マイクロアレイ用mRNA

Dynabeads® Oligo(dT)₂₅により、発現プロファイリング用に最適のmRNAが得られます。

mRNAとDynabeads®間のハイブリダイゼーションキネティックは迅速で効果的なだけでなく、フリーソリューションハイブリダイゼーションに匹敵します。 つまり、サンプル損失を無視することができます。

市販のアレイやチップでは、必要になるmRNAの量が異なります。 Dynabeads®は、分離プロトコールのスケール変更が可能であるため、いかなる量の細胞からもmRNAの分離ができます。 それゆえ、この方法によってあらゆる種類のマイクロアレイ、マクロアレイやチップに必要な量のmRNAが調製可能です。 例としては、GeneChipsアレイ（Affymetrix Inc.）（1,2）、Gene Expression Microarray™ (Incyte Genomics Inc) （3、4）および種々のセルフスポット型アレイ（5-11）用にmRNAを分離する場合が挙げられます。 Dynabeads®は、一部の電子チップやマイクロ流体装置にも直接応用できます（12）。

Dynabeads®を用いたゲノム機能解析による、 精巣がんの標的遺伝子を探索 左図： mRNAを用いたマイクロアレイにより、正常な精巣と比較して、腫瘍遺伝子のアップレギュレーション（赤）およびダウンレギュレーション（緑）を示す。 右図： 2遺伝子がアップレギュレーションを受けていることが、タンパク質レベルで実証された。 R. SkotheimおよびR. A. Lothe両氏（ノルウェー、オスローのNorwegian Radium 病院）の厚意による。

主な参考文献:

1. Kielman MF. et al. (2002) Apc modulates embryonic stem-cell differentiation by controlling the dosage of b-catenin signaling. Nature Genetics 32(12):594-605.
2. Zhang Y. et al. (2001) Reproducible and inexpensive probe preparation for oligonucleotide arrays. Nucleic Acids Res. 29(13):e66.
3. FitzPatrick DR. et al. (2002) Transciptome analysis of human autosomal trisomy. Hum. Mol. Genet. 11(26):3249-3256.
4. Wykoff CC. et al. (2000) Identification of novel hypoxia-dependent and independent target genes of the von Hippel-Lindau (VHL) tumor suppressor by mRNA differential expression profiling. Oncogene 19:6297-6305.
5. Cameron RA. et al.(2000) A sea urchin genome project: Sequence scan, virtual map, and additional resources. PNAS. 97(17):9514-9518.
6. Fernandes J. et al. (2002) Comparison of RNA expression profiles based on maize expressed sequence tag frequency analysis and micro-array hybridization. Plant Physiol. 128:896-910.
7. Pancer Z. (2000) Dynamic expression of multiple scavenger receptor cystein-rich genes in coelomocytes of the purple sea uchin. PNAS 97(24):13156-13161.
8. Salin H. et al. (2002) A novel sensitive microarray approach for differential screening using probes labeled with two different radioelements. Nucleic Acids Res. 30(4):17.
9. Skotheim RI. et al. (2002) New insight into testicular germ cell tumorigenesis from gene expression profiling. Cancer Res. 62:2359-2364.
10. Sørlie T. et al. (2001) Gene expression patterns of breast carcinomas distinguish tumor subclasses with clinical implications. PNAS 98(19):10869-10874.
11. Frohme M. et al. (2000) Use of representational difference analysis and cDNA arrays for transcriptional profiling of tumor tissue. Ann. N.Y. Acad. Sci. 910:85-104.
12. Fan ZH. et al. (1999) Dynamic DNA hybridization on a chip using paramagnetic beads. Anal. Chem 71(21):4851-4859.