Oncomine TCR Beta-LR Assay | Thermo Fisher Scientific

利用 Ion Torrent 上 NGS 检测的读长优势，获取免疫组库信息

近年来，在肿瘤精准医学研究方面，对患者自身免疫系统的研究逐渐成为攻克肿瘤的潜在方向。然而，肿瘤免疫微环境的复杂性，需要研究者们从多维度考虑完善转化医学的研究设计，并对检测结果进行更详尽专业的解读。基于高通量测序 (NGS) 的基因组分析解决方案有望成为推动转化医学和临床研究重要发现的强大工具。

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在一次检测中整合 TCRβ 链的所有区域（包括CDR1、CDR2和CDR3）来研究免疫组库

通过分析免疫组库来发现 T 细胞受体 (TCR) 重排的多样性，可帮助您的免疫肿瘤学研究取得重大进展。Oncomine TCR Beta-LR Assay 为研究人员提供了一种快速读取长读长的 NGS 工具，用于研究细胞免疫学的复杂性。这个综合性解决方案使您能够：

发现免疫应答生物标志物—准确测定 T 细胞免疫组库的多样性和克隆扩增，鉴定抗原-特异性 T 细胞，加速转化研究

研究免疫介导的不良反应 (IMAEs) 的标志物—分析所有 3 个互补决定区域（CDR1、CDR2, CDR3）中可能与自身免疫疾病和 IMAEs 相关的等位基因特异性多态性

优化具有潜在治疗性 T 细胞的功能和生产———识别 TCR β 链序列，优化基因工程 T 细胞的生产

免疫肿瘤学网络讲座系列

通过新一代测序解读癌症免疫周期

Ion Torrent NGS 平台的软件和生物信息学主任 Simon Cawley 博士讨论了当前精准免疫治疗所面临的挑战以及对免疫治疗转化研究的影响
了解 Ion Torrent 完整免疫肿瘤 NGS 产品组合的优势，有助于破译免疫循环的过程

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通过新一代 T 细胞受体测序推进精确免疫治疗，第一部分

Thermo Fisher Scientific 生物信息学专业科学家 Timothy Looney 博士回顾了目前 T 细胞受体测序在免疫治疗转化研究中的应用
通过从外周血中发现免疫治疗生物标志物的 Ion Torrent 解决方案，以探索长扩增子TCRB测序的优势

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通过新一代 T 细胞受体测序推进精确免疫治疗，第二部分

Looney 博士回归进一步探讨通过将 TCRB 链谱系的 NGS 应用于精确免疫治疗的最新进展
所提供的数据表明 FFPE 样品的短扩增子 TCRB 谱系测序可用于通过评估T细胞扩增、多样性和受体收敛来表征T细胞对肿瘤抗原的反应。

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视频：T细胞受体 (TCR) 组库测序能否攻破免疫肿瘤学的难题？

Jose Carlos Machado教授，Ipatimup，波尔图大学医学院，葡萄牙
免疫系统对于抗肿瘤反应具有重要影响已得到证明，最近，免疫检查点治疗在肿瘤研究领域掀起了一场革新。目前有多项研究正在鉴别合适的生物标志物，并且多生物标志物方法被认为是推动免疫治疗研究的唯一途径。

工作流程

手动构建文库后，使用 Ion Chef 系统自动完成模板制备。在 Ion S5 系统上测序，并使用 Ion Reporter 软件进行数据分析。

Step 1RNA 提取
Step 2Ion AmpliSeq 文库构建
Step 3Ion Torrent NGS
Step 4数据分析

• 血液

• 新鲜冷冻组织

• 分选细胞

利用 10ng-1ug RNA 制备文库

利用 Ion GeneStudio S5 系统和 Ion 530 芯片可对 1-16 个样品进行测序

使用 Ion Reporter Software 5.6 或更高版本执行下游数据分析

Step 1 : RNA 提取

• 血液

• 新鲜冷冻组织

使用 Ion Reporter Software 5.6 或更高版本执行下游数据分析

从样本到结果 — 仅仅需要两天

基于可靠和广泛使用的 lon AmpliSeq 技术，我们的NGS 解决方案经设计可明显缩短整个实验的时间——从样品到结果分析不超过 48 小时（图 1）。Oncomine TCR Beta-LR Assay 可读取长达 400 bp 的扩增子，适用于完整分析 CDR1、CDR2 和 CDR3（图 2）。它用于 mRNA 测序时非常准确，并且 PCR 导致的引物偏差极低。