我们提供了两种主要的转录组分析方法：
- 全转录组测序（又称 RNA-Seq），同时适用于发现和基因表达分析。Ion GeneStudio S5 高通量测序系统结合 Invitrogen RNA 纯化和 Ion Torrent 文库构建试剂盒的使用，用于鉴定和定量已知和新型转录本，包括基因融合和拼接变异。
- 用于基因表达分析的 Ion AmpliSeq 转录组解决方案。除传统的基因表达分析外，Ion AmpliSeq 人转录组基因表达试剂盒还可采用低至 10 ng 的起始 RNA，通过快速、兼容 FFPE 的工作流程靶向超过20,000 个 RefSeq 转录本。
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Ion AmpliSeq 人转录组基因表达试剂盒应用资料
RNA-Seq 相对于微阵列芯片技术的的优势：
- 更高的特异性和灵敏度—可检测更多种类的 RNA，包括融合转录本和密切相关的亚型
- 更宽的动态范围—具有足够大的读长，可通过 NGS 方法检测到全宽幅的生物学相关表达变化，不像微阵列平台那样，通常要压缩信号
- 数字输出— NGS 读数计数形式采用绝对表达形式，可以识别和鉴定低丰度转录本
- 同时检测已知和未知转录本和变异—NGS 测序覆盖度无偏倚性，可真正实现完全不依赖之前的基因组知识的真正全转录组生物标记物的发现
全转录组测序工作流程概览
我们为基因表达研究提供了完整的 RNA 测序解决方案。从样本制备到分析，我们可让您在执行 RNA 测序时发现更多成果。此外，我们还可支持您采用我们的 qPCR 系统和试剂验证您的发现。
我们的全转录组 RNA 测序工作流程的特点如下：
- 快速获得结果
- 在所有台式测序仪中，单样本成本最低
- 通量灵活
- 精简的数据分析
1富集 RNA
Invitrogen RiboMinus 真核细胞试剂盒 v2 可去除超过 90％的 rRNA，有助于提高 Ion Proton 高通量测序系统的测序能力
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2构建
文库
Ion Total RNA-Seq 试剂盒 v2 可提供快速、简单的工作流程，只需 100 ng 的总 RNA 初始量，同时可保持链取向并最大限度地减少偏差和误差。
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3制备
模板
使用 Ion Chef 系统进行模板制备和芯片加载。适合所有经验水平的用户。
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4运行
测序
Ion GeneStudio S5 高通量测序系统是基因组测序的理想选择，且可一直拓展至转录组。测序运行时间可低至 2.5 小时，设置时间仅需 15 分钟。
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5数据分析及验证
Torrent Suite 软件可自动提供可导出的 FASTQ 或 BAM 格式的序列读取文件，可上传到 Partek Flow 软件包等第三方软件
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基因转录是一个错综复杂的动态过程，涉及多种 RNA 种类，其中包括短 RNA、多腺苷酸化 RNA以及非腺苷酸化转录本。
转录组测序成功的关键是 RNA 富集，通过 RNA 富集您可以获得构建文库所需质量和数量的 RNA。为研究选择的富集类型取决于您的应用和可用的 RNA 量。
链特异性
RNA 从基因组 DNA 以链特异性方式进行转录。保留链信息有助于阐明调节过程、正义和反义转录的潜在作用、以及具有重叠转录模式的基因座。
我们专有的 Invitrogen RNA 文库构建技术以定向的方式附加接头，以保留文库中的链信息，从而便于根据染色体链进行谱图比对。
Ion Total RNA-Seq 试剂盒 v2 可提供快速、简单的工作流程，只需 100 ng 的总 RNA 初始量，同时可保持链取向并最大限度地减少偏差和误差。RiboMinus 真核细胞试剂盒 v2 可去除超过 90％的 rRNA，这有助于提高 Ion Proton 系统的测序能力。Invitrogen ERCC RNA Spike-In Mix 包含一组未标记的多腺苷酸化转录物，用于在样品提取后添加至 RNA 分析实验中，以对动态读长范围、低检测限和倍数变化响应进行测定
Ion Chef 系统*可让所有技术水平的用户实现高通量自动化模板制备和芯片加载。较低通量的用户可选择现售的 Ion OneTouch 2 系统，进行全自动模板制备。
RNA 转录本测序使您能够在特定时刻查看细胞中 RNA 的存在情况。RNA-Seq 可提供更大的 RNA 转录本覆盖度，使您能够看到比微阵列更多的信息。Ion Proton 高通量测序系统可在实验室中对转录组进行测序，为您在预算范围内提供所需的覆盖度。
Ion Proton 高通量测序系统
- 可扩展—灵活的半导体芯片设计使您能够对研究进行扩展，无需再等待足够样品后运行测序
- 快速—在不到 24 小时内便可完成从 RNA 样品到数据分析
- 准确—超过微阵列的灵敏度，且具有宽动态范围，以检测与 qPCR 数据具有高度相关性的差异表达基因
- 经济— Ion Proton 高通量测序系统为您提供经济高效的 RNA-Seq 系统
所需的转录组测序覆盖度
特定转录组实验所需的覆盖深度取决于项目的实验目的。例如，如果您的项目仅涉及 miRNA 物种的表达水平，则可能需要更短的读长，并且仅需要适度的测序深度。如果您正在进行罕见转录本的检测，则建议您获取更多的reads数。
实验设计 | 所需覆盖度 | Ion PI 芯片上的样品 |
人全转录组分析 | 30-40 M reads数 | 1-4 个样品 |
Poly(A) | 15-25 M reads数 | 2-8 个样品 |
小 RNA 和 miRNA 测序 | 1-2 M reads数可用于表达分析
2-5 M reads数可用于发现分析 | 多达 16 个条形码标记的样品 |
基于芯片的 Ion Proton 高通量测序系统设计灵活，无论您只想运行几个 Panel 还是正在寻找全转录组测序结果，其都可以处理您研究所需的深度。这种灵活性与快速的测序运行时间和直观软件的兼容性相结合，可以使您在预算和计划内，从样本中获得所需的结果。
使用智能信息学
易于使用的预装 Torrent Suite 软件增强了使用 Ion Torrent 测序仪的简便性。该数据分析软件提供的工具可以帮助您从原始数据（包括优化的信号处理、碱基检出和序列比对）中获得所需的结果。
Torrent Suite 软件可自动提供可导出的 BAM 格式序列读取文件，其可上传到例如 Partek Flow 软件包等第三方软件以进行全面的下游分析。了解有关 Torrent Suite 软件的更多信息。
使用 Partek Flow 软件将转录组序列数据转变成生物学研究信息
Partek Flow 软件中的转录组流程专为 Ion Torrent 数据而构建，简化了数据分析过程。Partek Flow 软件提供：
- 与生物信息学整合的简化工作流程
- 点选式界面
- 交互式可视化
- 读取比对
- 转录水平测定
- 多样本差异基因表达分析
借助强大的统计和可视化工具、直观的用户界面、以及专门根据生物学家思考的方式构建的工作流程，Partek Flow 软件可以快速、轻松地将您的序列数据转变成研究结果的生物学解释。
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