按样品类型提取基因组DNA

福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织样品为基因表达分析提供了宝贵的稳定核酸来源。FFPE 样本的临床用途很大，通过对档案组织进行回顾性分析，可以将分子研究结果与治疗反应和临床结果联系起来。

哪种从FFPE样品中提取DNA的试剂盒适合您？

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	快速 & 简单	低通量分离同一 FFPE 切片中的 RNA 和 DNA	可扩展规模的分离同一 FFPE 切片中的 RNA 和 DNA
	Ion AmpliSeq Direct FFPE DNA 试剂盒	RecoverAll 总核酸分离试剂盒用于 FFPE 样品	MagMAX FFPE DNA/RNA Ultra 试剂盒
制备时间	30分钟	4.5小时（16 个样品的总时间） 2.5 小时实际操作时间	4 小时（96 次制备的总时间） 1 小时实际操作时间
提取的最终产物	DNA	总 RNA、microRNA、gRNA	总 RNA、microRNA、gRNA
分离方法	裂解	柱式纯化	磁珠纯化
需要脱蜡
自动化兼容（脱蜡后）	不适用		（KF Flex和Duo Prime的程序）
适用 FFPE 样品范围	单个 5-10 微米切片 （ 4-100 mm2 组织）	最多 4 x 20 微米切片 （300 mm2组织）	最多 2 x 20 微米切片 （300 mm2组织）
样品体积	约20µL 含 DNA 的裂解物	约50µL μg 纯化的 DNA 约50µL μg 纯化的 RNA	约50µL μg 纯化的 DNA 约50µL μg 纯化的 RNA
适用于 Ion AmpliSeq DNA 面板（例如 Cancer Hotspot Panel v2）
适用于 AmpliSeq RNA 面板（例如 RNA cancer 和 RNA fusion）

固定过程会导致核酸和蛋白质间发生交联，并通过在碱基上添加单甲基基团导致共价修饰腺嘌呤和胞苷。因此，分子是刚性的,，容易受到机械剪切。因此、为了利用 FFPE 组织作为 DNA 来源、需要一种可靠的方法从交联基质中提取 DNA。

有许多因素会影响从 FFPE 组织中分离出 DNA 的整体质量和产量。以下是对几个关键因素的建议：

1. 上游组织采集和组织标本制备 —如果可能，组织应在手术切除后一小时内固定。使用中性福尔马林或多聚甲醛缓冲液固定的最佳时间为 12-24 小时。固定组织应在包埋前彻底脱水。
2. 组织块存储 ——尽可能存储无切面的组织块，以防止接触大气中的氧气、水和其他环境因素（如光线和虫害 [真菌、昆虫等]）而造成持续损害。
3. 用于 RNA 分离的组织类型、大小和数量 ——建议组织厚度为 10–20 µm。使用的切片数量取决于组织类型（影响细胞密度）和表面积（建议尺寸：50-300 mm ² ）。原始材料过量会导致过滤器堵塞，使产量下降。
4. 用于组织包埋的石蜡过多 ——在开始纯化方案之前，应尽可能清除多余的石蜡。对于基于二甲苯的纯化方法，两种室温下的二甲苯处理方法应足以完全脱蜡。如果需要，可在 37-55°C 温度下进行更严格的处理，时间最长可达 30 分钟。。二甲苯脱蜡后，必须完全去除 100% 乙醇，并在两次 100% 乙醇洗涤后使颗粒干燥。磁珠法采用新的化学方法来处理限制样品量为 20 µm 切片的石蜡。

MagMAX FFPE DNA/RNA Ultra 试剂盒可利用MagMAX 磁性颗粒快速、高效、自动地从 FFPE 样品中分离总 RNA 和 DNA。MagMAX FFPE NA试剂盒可提供更快的工作流程，使用毒性更低的试剂，同时整个过程不降低质量。这些试剂盒的核酸产量和纯度可与同类最佳的基于 RecoverAll 过滤器的系统相媲美。MagMAX FFPE NA 试剂盒优于采用类似方案的产品，其 RNA 和 DNA 产量与耗时更长、更具危险性且通量更低的方案相媲美。

RecoverAll 总核酸分离试剂盒的 操作过程大约需要45 分钟。使用一系列二甲苯和乙醇洗涤液对 FFPE 样品进行脱蜡。然后，对样品进行严格的蛋白酶消化，并根据 RNA 或 DNA 的回收情况调整孵育时间。使用包含柱上核酸酶处理的快速玻璃纤维过滤法纯化核酸，并洗脱到提供的水或低盐缓冲液中。