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MagMAX Microbiome Ultra Nucleic Acid Isolation
Kit MagMAX Microbiome para uma purificação mais rápida e fácil de ácidos nucleicos de alta qualidade, com reagentes únicos especificamente desenvolvidos para investigação em microbioma.
Não importa o tipo de amostra e a dificuldade de lise, o kit Applied Biosystems Microbiome pode ajudá-lo a extrair o ácido nucleico total puro para sua pesquisa.
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Os benefícios do kit Microbiome Total Nucleic Acid kit:
- Menos processamento – menos bead-beating e menos manipulação manual, resultando em maior qualidade, ácido nucleico sem inibidor em comparação com métodos manuais
- Fluxo de trabalho mais rápido – o DNA e o RNA podem ser isolados em menos de 1 hora
- Pronto para automação – otimizado para trabalhar com instrumentos KingFisher
- Recuperação eficiente – recupere o DNA/RNA de uma ampla gama de microrganismos sem etapas adicionais de processamento
 Kit de isolamento MagMAX Microbiome Ultra Nucleic Acid Isolation Kit |  Invitrogen PureLink Microbiome DNA Purification Kit | |
| Quem deve usar? | Laboratórios de pesquisa que estão desenvolvendo seus próprios testes para pesquisa em microbioma e precisam de soluções de baixa e alta produtividade para isolar o ácido nucleico total | Os pesquisadores de microbioma processando 24 amostras ou menos por vez |
| Tipos de amostra | Fezes, swabs, meios de transporte, meios de cultura, urina, saliva e solo | |
| Necessidades de pesquisa |
|
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| Compatibilidade do instrumento KingFisher | Instrumentos KingFisher Duo Prime, Flex e Presto | Nenhum (manual somente com colunas giratórias) |
| Volume de eluição | 50 μL a 200 μL | |
| Tempo por processamento | 96 amostras de fezes processadas em <60 minutos* | 96 amostras de fezes processadas em 120 minutos |
| Ácidos nucleicos | RNA e DNA | DNA apenas |
| Cat. Nº | A42357, A42358 | A29790 |
| * O tempo de processamento para outros tipos de amostra pode variar. | ||
Vários doadores
Resultados usando tubos de esferas
Figura 1. Qualidade do ácido nucleico microbiano total purificado de fezes (input de 100 mg) analisada em gel de agarose a 1%. 1 μg da amostra total de ácido nucleico de cada doador foi carregada por poço em duplicata para seis doadores humanos. Bandas claras de DNA e RNA genômicos podem ser vistas no gel de agarose pré-corado de brometo de etídio. Invitrogen 1 Kb Plus DNA Ladder foi utilizado para determinação de tamanho.
Nota: Como esse não é um gel denaturante, os tamanhos de RNA mostrados são diferentes dos reais. A análise de gel foi realizada sob condições nativas, e, dessa forma, os tamanhos de RNA parecem um pouco diferentes dos reais.
Figura 2. Os rendimentos totais de ácido nucleico (DNA e RNA) isolados de amostras fecais (input de 100 mg) coletadas de seis doadores humanos foram medidos em Nanodrop 2000.
Figura 3. Perfil de Bioanalyzer de RNA total fecal humano isolado usando uma versão de tubo de esferas do kit de isolamento de ácido nucleico total MagMAX Microbiome Ultra. Foi utilizado o kit RNA 6000 Nano com o Prokaryotic RNA assay para analisar a qualidade. O eletroferograma representativo indica a posição dos picos de rRNA 16S e 23S. Os picos não rotulados correspondem a RNA ribossomal adicional.
Resultados usando placa de esferas
Figura 4. Qualidade do ácido nucleico microbiano total purificado de fezes (input de 100 mg) analisada em gel de agarose a 1%. 1,5 μg da amostra total de ácido nucleico de cada doador foi carregada por faixa em duplicata para quatro doadores humanos. Bandas claras de DNA e RNA genômicos podem ser vistas no gel de agarose pré-corado de brometo de etídio. Invitrogen 1 Kb Plus DNA Ladder foi utilizado para determinação de tamanho.
Nota: Como esse não é um gel denaturante, os tamanhos de RNA mostrados são diferentes dos reais. A análise de gel foi realizada sob condições nativas, e, dessa forma, os tamanhos de RNA parecem um pouco diferentes dos reais.
Figura 5. Os rendimentos totais de ácido nucleico (DNA e RNA) isolados de amostras fecais (input de 100 mg) coletadas de quatro doadores humanos foram medidos em Nanodrop 2000.
Figura 6. Perfil de Bioanalyzer de RNA total fecal humano isolado usando uma versão de placa de esferas do kit de isolamento de ácido nucleico total MagMAX Microbiome Ultra. Foi utilizado o kit RNA 6000 Nano com o Prokaryotic RNA assay para analisar a qualidade. O eletroferograma representativo indica a posição dos picos de rRNA 16S e 23S. Os picos não rotulados correspondem a RNA ribossomal adicional.
Análise de expressão de DNA e RNA de placas de esferas
Figura 7. Análise de qPCR de DNA purificado de amostras fecais com o MagMAX Microbiome Ultra Nucleic Acid Isolation Kit para quatro doadores humanos.Ensaios de TaqMan foram utilizados para uma bactéria gram-positiva (Firmicutes) e uma gram-negativa (Bacteroidetes). Diluições 1:100 de ácido nucleico total foram utilizadas para análise de Firmicutes e Bacteroidetes nos ensaios de TaqMan. O TaqMan Fast Advanced Master Mix foi usado em condições de ciclagem rápida.
Figura 8. Análise de qPCR de RNA purificado de amostras fecais com o MagMAX Microbiome Ultra Nucleic Acid Isolation Kit para quatro doadores humanos.Ensaios de TaqMan foram utilizados para uma bactéria gram-positiva (Firmicutes) e uma gram-negativa (Bacteroidetes). Para análise de RNA, o ácido nucleico total foi tratado com DNase usando o kit DNA Free (Ambion) e transcrito de forma reversa usando Superscript Vilo Master Mix para fazer o cDNA. Diluições 1:100 de cDNA foram utilizadas para análise de Firmicutes e Bacteroidetes nos ensaios de TaqMan. O TaqMan Fast Advanced Master Mix foi usado em condições de ciclagem rápida.
Swab fecal usando placa de esferas
Figura 9. Qualidade do ácido nucleico microbiano total purificado de swabs fecais analisados em gel de agarose a 1%. 1 μg da amostra total de ácido nucleico isolado de swabs fecais foi carregado por poço. Foram testadas duas opções: adição de swab direto no poço da placa/do tubo de esferas e swab no meio de transporte. Bandas claras de DNA e RNA genômicos podem ser vistas no gel de agarose pré-corado de brometo de etídio (80 volts, 1 h). Invitrogen 1 Kb Plus DNA Ladder foi utilizado para determinação de tamanho.
Nota: Como esse não é um gel denaturante, os tamanhos de RNA mostrados são diferentes dos originais. A análise de gel foi realizada sob condições nativas, e, dessa forma, os tamanhos de RNA parecem um pouco diferentes dos reais.
Figura 10. Os rendimentos totais de ácido nucleico (DNA e RNA) isolados de swabs fecais congelados e swabs fecais em meios de transporte foram medidos no Nanodrop 2000.
Urina, saliva e VTM
Figura 11. Análise de qPCR de DNA purificado de amostras de urina com o MagMAX Microbiome Ultra Nucleic Acid Isolation Kit para cinco doadores humanos.Ensaios de TaqMan foram utilizados para uma bactéria gram-positiva (Firmicutes) e uma gram-negativa (E. coli). Para análise de RNA, o ácido nucleico total foi tratado com DNase usando o kit DNA Free (Ambion) e transcrito de forma reversa usando Superscript Vilo Master Mix para fazer o cDNA. O TaqMan Fast Advanced Master Mix foi usado em condições de ciclagem rápida.
Figura 12. Análise de qPCR de DNA purificado de amostras de saliva com o MagMAX Microbiome Ultra Nucleic Acid Isolation Kit para cinco doadores humanos.Ensaios de TaqMan foram utilizados para uma bactéria gram-positiva (Firmicutes) e uma gram-negativa (E. coli). Para análise de RNA, o ácido nucleico total foi tratado com DNase usando o kit DNA Free (Ambion) e transcrito de forma reversa usando Superscript Vilo Master Mix para fazer o cDNA. O TaqMan Fast Advanced Master Mix foi usado em condições de ciclagem rápida.
Figura 13. Análise de qPCR de ácido nucleico total isolado de amostras de meios de transporte virais (VTM) com o MagMAX Microbiome Ultra Nucleic Acid Isolation Kit. Os controles de spike-in do Zeptometrix foram acrescentados para o VTM durante o processo de extração. Os ensaios de TaqMan foram realizados para vários alvos, incluindo (-)ssRNA, vírus (-)ssRNA, vírus dsDNA e um alvo gram-negativo que foram incluídos na mistura de controle de spike-in. O TaqMan Fast Virus 1-Step Master Mix foi usado em condições de ciclos rápidos.
Fúngico
Figura 14. Análise de qPCR de DNA purificado de culturas fúngicas com o MagMAX Microbiome Ultra Nucleic Acid Isolation Kit. O qPCR foi realizado com o uso de um ensaio de TaqMan fúngico total. O TaqMan Fast Advanced Master Mix foi usado em condições de ciclagem rápida.
Figura 15. Análise de qPCR de DNA purificado de doadores humanos com infecção por C. difficile usando o Kit de isolamento de ácido nucleico MagMAX Microbiome Ultra. As amostras foram obtidas a partir de Discovery Biosciences, e a qPCR foi realizada usando um ensaio de TaqMan de C. difficile. O TaqMan Fast Advanced Master Mix foi usado em condições de ciclagem rápida.
Mamíferos e outras espécies
Figura 16. Ensaio de TaqMan para ácido nucleico total isolado de amostras fecais de mamíferos e répteis com o Kit de isolamento de ácido nucleico MagMAX Microbiome Ultra. O ensaio de TaqMan foi realizado para um alvo gram positivo (Firmicutes). O TaqMan Fast Advanced Master Mix foi usado em condições de ciclagem rápida.
Figura 17. Análise de qPCR de ácido nucleico total isolado de amostras fecais de culturas de mamíferos, répteis, aves, peixes e fungos com o MagMAX Microbiome Ultra Nucleic Acid Isolation Kit. O ensaio de TaqMan foi realizado para alvos mistos de gram positivo e gram negativo (16S). O TaqMan Fast Advanced Master Mix foi usado em condições de ciclagem rápida.
Solo
Figura 18. Análise de qPCR de ácido nucleico total isolado de amostras de solo do Texas com o MagMAX Microbiome Ultra Nucleic Acid Isolation Kit. Os ensaios de TaqMan foram realizados para um alvo misto de gram positivo e gram negativo (16S) e um alvo gram negativo (Bacteroidetes). Para os ensaios de TaqMan, foram utilizadas diluição de 20 vezes de preparações de ácido nucleico total de solo. Para análise de RNA, o ácido nucleico total foi tratado com DNase usando o kit DNA Free (Ambion) e transcrito de forma reversa usando Superscript Vilo Master Mix para fazer o cDNA. O TaqMan Fast Advanced Master Mix foi usado em condições de ciclagem rápida.
Figura 19. Perfil 16S do nível de espécie para DNA microbiano purificado de fezes de um doador humano com colite ulcerativa. O ácido nucleico total foi purificado das fezes de um paciente com colite ulcerativa (em duplicatas), e o kit 16S Metagenomics e o Ion plus fragment library kit foram usados para sintetizar bibliotecas de 16S. As bibliotecas com barcodes foram agrupadas e carregadas no Ion Chef Instrument, seguidas por sequenciamento no Ion S5 System. Análises automatizadas, anotações e atribuições taxonômicas foram realizadas no software Ion Reporter. Um DNA de amostra fecal de um doador saudável é mostrado para comparação de nível de espécie, e a escala de abundância é mostrada acima do perfil. O vermelho é a espécie altamente abundante, e o azul é não detectado/raro. O programa R Studio é usado para gerar heat maps usando valores de log(2).
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Figura 20. Perfil 16S do nível de espécie para DNA microbiano purificado de fezes de um doador humano, que estava em dieta recomendada por nutricionista por 16 semanas. O ácido nucleico total foi isolado das fezes do doador humano que foi submetido a (ou estava em) dieta de 16 semanas, em duplicata, e o kit 16S Metagenomics e o Ion plus fragment library kit foram usados para sintetizar bibliotecas de 16S. As bibliotecas com barcodes foram agrupadas e carregadas no Ion Chef Instrument, seguidas por sequenciamento no Ion S5 System. Análises automatizadas, anotações e atribuições taxonômicas foram realizadas no software Ion Reporter. Um DNA de amostra fecal de um doador sem realizar dieta é mostrado para comparação de nível de espécie, e a escala de abundância é mostrada acima do perfil. O vermelho é a espécie altamente abundante, e o azul é não detectado/raro. O programa R Studio é usado para gerar heat maps usando valores de log(2).
P: Quais tipos de amostra podem ser processados com este kit?
R: O kit foi desenvolvido para o isolamento rápido e eficiente do DNA/RNA microbiano sem inibidor das fezes humanas, swabs (retais, cutâneos, bucais) e fluidos corporais (urina, saliva, VTM). Também foi confirmado que o desempenho foi bom com fezes de ratos e solo. Levando em conta que as fezes e o solo são os tipos de amostra mais desafiadores em termos de homogeneização e depleção de inibidores, o kit deve funcionar bem para a maioria dos outros tipos de amostra que os pesquisadores podem estar processando no laboratório.
P: Este kit faz o lise eficientemente das bactérias gram-positivas e das espécies fúngicas desafiadoras?
R: O kit está utilizando uma combinação de estratégias de lise química e mecânica (bead-beating), que permite a lise eficiente até mesmo dos membros mais desafiadores da comunidade microbiana e a recuperação de seu DNA/RNA.
P: O DNA/RNA purificado é completamente livre de inibidor?
R: O kit de microbioma MagMax é baseado em um sistema de solução tampão recém-desenvolvido, permitindo eliminar a grande maioria dos diversos inibidores de reações enzimáticas, mesmo das amostras mais desafiadoras, como fezes e solo. Em casos muito raros, se alguns inibidores ainda permanecerem dentro do DNA/RNA purificado, a amostra poderá ser diluída de 10 a 20 vezes antes da PCR downstream ou outras reações.
P: Quais são as opções de bead-beating para este kit?
| Opções de bead-beating | Configurações |
|---|---|
| Omni Bead Ruptor 96 | 30 Hz - 2 min |
| Mini Bead Beater 96 | 2 min |
| Bead Bug | 4 min para 4 m/s |
| Agitador de placas (vórtice com adaptador de placa) | 5 min a 2000 rpm |
| Vórtice com adaptador de tubo 24 | 10 min a 2500 rpm |
P: Quais são as opções para obter somente DNA ou RNA usando este kit?
Para DNA somente: Adicione 10 μL de RNase A (10 μg; AM2271) em cada uma das placas Wash 1 e Wash 2.
Para RNA somente:O kit de remoção de DNA livre de DNA (AM1906) pode ser usado em ácido nucleico total purificado.
Vários doadores
Resultados usando tubos de esferas
Figura 1. Qualidade do ácido nucleico microbiano total purificado de fezes (input de 100 mg) analisada em gel de agarose a 1%. 1 μg da amostra total de ácido nucleico de cada doador foi carregada por poço em duplicata para seis doadores humanos. Bandas claras de DNA e RNA genômicos podem ser vistas no gel de agarose pré-corado de brometo de etídio. Invitrogen 1 Kb Plus DNA Ladder foi utilizado para determinação de tamanho.
Nota: Como esse não é um gel denaturante, os tamanhos de RNA mostrados são diferentes dos reais. A análise de gel foi realizada sob condições nativas, e, dessa forma, os tamanhos de RNA parecem um pouco diferentes dos reais.
Figura 2. Os rendimentos totais de ácido nucleico (DNA e RNA) isolados de amostras fecais (input de 100 mg) coletadas de seis doadores humanos foram medidos em Nanodrop 2000.
Figura 3. Perfil de Bioanalyzer de RNA total fecal humano isolado usando uma versão de tubo de esferas do kit de isolamento de ácido nucleico total MagMAX Microbiome Ultra. Foi utilizado o kit RNA 6000 Nano com o Prokaryotic RNA assay para analisar a qualidade. O eletroferograma representativo indica a posição dos picos de rRNA 16S e 23S. Os picos não rotulados correspondem a RNA ribossomal adicional.
Resultados usando placa de esferas
Figura 4. Qualidade do ácido nucleico microbiano total purificado de fezes (input de 100 mg) analisada em gel de agarose a 1%. 1,5 μg da amostra total de ácido nucleico de cada doador foi carregada por faixa em duplicata para quatro doadores humanos. Bandas claras de DNA e RNA genômicos podem ser vistas no gel de agarose pré-corado de brometo de etídio. Invitrogen 1 Kb Plus DNA Ladder foi utilizado para determinação de tamanho.
Nota: Como esse não é um gel denaturante, os tamanhos de RNA mostrados são diferentes dos reais. A análise de gel foi realizada sob condições nativas, e, dessa forma, os tamanhos de RNA parecem um pouco diferentes dos reais.
Figura 5. Os rendimentos totais de ácido nucleico (DNA e RNA) isolados de amostras fecais (input de 100 mg) coletadas de quatro doadores humanos foram medidos em Nanodrop 2000.
Figura 6. Perfil de Bioanalyzer de RNA total fecal humano isolado usando uma versão de placa de esferas do kit de isolamento de ácido nucleico total MagMAX Microbiome Ultra. Foi utilizado o kit RNA 6000 Nano com o Prokaryotic RNA assay para analisar a qualidade. O eletroferograma representativo indica a posição dos picos de rRNA 16S e 23S. Os picos não rotulados correspondem a RNA ribossomal adicional.
Análise de expressão de DNA e RNA de placas de esferas
Figura 7. Análise de qPCR de DNA purificado de amostras fecais com o MagMAX Microbiome Ultra Nucleic Acid Isolation Kit para quatro doadores humanos.Ensaios de TaqMan foram utilizados para uma bactéria gram-positiva (Firmicutes) e uma gram-negativa (Bacteroidetes). Diluições 1:100 de ácido nucleico total foram utilizadas para análise de Firmicutes e Bacteroidetes nos ensaios de TaqMan. O TaqMan Fast Advanced Master Mix foi usado em condições de ciclagem rápida.
Figura 8. Análise de qPCR de RNA purificado de amostras fecais com o MagMAX Microbiome Ultra Nucleic Acid Isolation Kit para quatro doadores humanos.Ensaios de TaqMan foram utilizados para uma bactéria gram-positiva (Firmicutes) e uma gram-negativa (Bacteroidetes). Para análise de RNA, o ácido nucleico total foi tratado com DNase usando o kit DNA Free (Ambion) e transcrito de forma reversa usando Superscript Vilo Master Mix para fazer o cDNA. Diluições 1:100 de cDNA foram utilizadas para análise de Firmicutes e Bacteroidetes nos ensaios de TaqMan. O TaqMan Fast Advanced Master Mix foi usado em condições de ciclagem rápida.
Swab fecal usando placa de esferas
Figura 9. Qualidade do ácido nucleico microbiano total purificado de swabs fecais analisados em gel de agarose a 1%. 1 μg da amostra total de ácido nucleico isolado de swabs fecais foi carregado por poço. Foram testadas duas opções: adição de swab direto no poço da placa/do tubo de esferas e swab no meio de transporte. Bandas claras de DNA e RNA genômicos podem ser vistas no gel de agarose pré-corado de brometo de etídio (80 volts, 1 h). Invitrogen 1 Kb Plus DNA Ladder foi utilizado para determinação de tamanho.
Nota: Como esse não é um gel denaturante, os tamanhos de RNA mostrados são diferentes dos originais. A análise de gel foi realizada sob condições nativas, e, dessa forma, os tamanhos de RNA parecem um pouco diferentes dos reais.
Figura 10. Os rendimentos totais de ácido nucleico (DNA e RNA) isolados de swabs fecais congelados e swabs fecais em meios de transporte foram medidos no Nanodrop 2000.
Urina, saliva e VTM
Figura 11. Análise de qPCR de DNA purificado de amostras de urina com o MagMAX Microbiome Ultra Nucleic Acid Isolation Kit para cinco doadores humanos.Ensaios de TaqMan foram utilizados para uma bactéria gram-positiva (Firmicutes) e uma gram-negativa (E. coli). Para análise de RNA, o ácido nucleico total foi tratado com DNase usando o kit DNA Free (Ambion) e transcrito de forma reversa usando Superscript Vilo Master Mix para fazer o cDNA. O TaqMan Fast Advanced Master Mix foi usado em condições de ciclagem rápida.
Figura 12. Análise de qPCR de DNA purificado de amostras de saliva com o MagMAX Microbiome Ultra Nucleic Acid Isolation Kit para cinco doadores humanos.Ensaios de TaqMan foram utilizados para uma bactéria gram-positiva (Firmicutes) e uma gram-negativa (E. coli). Para análise de RNA, o ácido nucleico total foi tratado com DNase usando o kit DNA Free (Ambion) e transcrito de forma reversa usando Superscript Vilo Master Mix para fazer o cDNA. O TaqMan Fast Advanced Master Mix foi usado em condições de ciclagem rápida.
Figura 13. Análise de qPCR de ácido nucleico total isolado de amostras de meios de transporte virais (VTM) com o MagMAX Microbiome Ultra Nucleic Acid Isolation Kit. Os controles de spike-in do Zeptometrix foram acrescentados para o VTM durante o processo de extração. Os ensaios de TaqMan foram realizados para vários alvos, incluindo (-)ssRNA, vírus (-)ssRNA, vírus dsDNA e um alvo gram-negativo que foram incluídos na mistura de controle de spike-in. O TaqMan Fast Virus 1-Step Master Mix foi usado em condições de ciclos rápidos.
Fúngico
Figura 14. Análise de qPCR de DNA purificado de culturas fúngicas com o MagMAX Microbiome Ultra Nucleic Acid Isolation Kit. O qPCR foi realizado com o uso de um ensaio de TaqMan fúngico total. O TaqMan Fast Advanced Master Mix foi usado em condições de ciclagem rápida.
Figura 15. Análise de qPCR de DNA purificado de doadores humanos com infecção por C. difficile usando o Kit de isolamento de ácido nucleico MagMAX Microbiome Ultra. As amostras foram obtidas a partir de Discovery Biosciences, e a qPCR foi realizada usando um ensaio de TaqMan de C. difficile. O TaqMan Fast Advanced Master Mix foi usado em condições de ciclagem rápida.
Mamíferos e outras espécies
Figura 16. Ensaio de TaqMan para ácido nucleico total isolado de amostras fecais de mamíferos e répteis com o Kit de isolamento de ácido nucleico MagMAX Microbiome Ultra. O ensaio de TaqMan foi realizado para um alvo gram positivo (Firmicutes). O TaqMan Fast Advanced Master Mix foi usado em condições de ciclagem rápida.
Figura 17. Análise de qPCR de ácido nucleico total isolado de amostras fecais de culturas de mamíferos, répteis, aves, peixes e fungos com o MagMAX Microbiome Ultra Nucleic Acid Isolation Kit. O ensaio de TaqMan foi realizado para alvos mistos de gram positivo e gram negativo (16S). O TaqMan Fast Advanced Master Mix foi usado em condições de ciclagem rápida.
Solo
Figura 18. Análise de qPCR de ácido nucleico total isolado de amostras de solo do Texas com o MagMAX Microbiome Ultra Nucleic Acid Isolation Kit. Os ensaios de TaqMan foram realizados para um alvo misto de gram positivo e gram negativo (16S) e um alvo gram negativo (Bacteroidetes). Para os ensaios de TaqMan, foram utilizadas diluição de 20 vezes de preparações de ácido nucleico total de solo. Para análise de RNA, o ácido nucleico total foi tratado com DNase usando o kit DNA Free (Ambion) e transcrito de forma reversa usando Superscript Vilo Master Mix para fazer o cDNA. O TaqMan Fast Advanced Master Mix foi usado em condições de ciclagem rápida.
Figura 19. Perfil 16S do nível de espécie para DNA microbiano purificado de fezes de um doador humano com colite ulcerativa. O ácido nucleico total foi purificado das fezes de um paciente com colite ulcerativa (em duplicatas), e o kit 16S Metagenomics e o Ion plus fragment library kit foram usados para sintetizar bibliotecas de 16S. As bibliotecas com barcodes foram agrupadas e carregadas no Ion Chef Instrument, seguidas por sequenciamento no Ion S5 System. Análises automatizadas, anotações e atribuições taxonômicas foram realizadas no software Ion Reporter. Um DNA de amostra fecal de um doador saudável é mostrado para comparação de nível de espécie, e a escala de abundância é mostrada acima do perfil. O vermelho é a espécie altamente abundante, e o azul é não detectado/raro. O programa R Studio é usado para gerar heat maps usando valores de log(2).
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Figura 20. Perfil 16S do nível de espécie para DNA microbiano purificado de fezes de um doador humano, que estava em dieta recomendada por nutricionista por 16 semanas. O ácido nucleico total foi isolado das fezes do doador humano que foi submetido a (ou estava em) dieta de 16 semanas, em duplicata, e o kit 16S Metagenomics e o Ion plus fragment library kit foram usados para sintetizar bibliotecas de 16S. As bibliotecas com barcodes foram agrupadas e carregadas no Ion Chef Instrument, seguidas por sequenciamento no Ion S5 System. Análises automatizadas, anotações e atribuições taxonômicas foram realizadas no software Ion Reporter. Um DNA de amostra fecal de um doador sem realizar dieta é mostrado para comparação de nível de espécie, e a escala de abundância é mostrada acima do perfil. O vermelho é a espécie altamente abundante, e o azul é não detectado/raro. O programa R Studio é usado para gerar heat maps usando valores de log(2).
P: Quais tipos de amostra podem ser processados com este kit?
R: O kit foi desenvolvido para o isolamento rápido e eficiente do DNA/RNA microbiano sem inibidor das fezes humanas, swabs (retais, cutâneos, bucais) e fluidos corporais (urina, saliva, VTM). Também foi confirmado que o desempenho foi bom com fezes de ratos e solo. Levando em conta que as fezes e o solo são os tipos de amostra mais desafiadores em termos de homogeneização e depleção de inibidores, o kit deve funcionar bem para a maioria dos outros tipos de amostra que os pesquisadores podem estar processando no laboratório.
P: Este kit faz o lise eficientemente das bactérias gram-positivas e das espécies fúngicas desafiadoras?
R: O kit está utilizando uma combinação de estratégias de lise química e mecânica (bead-beating), que permite a lise eficiente até mesmo dos membros mais desafiadores da comunidade microbiana e a recuperação de seu DNA/RNA.
P: O DNA/RNA purificado é completamente livre de inibidor?
R: O kit de microbioma MagMax é baseado em um sistema de solução tampão recém-desenvolvido, permitindo eliminar a grande maioria dos diversos inibidores de reações enzimáticas, mesmo das amostras mais desafiadoras, como fezes e solo. Em casos muito raros, se alguns inibidores ainda permanecerem dentro do DNA/RNA purificado, a amostra poderá ser diluída de 10 a 20 vezes antes da PCR downstream ou outras reações.
P: Quais são as opções de bead-beating para este kit?
| Opções de bead-beating | Configurações |
|---|---|
| Omni Bead Ruptor 96 | 30 Hz - 2 min |
| Mini Bead Beater 96 | 2 min |
| Bead Bug | 4 min para 4 m/s |
| Agitador de placas (vórtice com adaptador de placa) | 5 min a 2000 rpm |
| Vórtice com adaptador de tubo 24 | 10 min a 2500 rpm |
P: Quais são as opções para obter somente DNA ou RNA usando este kit?
Para DNA somente: Adicione 10 μL de RNase A (10 μg; AM2271) em cada uma das placas Wash 1 e Wash 2.
Para RNA somente:O kit de remoção de DNA livre de DNA (AM1906) pode ser usado em ácido nucleico total purificado.
Recursos
Suporte
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For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.