豚流行性下痢ウイルス（PEDV）全ゲノムを株の種類に関わらず増幅可能な
プライマーセット

  • 動物衛生研究所ウイルス疫学研究領域との共同研究成果
  • 公知のアメリカ発生PEDV72株（2014年現在）をマルチプルアライメント。各株が持つ特異的変異を避け、保存領域にプライマー設計
  • 逆転写反応用のプライマーもしくはランダムプライマーでの逆転写後に全ゲノム、各領域の増幅が可能
  • 増幅産物はウイルス存在確認、キャピラリーシーケンサ、次世代シーケンサなどに使用可能

References:

  1. Complete Genome Sequence of the Porcine Epidemic Diarrhea Virus Variant Tottori2/JPN/2014, S. Murakami et al., Genome A., July/August 2015, Volume 3, Issue 4., e00877-15
  2. Molecular characterization of pig epidemic diarrhoea viruses isolated in Japan from 2013 to 2014, T. Suzuki et al., Infection, Genetics and Evolution 36, 2015, 363–368

Workflow for Next generation-sequencing
ユニバーサルプライマーセットを用いてPEDV全ゲノム解析　

1連のワークフローでウイルス全ゲノム解析から系統発生学解析まで実施可能

他ウイルスにも応用可能！

  • 宿主由来検体からRNA抽出
  • ウイルス全ゲノムをPEDVプライマーを用いて増幅
  • Ion Xpress™ Fragment Library kit使用、DNA・cDNAを断片化
  • 検体識別用バーコード(Ion Xpress™ Barcode Adapters)、アダプター付加
  • Ion OneTouch2™, Ion OneTouch™ ES使用
  • Ion PGM™ Template OT2 200 kit or 400 kit使用
  • エマルジョンPCRでライブラリをISPに付加、ISP精製
  • テンプレート調製～半導体chipローディングはIon Chef™を用いて全自動化可能
  • Ion PGM™を用いてシーケンス
  • Ion PGM 318™ chipを用いて1ラン30検体1000coverage以上のデータ取得可能
  • 本体付属Torrent Suite™を用いて既知のPEDV株にマッピング、変異解析
  • 得られた配列を無料softwareを用いてコンセンサス配列、系統樹作成可能
Step 1 : DNA/RNA 抽出
  • 宿主由来検体からRNA抽出
  • ウイルス全ゲノムをPEDVプライマーを用いて増幅
Step 2 : ライブラリ作製
  • Ion Xpress™ Fragment Library kit使用、DNA・cDNAを断片化
  • 検体識別用バーコード(Ion Xpress™ Barcode Adapters)、アダプター付加
Step 3 : テンプレート調製
  • Ion OneTouch2™, Ion OneTouch™ ES使用
  • Ion PGM™ Template OT2 200 kit or 400 kit使用
  • エマルジョンPCRでライブラリをISPに付加、ISP精製
  • テンプレート調製～半導体chipローディングはIon Chef™を用いて全自動化可能
Step 4 : シーケンス及び解析
  • Ion PGM™を用いてシーケンス
  • Ion PGM 318™ chipを用いて1ラン30検体1000coverage以上のデータ取得可能
  • 本体付属Torrent Suite™を用いて既知のPEDV株にマッピング、変異解析
  • 得られた配列を無料softwareを用いてコンセンサス配列、系統樹作成可能

注文情報・注文方法

製品名注文方法
CUSTOM OLIGOS, TUBE
(カスタム合成品動物衛生研究所ウイルス疫学分野との共同研究成果)		詳しくは下記までお問合せください
jptech@lifetech.com