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标准的转染操作中，须在转染前约24小时细胞铺板。 反向转染操作中，细胞铺板和转染可同时进行，操作上节省了一整天的时间。 Ambion公司的科学家发现，在高效的反向转染操作中（例如使用RNAiMax）：某些细胞系转染效率稍高；siRNA的浓度通常会有所降低（这可能会降低脱靶效应）；更广泛浓度范围内的细胞都可成功使用。
细胞的汇合度应为40–80%，并且传代次数较低（比如小于50次），即细胞不可太老。 随着时间的推移，相对于较早传代的细胞，培养细胞的表型和生长特性通常会呈多样变化，这也会体现在表达谱中。 在培养条件影响下（例如频繁的温度和pH值变化、过度培养时培养基中的营养不足、继代培养时细胞密度太低、胰蛋白酶连续处理、激烈吹打或离心时的剪切力以及支原体污染），许多细胞的表达谱会发生改变。 每孔的细胞太少或太多，也会影响转染效率。 根据转染容器的表面积，尝试不同的细胞密度，比如设置低、中、高密度的孔。
使用最佳的组织培养操作方法。 siRNA递送过程中，抗生素不是必需的，细胞吸收抗生素后可能会增加毒性。 此外，一些siRNA转染试剂要求在无血清或低血清的培养基中转染，所以一定要注意厂商的建议。 选择恰当的细胞培养基（例如某些细胞需要更多的葡萄糖或氨基酸）。
siRNA中应不含从合成过程带来的试剂（例如乙醇或盐）。 长于30bp的双链RNA污染物可通过激活非特异性的干扰素反应，产生细胞毒性，从而改变基因的表达。 Ambion公司标准纯度的siRNA没有此类污染物，非常适合细胞培养实验。 在优化递送条件的实验中，确定选用的方法和细胞类型所需siRNA的最低有效浓度，过量使用siRNA会增加非特异性（脱靶）效应。
每次实验必须包含siRNA阴性和阳性对照，以便监测siRNA的递送效率（即比较siRNA阳性对照处理的和siRNA阴性对照处理的细胞靶标基因的表达水平）。 在多数经验证的siRNA调控和细胞体系中，可看到mRNA调控靶标抑制效率高于≥70%。 此外，应通过比较siRNA阴性对照和未处理的样品中培养的细胞活性来监测siRNA递送过程的细胞毒性。
不同细胞系和细胞类型的转染难度差别很大。 RNAiMax转染试剂能够有效地将小RNA递送到各种细胞中，而且细胞毒性非常小。 对于难转染的细胞系（如悬浮细胞、血液细胞、原代细胞和神经细胞），Ambion公司的科学家们建议在不同的浓度下至少尝试2种不同的转染试剂。 转染试剂剂量不足会影响siRNA递送和基因沉默效果，过多则会有细胞毒性。 根据不同的细胞类型，需要不同数量的转染试剂。 如果转染结果不成功（基因抑制和/或细胞活性差），可考虑采用电转化方法（参见#10）或病毒载体来递送siRNA。
转染效率受转染试剂/siRNA复合物的剂量影响。 如果细胞毒性和靶基因抑制效率都很高，转染8–24小时后，可利用正常培养基更换含有转染试剂/siRNA复合物的培养基，从而降低细胞毒性并保持高的基因沉默效应。
测量mRNA抑制效果，是监测siRNA处理效果的最直接的方法。 通常在转染24 - 48小时后，对靶mRNA水平进行定量。 某些情况下，也需要测量蛋白的抑制效果，从而了解siRNA处理产生的生物效应——在siRNA递送48–72]小时后测量。 蛋白表达减少问题受mRNA和蛋白质周转率的影响；对于不同的靶标基因，观察蛋白最大抑制效果的最佳时间存在差异。
对于“普通的”阳离子脂质体试剂难以转染的细胞系，电转化方法可能是唯一的选择。 通过方波型电脉冲能诱导细胞膜的瞬时通透性，其中电压、脉冲宽度和脉冲次数都是重要的影响因素。 与转染过程类似，在电转化条件变化时，靶基因的抑制效果和细胞死亡率之间也存在一种平衡关系。
仅供研究使用。 不得用于人类或动物的治疗或诊断用途。
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