Primer Designer 工具常见问题

以下是使用我们的在线 Primer Designer™ 工具从数据库（大约含有650,000个用于人类外显子组和人类线粒体基因组重新测序的预设计引物对）中搜寻合适 PCR/Sanger 引物对时的常见问题。

问：预设计引物对的交付需要多久？
答：美国和加拿大的一般交付时间如下：
a.  脱盐引物：3个工作日内交付 
b.  HLPC 纯化引物：8个工作日内交付

问：如何知道测序区域？
答：所有扩增子的坐标均会显示。  单击“View Primer on Map”（在图上查看引物）即可在基因组上和转录本背景中显示扩增子。

问：支持哪些搜索词？
答：测定 ID：例如 "Hs00326060_CE" SNP ID：例如 "rs12096805" Entrez 基因 ID：例如 "6262 基因符号：例如 "JAK2" 基因名称：例如 "Janus 激酶 2" RefSeq 登录号：例如 "NM_007294" GenBank mRNA：例如 CR536579.1" 蛋白 ID：例如 "CAA66975.1" Cosmic ID：例如 "121007" Primer Designer™ 工具还支持输入单个序列，之后便会返回映射引物对。

问：如何查找特定外显子的引物？
答：外显子计数未标准化。外显子1通常指转录本上的第一个外显子，但也可能表示基因组上的第一个外显子（无论转录意义如何）。将鼠标悬停在基因组查看器的弹出框上会显示外显子的编号。  不过，我们建议客户进行确认，以确保所示的外显子编号与用户期望的外显子计数系统一致。

问：感兴趣 SNP 相对于引物 3' 端的距离应为多少？
答：我们建议选择将会产生感兴趣变异远离测序引物 3' 端的扩增子的引物对，具体视测序化学试剂而定。BigDye™ Direct 和 BigDye™ Terminator v1.1 通常在紧邻测序引物末端的地方具有较高的数据质量，而 BigDye Terminator v3.1 与 POP-7™ 聚合物联合使用时，在前35至40个碱基之后的地方可获得经优化的数据质量。

问：引物在外显子区域吗？
答：引物对扩增的是基因的外显子区域。  为了实现全面覆盖，每个外显子的第一个和最后一个引物均位于内含子中。

问：各端内含子的跨度有多大？
答：目前，我们只提供外显子的引物，而不提供“仅内含子”的扩增子。许多引物对跨越整个外显子，因此能够提供一些与外显子相邻序列对应的序列。该内含序列的范围因测定而异，此范围可在基因组浏览器面板中查看。

问：如何获得引物对的扩增子序列？
答：所有引物对的扩增子坐标均会显示。目前，我们未在网页上提供扩增子序列。要获得扩增子序列，我们建议使用 NCBI 网站。您可以在 Primer Designer 工具中单击 View Details（查看详细信息），随后会出现几个超链接，您可通过这些超链接跳转至 NCBI 页面的不同位置。例如，如果您单击 Entrez Gene ID（Entrez 基因 ID）超链接，将跳转至 Gene ID（基因 ID）页面。您可以向下滚动至 Genomic regions, transcripts, and products（基因组区域、转录本和产品），然后单击 "Go to nucleotide"（转至核苷酸）旁边的 FASTA 选项，接着会显示整个序列。

问：如果我在订购后没有收到引物，可以联系谁？
答：请联系赛默飞世尔科技产品支持并准备提供订单号。 

问：如果我的引物由于未扩增、脱靶扩增或者感兴趣 SNP 太靠近 PCR 启动区域而不起作用，该怎么办？
答：请联系 Thermo Fisher 产品支持。

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