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RNA 염기서열분석
유전자 발현의 변화를 규명하는 일은 내부 유전적 병변, 외부 자극 및 변화하는 환경 조건에 대한 세포 반응을 이해하기 위한 토대를 제공합니다. 결과적으로 RNA 발현 패턴에서 인간 질병의 예측과 분류를 위한 바이오마커(biomarker)에 대한 특별한 정보를 찾을 수 있습니다. 지금까지는 단백질 인코딩 RNA(poly-A+ RNA)에 초점이 맞춰져 있었지만 non-coding RNA 염기서열의 중요성을 뒷받침하는 문헌도 나와 있습니다. Next-generation RNA sequencing은 RNA 연구에서 매우 강력한 플랫폼으로서 다음과 같은 주요 장점을 제공합니다.
- 고도로 정량적이고 정밀한 측정을 위한 RNA 분자의 ‘디지털 카운팅’
- 관련 생물학적 변화를 모두 포착하기 위한 동적 범위(dynamic range)
- 미지의 RNA 발견(novel transcripts, splice variants 및 gene fusion)
- 단일 어세이(assay)에서 모든 유형의 RNA 포착(poly-A+, long non-coding RNA, small RNA 및 gene fusion)
- 실험 비용과 발견 잠재성을 가진 분석의 간편함 사이의 균형을 잡기 위해 완전한 전체 전사체(whole transcriptome) 분석에서부터 미리 선택한 몇 가지 RNA의 염기서열분석에 이르기까지 어떤 수준에 초점을 둘 지 선택할 수 있는 기회 제공
염기서열분석(Sequencing) 관련 주요 제품
Torrent NGS 기술을 이용한 RNA 염기서열분석
표적 유전자 발현 분석에서 전체 전사체 염기서열분석에 이르기까지 Ion Torrent™ 제품은 간편한 시료 전처리와 직관적인 데이터 분석을 통해 포괄적인 RNA sequencing 솔루션을 제공합니다.
표적 전사체(transcriptome) 염기서열분석
>20,000개의 알려진 유전자에 초점을 둔 표적 염기서열분석은 분석을 크게 간소화하므로 전체 전사체 염기서열분석에 비해 분석을 효과적으로 수행할 수 있습니다.
Small RNA 염기서열분석
세포의 Small RNA 성분에 초점을 두기 위해 전체 전사체 염기서열분석과 첨단 Invitrogen™ RNA 기술을 결합하였습니다.
전체 전사체(Whole transcriptome) 염기서열분석
RNAseq로도 불리는 이 방법은 발견 잠재력이 가장 크지만 이에 따른 생물정보학적으로 해결해야 할 난제도 가장 많습니다.
가닥-특이적(strand-specific)이며, 가설없는(hypothesis-free) 전체 전사체(Whole Transcriptome) 분석은 이미 알려진 혹은 새로운 전사체 모두의 식별과 정량을 가능하게 합니다. Invitrogen RNA 정제 및 Ion Torrent 라이브러리 구성 키트가 결합된 Ion S5™ 시스템은 전체 전사체 염기서열분석을 위하여 간편한 시료 전처리와 직관적 데이터 분석으로 구성된 신뢰할 수 있는 염기서열분석 워크플로우(workflow)를 제공합니다.
전체 전사체 염기서열분석은 발견에는 도움이 되지만 기존 방식의 유전자 발현 연구에는 너무 복잡합니다. 마이크로 어레이 기술과 비교하여 더 넓은 정량적 선형 동적 범위(dynamic range)를 가진 Ion AmpliSeq™ Transcriptome Human Gene Expression Kit를 사용하면 시료 전처리와 데이터 분석을 간소화하면서도 next-generation sequencing(NGS)의 속도 및 높아진 감도의 장점을 활용할 수 있습니다. 극소량인 10ng RNA를 대상으로 포르말린 고정, 파라핀 포매(FFPE) 방식에 호환가능한 시료 전처리, 염기서열분석 및 데이터 분석으로 이어지는 워크플로우를 활용하여 20,000개 이상의 RefSeq 전사체를 타겟으로 하여 간단한 유전자 수준 발현 분석을 실행할 수 있습니다.
Ion PGM 및 Ion S5 시스템은 microRNA (miRNA), short interfering RNA (siRNA) 및 piwi-interacting RNA (piRNA)와 같은 small RNA 전사체에 대한 염기서열분석 기반의 분석을 가닥-특이적(strand-specific), 가설없는(hypothesis-free) 방식으로 제공합니다.
표적 RNA 염기서열분석은 전사체 연구 결과 확인을 위한 경제적인 솔루션이며 경로 또는 질병 관련 성분에 빠르게 초점을 두기 위해 사용할 수도 있습니다. 매우 낮은 양의 총 RNA(비고정 RNA의 경우 최저 500pg 또는 FFPE 시료에서 분리된 RNA의 경우 5ng) 주입으로도 소수, 수백개 또는 수천개의 RNA 타겟들의 발현이 간단한 NGS-기반의 워크플로우에서 분석될 수 있으며, 이를 통해 messenger RNA (mRNA), non-coding RNA (ncRNA), small RNA 및 유전자 융합(gene fusion)의 모니터링이 가능합니다.
For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.