がん細胞の遺伝子を解析するためには次世代シーケンサ（NGS)が有用ですが、実験工程やデータ解析の複雑さから導入を不安に思われている方がいらっしゃいます。このページではがん細胞の遺伝子解析に関するお客様のお悩みと、それを解決する当社NGSソリューションをご提案します。一般的に、次世代シーケンサの工程は概ね、核酸抽出、ライブラリ調製、テンプレート調製、シーケンシング、およびデータ解析といった工程から構成されています。このうち、核酸抽出やライブラリ調製の工程に問題があるとうまくデータが得られないことがあります。

Q1. 実験の工程が多く煩雑で、初心者には難しいと感じます。

一般的に、次世代シーケンサの工程は大きく分けて、核酸抽出、ライブラリ調製、テンプレート調製、シーケンシング、データ解析の5つの工程があります。特にライブラリ調製の工程は後に得られるシーケンスデータの結果を大きく左右する場合が大きいため、非常に重要です。Ion GeneStudio S5とIon Chefシステムなら、ライブラリ調製を自動化することができます。また、抽出から変異解析レポートまでのほとんどの工程を自動化したIon Torrent Genexus Integrated シーケンサシステムであれば、そもそも実験する工程がほとんどありません。多くの工程を自動化することにより、高い再現性を実現しています。

Q2. FFPEサンプルなどのサンプルでは良いデータが得られないことがあります。

FFPEなどのサンプルは核酸が断片化されていることが多く、ライブラリ調製がうまくいかないことがあります。Ion AmpliSeq™ テクノロジーによるターゲットリシーケンスなら、断片化されたゲノムDNAやRNAを想定したプライマーデザインを選択でき、ライブラリ調製で失敗することが少なくなります。さらに断片化が想定されるcfDNAなどを対象とする場合、専用のデザインが可能です。

Q3. 必要な初期サンプル量が多く、実験が進まない場合があります。

実施するライブラリ調製のシステムに依存的に初期サンプル投入量が多く必要な場合があります。また、1度に複数のターゲット遺伝子を解析できるのが次世代シーケンサの強みですが、ライブラリ調製時に複数のチューブにまたがってターゲット領域を増幅、またはキャプチャさせる必要がある？場合があります。Ion AmpliSeqテクノロジーによるターゲットリシーケンスなら、1つのチューブで最大20,000を超えるプライマーを同時にPCRで増幅することができ、必要な初期核酸量も1つのチューブに10 ngと少量で解析できます。

Q4. データ解析が複雑で、初心者にはハードルが高いと感じます。

リアルタイムPCRやキャピラリーシーケンサと比べると膨大なデータ量を扱う次世代シーケンスは、コマンドラインと呼ばれる操作でデータを処理するケースが多く、実際にその目で得られた塩基配列データ一つ一つを見ることはないため、データプロセスがイメージしづらく、難しいと感じる研究者が多い傾向にあります。Torrent Suite softwareやIon Reporter、Oncomine Reporterといったソフトウエアは、これらの複雑なコマンドライン操作を排除し、遺伝子変異解析から遺伝子発現解析、T細胞/B細胞のクローン解析、細菌叢の解析に至るまで直感的に目的のデータを可視化させることができます。

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