均可以使用高端的 Ambion™ RNA 分离技术结合 Ion Torrent™ 新一代测序技术实现从纯小 RNA 的发现到小 RNA 的表达分析。

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小 RNA 测序简介

阅读更多有关小 RNA 测序的基础知识以及 Ion S5™ 和 Ion PGM™ 系统的解决方案的信息

实验室信息化解决方案
 

了解小 RNA 测序信息学解决方案，以较快的方式获得生物学结果

小 RNA 测序工作流程

了解小 RNA 测序解决方案

小 RNA 测序解决方案

配有 Ion 520™、Ion 530™ 和 Ion 540™ 芯片的 Ion S5 系统

用于纯化小 RNA 和构建链特异性文库的 Ion Total RNA-Seq 试剂盒 v2

PureLink™ miRNA 分离试剂盒 可提供快速、灵活和高质量的小 RNA 测序

Ion Torrent 新一代测序系统的小 RNA 测序工作流程
1 纯化
RNA

使用 PureLink miRNA 分离试剂盒从组织和细胞中分离小 RNA。

2构建
文库
Construct library for RNA-Seq

使用 Ion Total RNA-Seq 试剂盒 v2 和可选 Ion Xpress™ RNA-Seq 条形码 1-16 试剂盒来制作可保留链信息的小 RNA 文库。

3制备
模板
Prepare Template for RNA-Seq

使用 Ion Chef™ 系统进行自动模板制备和芯片加载。适合所有经验水平的用户。

4运行
测序
Run Sequence for RNA Sequencing

通过 Ion S5 或 Ion PGM™ 系统发现并分析小 RNA。条形码使您能在单次测序运行中较大限度地增加分析的样本数。

5分析
数据
Analyze data for RNA Sequencing

Torrent Suite™ 软件以可导出的 FASTQ 和 BAM 格式自动提供序列读数，从而简化了使用第三方软件的进一步分析过程。

小 RNA 测序信息学解决方案

Ion Torrent 半导体测序将简单的综合湿实验室工作流程与 Torrent Suite™ 软件和第三方解决方案结合在一起，可以快速识别、表征和报告小 RNA 表达情况。

可提供测序运行报告，并包含汇集了关键结果的扩展分析图和直观的图表，可助您轻松阅读并确保高质量的测序运行。只需右键单击，Torrent Suite 软件即以可导出的 FASTQ 和 BAM 格式提供序列读数，以直接上传至第三方分析软件。

第三方软件（例如 Partek™ Flow™ 软件包）可进行读取比对、microRNA 水平丰度测量以及多样本差异 microRNA 表达分析。Partek 还可提供质量控制指标和交互式数据可视化。

小 RNA 测序简介

自从发现 microRNA（与 mRNA 结合并抑制翻译的短 ~22mer RNA 序列）以来，基因表达调控的研究急剧增长。随着近十年新一代测序 (NGS) 的出现，研究人员已利用深度测序的强大功能进一步揭示了这些小 RNA 种类的复杂性，此类小 RNA 已扩大到包括 microRNA (miRNA)、短干扰 RNA (siRNA) 和与 Piwi 蛋白相互作用的 RNA (piRNA) 等。

Ambion RNA 试剂盒提供了一种较好的分离和纯化样本的方法，可实现对小 RNA 种类的高质量捕获。利用赛默飞世尔科技的知识以及分离和纯化小 RNA 种类的集成试剂盒，我们创建了一个完整的解决方案，可优化 Ion S5 和 Ion PGM 系统上的小 RNA 分析。这些系统的可扩展性使您能在每次运行中包含一系列的样本，为您提供通量灵活性以与您的实验规模相匹配。虽然其他 NGS 平台也可分析小 RNA，但其超高通量规格需要在每次运行时对数百份样本进行批处理，可能会延迟您获得结果的时间。

选择 Ion GeneStudio S5 系列可实现较佳的通量灵活性，使您在单台仪器上可从小 RNA 扩展到靶向转录组分析。作为靶向表达分析的工具，NGS 通过提供以下功能对微阵列进行了良好的补充：

  • 较佳的灵敏度，较宽的动态范围，可检测更多的转录本和基因表达的细微变化
  • 鉴别来自密切相关的小 RNA 家族的序列
  • 检测新发现的小 RNA 序列
  • 数字输出，便于在各个研究与实验室之间随时间推移比较结果
  • 与 TaqMan™ 检测结果密切相关