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TaqMan 测定符合 MIQE 指南

MIQE 代表 实时荧光定量 PCR 实验出版物中最小信息量，是一套实时荧光定量 PCR (qPCR) 实验设计及数据报告实践指南以及与同事共享实验信息的标准。该标准旨在确保发布的实时荧光定量 PCR 研究有意义、准确，并为研究人员提供客观再现结果所需的信息。

Thermo Fisher Scientific 支持 MIQE 指南，提供所有必需信息，确保发布实时荧光定量 PCR 实验结果时符合 MIQE 要求。

关于这一点一直存在一些困惑，因为最初 MIQE 指南规定，研究人员必须公布所用测定的引物/探针序列。但是，这些序列随后被视为商业敏感信息，因此作者后来提出了一个修正案，规定可以引用“引物序列或扩增子上下游序列”(1)。

符合 MIQE 指南

测定设计

对于预设计的 Applied Biosystems TaqMan 测定，在备受推崇的同行评审出版物（如 Nature、Science 和 Nature Methods）中有超过 >40K 次引用，通常仅引用 TaqMan 测定 ID。因此，发布唯一标识符（如测定 ID）代替序列通常就已足够且被广泛接受。

然后，为了完全符合 MIQE 关于测定序列披露的指南，除了测定 ID，您还需要提供探针或扩增子上下游序列。

  • 扩增子上下游序列包含完整的 PCR 扩增子。
  • 探针上下游序列是包含完整探针序列的中心序列。
如何访问测定信息文件 (AIF) 中的探针上下游序列

我们为发运的每个测定提供全面的测定信息文件 (AIF)，其中包含所需的上下游序列。 按照以下步骤访问您的 AIF：

  1. 转到 thermofisher.com 上的 TaqMan 文件下载。
  2. 选择“TaqMan Assays”（TaqMan 测定）单选按钮。
  3. 输入销售订单编号和架/板 ID。
  4. .zip 文件夹将自动下载。
  5. 解压缩文件夹。.txt 和 .html 文件包含上下游序列。
如何为您的 TaqMan 测定生成探针和扩增子上下游序列

按照以下说明，使用 TaqMan 测定搜索工具很容易找到扩增子上下游序列。如有需要，可以使用相同的流程生成探针上下游序列。

请务必注意，TaqMan 测定 ID 中的引物/探针序列会保持不变，确保测定参考始终保持相关性。

  1. 在  TaqMan 测定搜索工具中输入感兴趣的测定 ID。
  2. 当您收到搜索结果时，请单击“View Details”（查看详细信息）。
  3. 记录列出的任何 RefSeq 登录号 。
  4. 此外还可捕获该特定 RefSeq 登录号的 测定位置 和 扩增子长度 。
  5. 扩展测定位置：
    对于探针上下游序列：
    测定位置减去 12 和加上 12（例如 1026 – 12 = 1014/1026 + 12 = 1038）

    对于扩增子上下游序列：
    测定位置减去和加上扩增子长度
    （例如 1026 – 101 = 925/1026 + 101 = 1127）

复制此 URL 生成探针或扩增子上下游序列：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/
REFSEQ ID?report=fasta&log$=seqview&format
=text&from=XXX&to=XXX

  1. 按照以下示例将 RefSeq 及位置值输入到提供的 URL 中：
    探针上下游序列：
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001128128.2?report=fasta&log$=seqview&format=text&from=1014&to=1038 

    扩增子上下游序列：
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001128128.2?report=fasta&log$=seqview&format=text&from=925&to=1127

  2. 将带有适当 RefSeq 和位置值的 URL 复制/粘贴到 Internet 浏览器中，然后单击回车键。将生成序列。
    探针上下游序列：

    扩增子上下游序列：

 

TaqMan 测定搜索工具提供的信息

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TaqMan 测定搜索工具提供了许多有用的信息，包括 Entrez 基因 ID、基因符号、通过测定查询到的对应 RefSeq ID 列表以及 GenBank mRNA 登录号。尽管我们不共享特异性寡核苷酸序列，但是我们提供扩增子长度、探针位置以及（如果适用）测定所跨越的外显子-外显子边界。最后，您可以查阅测定图谱，该图谱显示给定基因的所有测定如何与所有已知转录本匹配。

测定注释

本指南的 qPCR 靶标、qPCR 寡核苷酸和 qPCR 实验方案章节中要求的信息可在 Thermo Fisher Scientific 试剂实验方案中或从 Thermo Fisher Scientific 网站轻松获取。生物学相关的 TaqMan 测定注释信息见 AIF。

视频：TaqMan 测定是否符合 MIQE 指南？

观看我们的 Ask TaqMan 视频，了解 TaqMan 测定如何符合实时荧光定量 PCR 实验出版物最小信息量 (MIQE) 系列建议。

参考文献

  1. Bustin SA, Benes V, Garson JA, Hellemans J, Huggett J, Kubista M, Mueller R, Nolan T, Pfaffl MW, Shipley GL, Vandesompele J, Wittwer CT.Primer sequence disclosure: a clarification of the MIQE guidelines.Clin Chem.2011 Jun;57(6):919-21.

仅供科研使用，不可用于诊断目的。