Search Thermo Fisher Scientific
Search Thermo Fisher Scientific
DNA polimerase Platinum SuperFi II..é uma DNA polimerase com atividade revisora, com tecnologia hot-start, projetada para proporcionar fidelidade e especificidade superiores à PCR. Com a fidelidade >300x Taq e tampão formulado especificamente para a hibridização de primer a 60º C, a DNA polimerase Platinum SuperFi II oferece a eficiência e simplicidadenecessárias às aplicações de PCR que exigem a mais alta precisão, como clonagem, sequenciamento, e mutagênese.
A DNA polimerase Platinum SuperFi II oferece o mais alto nível de confiança ao preservar a precisão da sequência de DNA com uma taxa de erro extremamente baixa. Usando o sequenciamento de nova geração, a fidelidade relativa da DNA polimerase Platinum SuperFi II foi calculada para ser de >300x aquela da polimerase de DNA Taq.
Figura 1. Comparação da fidelidade entre enzimas disponíveis no mercado em relação `enzima Taq. Uma sequência de 3,9 kb foi amplificada por PCR usando diferentes polimerases de DNA, e os amplicons de PCR resultantes foram então fragmentados com uma transposase de MuA. Identificadores moleculares exclusivos (UMI), que consistem em 12 nucleotídeos aleatórios, foram introduzidos durante a fragmentação para identificar cada produto individualmente. Após o sequenciamento de nova geração, as leituras foram alinhadas na sequência correta, agrupadas por famílias UMI e os erros foram identificados. A identificação dos erros considerou apenas os que estavam presentes em todas as leituras na família UMI, os que não estavam foram descartados como erros de sequenciamento. As fidelidades da polimerase foram normalizadas em relação à Taq DNA polimerase.
Saiba mais sobre a fidelidade de polimerase de DNA, métodos de medição da fidelidade enzimática e benefícios da utilização de uma polimerase de DNA de alta fidelidade em PCR.
A formulação exclusiva do tampão Platinum SuperFi II ajuda a reduzir a trabalhosa etapa de otimização de PCR O cálculo das temperaturas de melting para a etapa de hibridização não é mais necessário com a DNA polimerase Platinum SuperFi II. A formulação inovadora do tampão permite a hibridização de primers a 60C, independetemente de suas sequências desde que sigam regras gerais de desenho de primers ( Figura 2). O tampão também permite amplificação bem-sucedida quando Tms calculados são usados na etapa de hibridização (dados não mostrados).
Figura 2.A DNA polimerase Platinum SuperFi II gera produtos de PCR com alta especificidade e rendimento, seguindo a temperatura de hibridização universal a 60º C. Conjuntos de primers com temperaturas de hibridização variável foram usados para amplificar 12 alvos a partir de 50 ng de DNA genômico humano e temperatura de hibridização de 60ºC de temperatura de hibridização. O marcador de peso molecular é o Invitrogen TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder. As temperaturas de hibridização declaradas foram calculadas usando a calculadora T m para a polimerase de DNA Platinum SuperFi.
Devido ao seu inovador tampão de reação, a DNA polimerase Platinum SuperFi II permite uma temperatura de hibridização universal e um tempo de extensão flexível ciclagem todos os ensaios.
Figura 4. A DNA polimerase Platinum SuperFi II permite a rrealização de ciclos simultâneos para amplicons mais curtos e longos. Fragmentos de 0,7 kb, 2,0 kb, 4,8 kb e 14 kb foram amplificados a partir de 100 ng de DNA genômico humano usando o mesmo protocolo para todos os quatro alvos: desnaturação a 98º C por 10 s, hibridização a 60º C por 10 s, extensão de 72º C por 7 min. O tempo de extensão foi baseado no comprimento do alvo mais longo.
O Platinum SuperFi II Green PCR Master Mix oferece a conveniência do Carregamento direto no gel de produtos de PCR, eliminando etapas tediosas de adição de corante a amostras de PCR e ajudando a reduzir erros de pipetagem. O tampão verde é compatível com aplicações posteriores, incluindo sequenciamento de DNA, ligação e digestão com enzimas de restrição..
A DNA polimerase Platinum SuperFi II oferece o mais alto nível de confiança ao preservar a precisão da sequência de DNA com uma taxa de erro extremamente baixa. Usando o sequenciamento de nova geração, a fidelidade relativa da DNA polimerase Platinum SuperFi II foi calculada para ser de >300x aquela da polimerase de DNA Taq.
Figura 1. Comparação da fidelidade entre enzimas disponíveis no mercado em relação `enzima Taq. Uma sequência de 3,9 kb foi amplificada por PCR usando diferentes polimerases de DNA, e os amplicons de PCR resultantes foram então fragmentados com uma transposase de MuA. Identificadores moleculares exclusivos (UMI), que consistem em 12 nucleotídeos aleatórios, foram introduzidos durante a fragmentação para identificar cada produto individualmente. Após o sequenciamento de nova geração, as leituras foram alinhadas na sequência correta, agrupadas por famílias UMI e os erros foram identificados. A identificação dos erros considerou apenas os que estavam presentes em todas as leituras na família UMI, os que não estavam foram descartados como erros de sequenciamento. As fidelidades da polimerase foram normalizadas em relação à Taq DNA polimerase.
Saiba mais sobre a fidelidade de polimerase de DNA, métodos de medição da fidelidade enzimática e benefícios da utilização de uma polimerase de DNA de alta fidelidade em PCR.
A formulação exclusiva do tampão Platinum SuperFi II ajuda a reduzir a trabalhosa etapa de otimização de PCR O cálculo das temperaturas de melting para a etapa de hibridização não é mais necessário com a DNA polimerase Platinum SuperFi II. A formulação inovadora do tampão permite a hibridização de primers a 60C, independetemente de suas sequências desde que sigam regras gerais de desenho de primers ( Figura 2). O tampão também permite amplificação bem-sucedida quando Tms calculados são usados na etapa de hibridização (dados não mostrados).
Figura 2.A DNA polimerase Platinum SuperFi II gera produtos de PCR com alta especificidade e rendimento, seguindo a temperatura de hibridização universal a 60º C. Conjuntos de primers com temperaturas de hibridização variável foram usados para amplificar 12 alvos a partir de 50 ng de DNA genômico humano e temperatura de hibridização de 60ºC de temperatura de hibridização. O marcador de peso molecular é o Invitrogen TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder. As temperaturas de hibridização declaradas foram calculadas usando a calculadora T m para a polimerase de DNA Platinum SuperFi.
Devido ao seu inovador tampão de reação, a DNA polimerase Platinum SuperFi II permite uma temperatura de hibridização universal e um tempo de extensão flexível ciclagem todos os ensaios.
Figura 4. A DNA polimerase Platinum SuperFi II permite a rrealização de ciclos simultâneos para amplicons mais curtos e longos. Fragmentos de 0,7 kb, 2,0 kb, 4,8 kb e 14 kb foram amplificados a partir de 100 ng de DNA genômico humano usando o mesmo protocolo para todos os quatro alvos: desnaturação a 98º C por 10 s, hibridização a 60º C por 10 s, extensão de 72º C por 7 min. O tempo de extensão foi baseado no comprimento do alvo mais longo.
O Platinum SuperFi II Green PCR Master Mix oferece a conveniência do Carregamento direto no gel de produtos de PCR, eliminando etapas tediosas de adição de corante a amostras de PCR e ajudando a reduzir erros de pipetagem. O tampão verde é compatível com aplicações posteriores, incluindo sequenciamento de DNA, ligação e digestão com enzimas de restrição..
A DNA polimerase Platinum SuperFi II amplifica uma ampla gama de comprimentos-alvo com alta especificidade e rendimento devido à robustez da enzima e à superior tecnologia hot-start. A tecnologia hot-start da Platinum, baseada em anticorpos, inibe a atividade enzimática até a etapa inicial de desnaturação da PCR, impedindo a amplificação não específica e a degradação do primer, ao mesmo tempo em que permite maior rendimento dos amplicons-alvo.
Figura 6. Versatilidade em uma ampla gama de comprimentos de amplicons. A DNA polimerase Platinum SuperFi II (painel à esquerda) fornece alta especificidade e rendimento em uma faixa de fragmentos de DNA de 0,3 kb a 14 kb amplificados a partir de 100 ng de DNA. Os mesmos alvos também foram amplificados usando polimerases de DNA da concorrência: A – Merck KOD Hot Start , B – KAPA HiFi HotStart PCR Kit , C – PrimeSTAR GXL. O marcador de peso molecular é o TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder.
A alta sensibilidade da DNA polimerase Platinum SuperFi II permite a detecção de alvos de DNA de baixa abundância com resultados precisos. A alta sensibilidade é vantajosa em experimentos onde há uma quantidade limitada de material inicial ou o DNA-alvo está em baixa concentração na amostra.
Figura 7. Alta sensibilidade e amplificação confiável de baixas quantidades de DNA de entrada. A DNA polimerase Platinum SuperFi II (painel à esquerda) mostra amplificação .confiável de um fragmento de 2 kb a partir de 0,4 ng, 2 ng, 10 ng, 50 ng e 250 ng de DNA genômico humano (as quantidades de DNA são indicadas acima de cada faixa). O mesmo alvo foi amplificado com polimerases de DNA da concorrência: A – PfuUltra II Fusion Hot Start, B – HotStar HiFidelity DNA Polymerase Kit, C – Expand HiFiPLUS Enzyme Blend. O número de cópias estimado é de aproximadamente 100 cópias por 0,4 ng de DNA genômico humano. O marcador de peso molecular é o TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder.
A polimerase de DNA Platinum SuperFi II é projetada com um domínio de ligação ao DNA, resultando em alta capacidade de processamento e maior tolerância a inibidores comuns de PCR, como hemina (componente de glóbulos vermelhos), xilana (biopolímero de planta) e ácido húmico (encontrado no solo).
Figura 8. A DNA polimerase Platinum SuperFi II apresenta alta tolerância aos inibidores de PCR comuns. Um fragmento de DNA genômico humano de 2 kb foi amplificado a partir de 50 ng de DNA genômico humano usando a polimerase de DNA Platinum SuperFi II ou polimerases de DNA de alta fidelidade do concorrente: A – Q5 Hot Start High-Fidelity, B – PrimeSTAR GXL, C – Merck KOD Hot Start e D – KAPA HiFi HotStart PCR Kit em misturas de reação contendo 1 – Sem inibidor, 2 – µm de ácido húmico (4 µg/mL), 3 – hemina (20 µM) ou 4 – de sal biliar (1 mg/mL). O marcador de peso molecular é o TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder.
A estabilidade ampliada da polimerase de DNA Platinum SuperFi II à temperatura ambiente permite aplicações de alta produtividade. Atecnologia superior da Platinum permite que a enzima tenha estabilidade na bancada e alta especificidade.
Figura 9. As reações montadas com a DNA polimerase Platinum SuperFi II são estáveis à temperatura ambiente. Um fragmento de 0,5 kb foi amplificado a partir de 50 ng de DNA genômico humano. As reações de PCR foram montadas e deixadas e deixadas em temperatura ambiente por 0 h e 24 h antes do carregamento no termociclador ProFlex da Applied BioSystems. Mesmo após 24 horas da montagem da reação à temperatura ambiente, a polimerase de DNA Platinum SuperFi II (Lane P) produz resultados com alta especificidade e rendimento. O mesmo experimento também foi realizado com polimerases de DNA da concorrência: A – Q5 Hot Start High-Fidelity, B – KAPA HiFi HotStart PCR Kit, C – PrimeSTAR GXL. O marcador de peso molecular é o TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder.
A DNA polimerase Platinum SuperFi II .amplifica uma ampla gama de sequências com alta de conteúdo sequencial com alta especificidade, devido à robustez da enzima e ao tampão especialmente formulado. O tampão Platinum SuperFi II permite a amplificação de alvos ricos em GC, sem a necessidade de aditivos para a denaturação do DNA.
Figura 10. Amplificação robusta de alvos ricos em AT e GC pela polimerase de DNA Platinum SuperFi II. Quinze alvos de teor de GC variável foram amplificados a partir de 50 ng de DNA genômico humano sem nenhum aditivo tampão suplementar que ajudasse na desnaturação do DNA. O marcador de peso molecular é o TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder.
Figura 11. Amplificação aprimorada de alvos ricos em GC. A DNA polimerase Platinum SuperFi II proporciona alta especificidade e rendimento de alvos difíceis, ricos em GC (painel à esquerda), sem a necessidade de aditivos para a denaturação do DNA. Quatro fragmentos ricos em GC (0,74 kb, 0,58 kb, 0,71 kb e 0,72 kb de comprimento; conteúdo de GC indicado acima) foram amplificados a partir de 50 ng de DNA genômico humano. Os mesmos alvos também foram amplificados usando polimerases de DNA da concorrência, de acordo com os protocolos recomendados pelos fabricantes para PCR rica em GC: A – Polimerase de DNA PrimeSTAR GXL, B – KAPA Kit em tampão de reação especializado para fragmentos ricos em GC HiFi HotStart PCR, C – Polimerase de DNA Merck KOD Hot Start com 10% de DMSO adicionado. O marcador de peso molecular é o TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder.
Devido à alta capacidade de processamento e taxa de erro extremamente baixa, a DNA polimerase Platinum SuperFi II é ideal para amplificar fragmentos longos (até 20 kb) com precisão, alta produtividade e especificidade. A amplificação de alvos mais longos (até 40 kb) é possível, mas pode exigir otimização adicional, como o uso de amostras de alta qualidade (puros, frescos e intactos) e soluções frescas de primer. A redução da concentração do primer para 0,2 μm também pode melhorar os resultados.
Figura 12. Amplificação de fragmentos longos. A polimerase de DNA Platinum SuperFi II (lane P) amplifica com sucesso alvos de 20 kb a partir de 200 ng de DNA genômico humano. As polimerases de DNA da concorrência também foram testadas usando os mesmos conjuntos de primer: A – Q5 Hot Start High-Fidelity, B – Kit de PCR KAPA HiFi HotStart, C – Merck KOD Hot Start e D – PrimeSTAR GXL e E – PfuUltra II Fusion HotStart. O marcador de peso molecular é o TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder.
Com alta especificidade e capacidade de processamento, a polimerase de DNA Platinum SuperFi II pode atuar em uma ampla gama de concentrações de amostra com o tampão fornecido, sem a necessidade de otimização significativa.
Devido à alta especificidade e tolerância do inibidor, a DNA polimerase Platinum SuperFi II possibilita a amplificação eficiente do DNA de qualidade abaixo do ideal, como de amostras fixadas em formalina e embebidas em parafina (FFPE).
Figura 15. Amplificação do DNA extraído de FFPE. A DNA polimerase Platinum SuperFi II amplifica com sucesso alvos de até 0,4 kb a partir de 10 ng de DNA de FFPE extraído de camundongos usando o Kit de isolamento de ácido nucléico total Invitrogen RecoverAll para FFPE. O marcador de peso molecular é o TrackIt 100 bp DNA Ladder.
Veja as vantagens para seu PCR feito com da DNA polimerase Invitrogen Platinum SuperFi II, entre elas, ultra fidelidade, intervalo dinâmico superior e protocolo de anelamento universal.
A DNA polimerase Platinum SuperFi II é fornecida com um tampão de reação que é especialmente formulado com componentes isoestabilizantes. Essa composição de tampão exclusiva oferece várias vantagens: Sem necessidade de cálculo de T m para primers, amplificação mais robusta de alvos ricos em GC, amplificação aprimorada de sequências longas e protocolo de PCR universal para PCR de grande processamento (Tabela 1).
Tabela 1. Comparação da DNA polimerase Platinum SuperFi II com a polimerase de DNA Platinum SuperFi.
Polimerase de DNA Platinum SuperFi II | Polimerase de DNA Platinum Super-Fi | |
---|---|---|
Fidelidade (vs. Taq) | >300x | >300x |
Tecnologia Modificação Hot-start | Sim | Sim |
Calculadora de Tm necessária | Não (hibridização de primers a 60º C) | Sim |
Protocolo PCR universal | Sim | Não |
Amplificação rica em GC | Sim (aditivo para região GC não necessário) | Sim (aditivo para região GC recomendado) |
Amplificação em intervalo dinâmico superior | Até 20 kb (desempenho aprimorado) | Até 20 kb |
Estabilidade na bancada | Até 24 h | Até 24 h |
Tolerância do inibidor | Alto | Alto |
Extremidade 3’ de amplicons | Extremidade cega | Extremidade cega |
Baixo nível de DNA residual certificado (por 50 μL rxn) | ≤1 cópia de DNA bacteriano ≤0,3 cópia de DNA humano | ≤1 cópia de DNA bacteriano ≤0,2 cópia de DNA humano |
Dados de referência das polimerases de DNA Platinum SuperFi II e Platinum SuperFi
Uso | Referência |
---|---|
PCR multiplex para detecção de genes de S. aureus | Allam A, Fakhr A, Mahmoud M et al. (2021) Staphylococcus aureus nasal colonization among health care workers at an Egyptian tertiary care hospital. Microbes and Infectious Diseases 2(1):108–118. |
PCR com gDNA e cDNA de amostras fúngicas, seguida de sequenciamento de Sanger | Ferrara M, Gallo A, Perrone G et al. (2020) Comparative genomic analysis of ochratoxin A biosynthetic cluster in producing fungi: new evidence of a cyclase gene involvement. Front Microbiol 11:581309. |
Uso | Referência |
---|---|
Amplificação de genes bacterianos completos, seguida de sequenciamento de Sanger | Ferrara M, Haidukowski M, D'Imperio M et al. (2021) New insight into microbial degradation of mycotoxins during anaerobic digestion. Waste Manag 119:215–225. |
Metabarcording do DNA dos peixes de águas profundas bombeadas | Kawato M, Yoshida T, Miya M et al. (2021) Optimization of environmental DNA extraction and amplification methods for metabarcoding of deep-sea fish. MethodsX 8: 101238. |
Uso | Referência |
---|---|
Clonagem das regiões VH e VL de uma imunoglobulina | Granel J, Lemoine R, Morello E (2020) 4C3 human monoclonal antibody: a proof of concept for non-pathogenic proteinase 3 anti-neutrophil cytoplasmic antibodies in granulomatosis with polyangiitis. Front Immunol 11:573040. |
RT-PCR com amostras de fígado e testículo humano para análise da expressão de microRNA, seguida por sequenciamento de Sanger | Rubino E, Cruciani M, Tchitchek N (2021) Human ubiquitin-specific peptidase 18 is regulated by microRNAs via the 3'untranslated region, a sequence duplicated in long intergenic non-coding RNA genes residing in chr22q11.21. Front Genet 11:627007. |
Uso | Referência |
---|---|
PCR multiplex para detecção de genes de S. aureus | Allam A, Fakhr A, Mahmoud M et al. (2021) Staphylococcus aureus nasal colonization among health care workers at an Egyptian tertiary care hospital. Microbes and Infectious Diseases 2(1):108–118. |
PCR com gDNA e cDNA de amostras fúngicas, seguida de sequenciamento de Sanger | Ferrara M, Gallo A, Perrone G et al. (2020) Comparative genomic analysis of ochratoxin A biosynthetic cluster in producing fungi: new evidence of a cyclase gene involvement. Front Microbiol 11:581309. |
Uso | Referência |
---|---|
Amplificação de genes bacterianos completos, seguida de sequenciamento de Sanger | Ferrara M, Haidukowski M, D'Imperio M et al. (2021) New insight into microbial degradation of mycotoxins during anaerobic digestion. Waste Manag 119:215–225. |
Metabarcording do DNA dos peixes de águas profundas bombeadas | Kawato M, Yoshida T, Miya M et al. (2021) Optimization of environmental DNA extraction and amplification methods for metabarcoding of deep-sea fish. MethodsX 8: 101238. |
Uso | Referência |
---|---|
Clonagem das regiões VH e VL de uma imunoglobulina | Granel J, Lemoine R, Morello E (2020) 4C3 human monoclonal antibody: a proof of concept for non-pathogenic proteinase 3 anti-neutrophil cytoplasmic antibodies in granulomatosis with polyangiitis. Front Immunol 11:573040. |
RT-PCR com amostras de fígado e testículo humano para análise da expressão de microRNA, seguida por sequenciamento de Sanger | Rubino E, Cruciani M, Tchitchek N (2021) Human ubiquitin-specific peptidase 18 is regulated by microRNAs via the 3'untranslated region, a sequence duplicated in long intergenic non-coding RNA genes residing in chr22q11.21. Front Genet 11:627007. |
A Invitrogen Platinum SuperFi DNA é uma polimerase de DNA com atividade revisora que combina a fidelidade superior com a confiável tecnologia hot-start Platinum, desenvolvida para fornecer o maior sucesso em PCR. Com a fidelidade >100x Taq, a polimerase de DNA Platinum SuperFi é ideal para clonagem, mutagenese e outras aplicações que se beneficiam da precisão suprema da sequência gerada.
Educação em PCR
Saiba mais sobre o histórico de PCR, considerações de configuração, importância da escolha da polimerase de DNA, métodos e aplicações comuns e solução de problemas.
Centro de suporte a PCR e síntese de cDNA
Encontre dicas, ajuda para solução de problemas e recursos para suas aplicações de PCR convencional e cDNA.
Soluções de PCR personalizadas para&OEM
Descubra soluções de fabricação personalizáveis, rotulagem de produtos e recursos de embalagem para suas necessidades específicas.
Fale conosco
Envie um e-mail ou ligue para nossos Cientistas de aplicações técnicas para dúvidas adicionais sobre enzimas para PCR e master mixes.
Todas as marcas comerciais são propriedade da Thermo Fisher Scientific e de suas subsidiárias, salvo disposição contrária. Q5 é uma marca comercial da New England BioLabs Inc. PrimeSTAR é uma marca comercial da Takara-Clontech Laboratories, Inc. Merck é uma marca comercial da Merck KGaA. KAPA HiFi HotStart é uma marca comercial da Roche Inc. HotStar é uma marca comercial da Qiagen GmbH. Roche Expand é uma marca comercial da Roche Molecular Systems Inc. PfuUltra é uma marca comercial da Agilent, Inc.
For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.