蛋白质组学样品制备信息

由于蛋白质组非常复杂，制备用于质谱 (MS) 分析的蛋白质样品尚无任何标准方法。 协议各不相同，取决于使用的样品类型、试验目标和分析方法。 设计样品制备策略时要考虑很多因素，包括蛋白质的来源、类型、物理性质、丰度、复杂性和细胞定位。 工作流程中加入了经优化的细胞裂解、亚细胞组分分离、去除高丰度蛋白或精选蛋白质富集以及质量标记工具，均可促进蛋白质样品的准确鉴定和定量。 在所有情况下，样品萃取和制备的质量和再现性都会显著影响您的研究结果。

在 Orbitrap Fusion 上使用10标 TMT 对乳腺癌细胞系蛋白质组进行高覆盖率高通量表征

哈佛大学/麻省总医院的 Wilhelm Haas 博士讨论了妨碍“癌症蛋白质组”成为深入了解癌症的更重要来源的科学和技术挑战。 他介绍了将等量异位质量标签和先进的质谱技术相结合的工作流程，可定量分析32个乳腺癌细胞系内的几乎8000种蛋白质，而每个细胞系仅需4.5个小时。

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质谱法 (MS) 已成为蛋白质检测、鉴定、表征和定量的首选方法。  MS 仪器的准确性、灵敏度和灵活性实现了生物研究、生物制药表征和诊断检测方面的新应用。 适合基于 MS 的分析的适当的样品制备是蛋白质组学工作流程的关键步骤，因为它不仅多变而且耗时。 样品萃取和制备的质量和再现性显著影响 MS 结果。

细胞裂解往往是蛋白质提取、组分分离和纯化的第一步。 裂解可以通过物理方法或通过使用试剂完成，但是试剂方法一般更受欢迎，因为该方法更快并具有更高的再现性。 通过使用不同的缓冲液、清洁剂、盐和还原剂，可以优化细胞裂解，为特定细胞类型或蛋白分段提供可能最好的结果。 裂解之后通常进行固定，防止提取的蛋白质降解或人为修饰。 通常部署去除和富集策略以移除无分析价值的高丰度蛋白质并分离样品中的目标蛋白质。 Thermo Fisher Scientific 提供品种齐全的试剂、抑制剂以及去除和富集试剂盒以优化您的分析。

通过分析肽而不是完整蛋白质，可以更加轻松地实现很多蛋白质研究目标。 对于这些应用，蛋白质必须完成变性、还原、烷基化和消化过程。 消化可以在溶液或凝胶中进行，取决于样本特征和凝胶电泳是否是您正常工作流程的一部分。 Thermo Scientific 变性剂、还原剂、染色剂和胞内蛋白酶均为最高品质，帮助您获得可能最好的分析结果。

成功分析低丰度蛋白质或鉴定翻译后修饰的肽要求特异性靶向肽富集和样品纯化。 特异性 PTM（如磷酸化、泛素化和糖基化）富集通过使用 PTM 特异性抗体或配体进行亲和纯化来完成。 肽富集之后，可以使用石墨或 C-18 吸头或色谱柱清除盐和缓冲液，可以使用亲和柱或清洁剂沉淀试剂清除清洁剂。 稀释样品还可以使用不同截留分子量 (MWCO) 范围的浓缩仪进行浓缩。 Thermo Fisher Scientific 提供整套试剂盒用于样品富集以及各种吸头、色谱柱和树脂用于样品纯化。

富集和纯化还可以在蛋白质消化或分析完整蛋白质之前进行。 Thermo Scientific™ 质谱免疫检测 (MSIA™) 工作流程将具有高度选择性的亲和纯化与质谱法相结合，在单次检测中对生物分子同时进行定性和定量分析。 MSIA 技术可降低样品的复杂性，同时富集目标分析物，缩短 LC 梯度并最大化以下分析的 MS 灵敏度：

• 生物标记物发现和分析
• 生物治疗药物的临床前和临床试验
• 治疗抗体和抗体偶联药物的分析
• 蛋白质变体和翻译后修饰的分析

定量分析应用于整个蛋白质组学研究。 在发现阶段常常使用相对定量来查找在样品种类之间或者一段时间后具有统计学显著性的丰度变化的蛋白质，因此更可能具有科学价值。 之后使用定量分析验证并确认在发现过程中鉴定的推定生物标记物。 非标记定量基于离子峰值强度或谱图计数的比较，是最简单的定量方法，但是样品和试验变化以及试验偏差导致其更易出现错误。 可以部署其他技术以增强蛋白质定量分析的速度、准确性或能力，包括：

• 用稳定的同位素进行代谢（体内）标记
  
• 同位素标记
• 等量异位质量标签
• 加标重肽

Thermo Fisher Scientific 提供全面的产品系列，增强您的蛋白质组学定量分析，包括 SILAC（在细胞培养中通过氨基酸进行稳定同位素标记）试剂盒、TMT 串联质量标签以及现有或定制的重肽标准。