用于基因表达和转录组分析的靶向 RNA 测序

采用 Ion AmpliSeq 技术进行快速、简单的靶向 RNA 测序

Ion AmpliSeq RNA 和转录组检测组合包括从 20,000 多个注释充分的 RefSeq 基因中选择的靶标,可帮助进行融合检测以及高通量基因表达分析,具有较高灵敏度和特异性。这些检测组合利用 Ion GeneStudio S5 和 Ion Chef 系统的简单、快速测序工作流程使得实施工作变得简单,提供了全转录组测序外较简单且高性价比的替代方案。

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与传统微阵列分析相比,靶向新一代测序 (NGS) 可使定量动态范围更广泛且可改善转录本检测。Ion AmpliSeq RNA 和转录组检测组合基于 Ion AmpliSeq 技术进行,允许您在单管中同时扩增数千个靶标,提供出色的数据质量且起始量 RNA 要求较低(未固定 RNA 低至 500 pg),具有 FFPE 兼容性(低至 5 ng)和卓越的通量灵活性。此外,靶向 RNA 测序还可用于检测染色体重排(这是肿瘤发生的关键初始步骤)的融合转录本。

即用型检测组合

Ion AmpliSeq 转录组人和小鼠基因表达试剂盒

Ion AmpliSeq 转录组人基因表达试剂盒和 Ion AmpliSeq 转录组小鼠基因表达试剂盒是进行基因水平表达分析的综合工具。完整的 Ion AmpliSeq 转录组解决方案与现有的下游微阵列或新一代测序(NGS)分析流程兼容,在一次反应中靶向检测 >20,000 个人类或小鼠 RefSeq 转录本,可实现快速、简单的数据解读。

详细了解有关人和小鼠靶向转录组测序的更多信息 ›
 应用技术文档:使用新一代测序进行简单、可扩展的转录组水平基因表达分析

Ion AmpliSeq RNA 融合肺癌研究检测组合

Ion AmpliSeq RNA 融合肺癌研究检测组合使用 OncoNetwork 联盟中的起始量来开发,设计用于仅使用 10 ng FFPE RNA 即可检测融合驱动基因中的表达失衡。该检测组合是一个单一的引物库,可靶向 ALKRETROS1NTRK 基因中所包括的融合转录本。

设计您自己的 Ion AmpliSeq RNA 定制检测组合

 Ion AmpliSeq Designer是一款免费的在线检测设计工具,可将您直接连接到我们的检测设计库中,从而可以轻松地创建和订购定制检测组合。通过选择您感兴趣的靶标或在线输入您特定的基因组内容来创建和订购定制的 RNA 检测组合,我们可为您设计和创建定制的 Ion AmpliSeq 检测组合。利用超过十年为 Applied Biosystems TaqMan 定制检测设计提供的专业知识,Ion AmpliSeq Designer 工具只需数分钟即可生成优化的引物设计。您现在可灵活分析所选择的基因检测组合,如与特定疾病状态相关的基因或单次反应中代表扩增子数量为 12 至 1,200 个人类扩增子中任意值的特定生物通路的基因。每个设计均会考虑到 GC 含量,并针对重复和 SNP 进行筛选,选择代表基因(具有 RefSeq 等标准数据库中记录的多个转录异构体)最大转录本数量的靶标外显子。

 Ion AmpliSeq RNA 定制检测组合彩页


预设计的定制检测组合

预设计的 Ion AmpliSeq 检测组合具有已通过 Ion AmpliSeq 转录组人类基因表达检测组合进行评估的扩增子设计。其内容包括从 KOL 出版物和数据库中精选的基因列表。检测组合可定制,因此您可添加或删除基因以更新扩增子列表。

我们预设计的检测组合内容可在 AmpliSeq.com 上进行定制和订购。

了解有关预设计和完全定制 Ion AmpliSeq RNA 检测组合的更多信息 ›


用于 Ion GeneStudio S5 或 Ion PGM 系统的靶向 RNA 测序工作流程
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从我们的即用型基因检测组合中选择或设计您自己的检测组合。

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单次反应中的靶标扩增。

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使用 Ion Chef 系统进行等温扩增。

了解有关 Ion Chef 系统的更多信息

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使用 Ion S5 系统或 Ion PGM 系统进行测序。

了解有关 Ion PGM & Ion S5 系统的更多信息 ›

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使用 Torrent Suite 软件和第三方软件(如需更广泛的分析)进行数据分析。

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从我们的即用型基因检测组合中选择或设计您自己的检测组合。

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单次反应中的靶标扩增。

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使用 Ion Chef 系统进行等温扩增。

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使用 Ion S5 系统或 Ion PGM 系统进行测序。

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使用 Torrent Suite 软件和第三方软件(如需更广泛的分析)进行数据分析。

靶向 RNA 测序信息学解决方案

Torrent Suite 软件 可针对完成靶向测序工作流程所需的所有实验计划和数据处理步骤的协调工作。新产品模板使用户可简单并快速地规划目标运行。只需数小时即可在 Ion PGM 或 Ion GeneStudio S5 测序仪上捕获原始数据并转移到 Torrent 服务器进行碱基识别。然后使用 AmpliSeqRNA 插件完成数字计数,该插件可生成以电子表格文件格式显示的标准化转录本计数,使用户能将数据导入其他软件包中进行差异表达分析。 

与 TaqMan 检测试剂盒高度相关

使用通用人类参考 (UHR) RNA 和人类大脑参考 (HBR) RNA 对照样本对 Ion AmpliSeq RNA 癌症研究检测组合中包含的 50 种基因中每个基因的倍数变化与使用 TaqMan 基因表达检测试剂盒得出的相同基因的倍数变化计算值进行比较。结果发现相关性为 0.989。这些结果显示了使用 Ion AmpliSeq RNA 工作流程获得的基因表达数据的准确度。 

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*基于在 318™ 芯片上使用 Ion AmpliSeq™ RNA 凋亡检测组合对构建的 4-6 个文库进行多重分析的建议。
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