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Oncomine TCR Beta-SR 测定试剂盒
使用 Ion Torrent 短读段 NGS 测定试剂盒考察肿瘤微环境
识别肿瘤中的 T 细胞克隆以及测量克隆扩增对于表征肿瘤、设计癌症疫苗和评估微小残留病 (MRD) 的研究效用是很重要的。T 细胞受体 beta (β) 链上的 CD3 区域在抗原识别中起关键作用。
CDR3 区的编码序列变化多样，每个 T 细胞克隆型的 CDR3 编码序列都各不相同。因此在免疫组库测序中，CDR3 序列被用于识别 T 细胞克隆型。 Oncomine TCR Beta-SR 测定试剂盒针对的是 CDR3 区域，可用于进行此类研究。
通过分析免疫组库来捕获 T 细胞受体 (TCR) 重排的多样性，可帮助您在肿瘤免疫学研究中取得重大进展。Oncomine TCR Beta-LR 测定试剂盒可用于考察互补性决定区 (CDR) 1、2和3，Oncomine TCR Beta-SR 测定试剂盒则可以通过短扩增子 TCR 测序考察 CDR3 以表征免疫状态。
表征 T 细胞反应—通过对 T 淋巴细胞进行克隆评估来测量对肿瘤抗原的反应
识别低频克隆—检测 T 细胞恶性肿瘤，LOD 为 1/104 至 1/105
用基因组 DNA 或 RNA 对 T 细胞受体 β 链进行测序—用取自 FFPE 样本的 100 ng DNA 或 50 ng RNA 来考察肿瘤微环境
专题网络讲座系列：免疫疗法的进展
通过新一代测序解读癌症免疫周期
Simon Cawley 博士
赛默飞世尔科技 Ion Torrent 新一代测序 (NGS) 平台软件与生物信息学主管
通过新一代 T 细胞受体测序推进精准免疫治疗：第 I 部分、第 II 部分
Timothy Looney，博士
赛默飞世尔科技生物信息学科研人员
Oncomine TCR Beta-SR 测定试剂盒的性能
A.
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B.
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C.
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图 1.检测三种不同的 FFPE 组织。(A) 扁桃体 RNA，T 细胞含量高；(B) 胸腺 RNA，T 细胞含量中等；(C) 脾脏 RNA，T 细胞含量低。之前已使用一种 qPCR 测定试剂盒确定了每种组织的 T 细胞含量，此 qPCR 测定试剂盒可探测一种常见于所有 T 细胞中的基因。TCR beta 测序数据与之前用此 qPCR 测定试剂盒测量到的数据一致。
Oncomine TCR Beta-SR 测定试剂盒 DNA 和 RNA 工作流程
- FFPE 组织
- 新鲜冷冻 (FF) 组织
- 混合 T 细胞
- PBMC/全血
- cfDNA
- 对于 DNA 制备，文库需要 100 ng 至 1μg DNA 起始量
- 对于 RNA 制备，文库需要 50 ng 至 1μg RNA 起始量
- 使用 Ion GeneStudio S5 系统和 Ion 540 芯片或 Ion 550 芯片对样本进行测序
- 使用 Ion Reporter 软件 5.10 或更高版本执行下游数据分析
- FFPE 组织
- 新鲜冷冻 (FF) 组织
- 混合 T 细胞
- PBMC/全血
- cfDNA
- 对于 DNA 制备，文库需要 100 ng 至 1μg DNA 起始量
- 对于 RNA 制备，文库需要 50 ng 至 1μg RNA 起始量
- 使用 Ion GeneStudio S5 系统和 Ion 540 芯片或 Ion 550 芯片对样本进行测序
- 使用 Ion Reporter 软件 5.10 或更高版本执行下游数据分析
从样本到获得报告—仅仅需要两天
数据安全性—保留对数据的控制（无服务模式和附加费用）且保证分析的透明度，同时一直保留您对 TCR 序列的所有权
准确度—在 Ion GeneStudio S5 系统上，您可以以 DNA 或 RNA 为起点，只考察克隆数据中 TCR beta 链的有效重排
起始量要求低—以 50 ng–1 μg 的起始量即可构建 Ion AmpliSeq 文库，具体取决于样本条件和应用需求
仅供科研使用，不可用于诊断目的。