GlobalFiler STR 试剂盒

这种突破性试剂的扩增速度比上一代试剂盒快了 5 倍

• GlobalFiler™ Express 试剂盒用于单一来源样本：约 40 分钟扩增
• GlobalFiler™ 试剂盒用于案件检材：约 80 分钟扩增

利用 Applied Biosystems™ 直接PCR扩增试剂盒、基因分析仪和专业的系统分析软件分析最多 48 份样本的典型流程。

• 24 个基因座的多重分析让鉴别能力比上一代试剂盒高了 9 个数量级
• 包括 10 个强大的 mini-STR 位点，可从严重降解的样品中获取更多信息
• 增强缓冲液系统，对含抑制剂的样本也具有出色的性能
• 灵敏度和灵活性改善，样品起始量可高达 15 μL，增加了低浓度样本的等位基因回收率

随着全球法医学 DNA 数据库的迅速扩展，人们也需要更具鉴别能力的 STR 多重分析，从而可实现最大限度的位点重叠。这也是 GlobalFiler™ 试剂盒尽可能包含更多常用基因座的原因——全部涵盖在单次多重分析中。

过去 16 年来，赛默飞世尔科技一直引领着 STR 技术的发展。如今，GlobalFiler™ 试剂盒利用突破性的 6 色荧光试剂，实现了最佳的性能和前所未有的鉴别能力。

将所有其他基因座问题归因于 5 色荧光配置，将产生多种权衡，包括： 

权衡 1：多个基因座位点位于高分子量范围 (> 400 bp) 内，增加了对降解和挑战性样本的漏检率。 

权衡 2：几个基因座延伸至约 500bp，这可能导致大小和分辨率的问题，即标记为“OL”的等位基因或无法分辨微变异等位基因。 

权衡 3：更少的 miniSTR。GlobalFiler™ 试剂盒包括 10 个完全低于 220 bp 的 STR！这在 5 色荧光配置中是不可能实现的。 

权衡 4：相邻标记物之间的间距不足；更难以扩展标记范围，从而无法最大限度减少“OL”等位基因检出。 

权衡 5：许多基因座需要重新设计的引物序列，导致与使用原始引物序列产生的数据以及全球数据库中绝大多数图谱不一致。

利用 6 色荧光配置，可实现最高的性能、效率、数据回收率和基因分型准确率。

• 马德里国家毒理学和法医学研究所：Globalfiler 试剂盒验证
• 圣路易斯县警察局犯罪实验室：GlobalFiler 试剂盒验证
• 圣路易斯县警察局犯罪实验室：精彩案例
• 堪萨斯城警察局犯罪实验室：在 3500 基因分析仪上验证 GlobalFiler 和 Quantifiler
• HID 专业服务 (HPS) 就 GlobalFiler™ 试剂盒验证提供的建议和技巧

Ludeman, M., et al (2018).Developmental validation of GlobalFiler™ PCR amplification kit: a 6-dye multiplex assay designed for amplification of casework samples 

Taylor, D.,et al (2017).Allele frequency database for GlobalFiler™ STR loci in Australian and New Zealand populations 

Wu, L., et al (2017).Population genetic analysis of Xiamen Han population on 21 short tandem repeat loci  

Choi, E.-J., et al (2017).Forensic and population genetic analyses of the GlobalFiler STR loci in the Mongolian population 

Guerreiro, S., et al (2017).Characterization of GlobalFiler loci in Angolan and Guinean populations inhabiting Southern Portugal 

Zhang, H., et al (2016).Population genetic analysis of the GlobalFiler STR loci in 748 individuals from the Kazakh population of Xinjiang in northwest China 

Ristow, P.G., et al (2016).GlobalFiler^® Express DNA amplification kit in South Africa: Extracting the past from the present 

Bogas, V., et al (2015).Testing the behavior of GlobalFiler^® PCR amplification kit with degraded and/or inhibited biological samples 

Gouveia, N., et al (2015).Direct amplification of reference samples with GlobalFiler^® PCR Amplification Kit 

Brito, P., et al (2015).Direct amplification of casework samples in fabrics using GlobalFiler^® PCR Amplification Kit 

Vernarecci, S., et al (2015).Quantifiler® Trio 试剂盒和法医学检材管理：降解问题 

 6 色荧光试剂 GlobalFiler 试剂盒

问：Applied Biosystems GlobalFiler 试剂盒为何采用需要使用 3500 或升级版 3130/3730 基因分析仪的 6 色荧光试剂配置？

答：将所有其他基因座问题归因于 5 色荧光配置，将产生多种权衡，包括：

权衡 1：多个基因座位点位于高分子量范围 (> 400 bp) 内，增加了对降解和挑战性样本的漏检率。

权衡 2：几个基因座延伸至约 500bp，这可能导致大小和分辨率的问题，即标记为“OL”的等位基因或无法分辨微变异等位基因。

权衡 3：更少的 miniSTR。GlobalFiler 试剂盒包括 10 个完全低于 220 bp 的 STR！这在 5 色荧光配置中是不可能实现的。

权衡 4：相邻标记物之间的间距不足；更难以扩展标记范围，从而无法最大限度减少“OL”等位基因检出。

权衡 5：许多基因座需要重新设计的引物序列，导致与使用原始引物序列产生的数据以及全球数据库中绝大多数图谱不一致。

最重要的是，使用 6 色荧光配置可实现最高的性能、效率、数据获取率和基因分型准确度。确实，这种配置需要 3500 基因分析仪或仪器升级，但这不是要比化学降级更好吗？

问：为什么要为案件和单一来源检材应用分别开发专用的试剂盒？这不会增加实验室的验证负担吗？

答：我们的研究表明，为了给单一来源检材提供最佳的直接扩增图谱质量和效率并为案件分析提供最高的性能和特异性，为这两种应用开发专用试剂可带来最佳的解决方案。为了从各种单一来源检材类型获得最高质量的直接扩增结果，基质组合需要的缓冲液配方可能会降低对案件检材的特异性，我们认为这是不可接受的。如果实验室选择两种专用的试剂盒，其验证负担可能略高于为个案和单一来源检材选择同一种试剂盒以及同一种反应条件和/或扩增方案的实验室；但是，在前期验证上稍微多花一点时间就能在日常操作中提高对所有检材类型的效率的和性能，这将缩短验证期间所需的额外工作量。此外，我们的 HPS（HID 专业服务）团队可以帮助承担实验室的验证负担，从而有助于减少验证对宝贵的实验室时间和资源的耗费。

对于希望针对所有检材类型使用同一试剂盒的实验室，我们建议使用 GlobalFiler试剂盒，优先考虑对案件检材的性能，而不是需求较少的单一来源检材。我们已经证明了在直接扩增模式下使用 GlobalFiler 试剂盒的可行性。

问：既然 Amelogenin 的无效等位基因只需要一个 Y 染色体基因座，为什么试剂盒含有 2 个 Y 染色体基因组？

答：2012 年 1 月美国联邦调查局提出的 CODIS 扩展基因座列表中收录了 DYS391 标记。为了最大限度地增加多重分析的间距，我们选择将 DYS391 定位至较大的分子量范围，为信息量大的常染色体基因座保留较小的分子量范围。但是，这会使 DYS391 标记易于在降解检材中丢失。为解决这个问题，我们在 Amelogenin 左侧的可用空间中额外添加了一个 Y indel 形式的性别区分标记。该基因座为 Amelogenin 提供了额外的冗余，从而能够确认严重降解检材的性别。

问：为什么我们未在常染色体试剂盒中添加快速突变的 YSTR 标记？

这会增加数据分析的复杂性。如果通过 Y 标记确认检材中含有男性来源成分，那么 YSTR 分析是明智之选。  此外，增加其他因素会使混合物去卷积更加复杂。

问：GlobalFiler 试剂盒鉴别能力如何？

鉴别能力对于可能仅产生部分图谱的高度降解或复杂检材具有重要意义。这就是 GlobalFiler 试剂盒中 mini-STR 的重要之处，10 个 mini-STR 基因座完全低于 220 bp，PI ：  9.2 x 10-12（鉴别能力比上一代试剂盒高了 9 个数量级）。

问：使用 GlobalFiler 试剂盒是否具有 PCR 循环灵活性？

在可能观察到数据过饱和的情况下，可减少循环次数并且有相应的技术资料可供使用。

在寻求提高灵敏度的情况（例如处理老化骨骼检材时）下，可以增加循环次数，并且也可以提供技术资料。

问：什么是 ISO18385，Globalfiler 试剂盒是否符合 ISO18385？

ISO 18385 旨在最大限度地减少人类 DNA 污染，GlobalFiler/Globalfiler Express 试剂盒均符合其要求。 了解更多 ›

问：GlobalFiler 试剂盒的引物序列是否与之前的 AmpFlSTR 试剂盒兼容？

答：大多数基因座含有与 Identifiler 系列和 NGM SElect 试剂盒相同的核心和 SNP 特异性引物序列。为了优化多重分析的位置和间距，与 Identifiler 试剂盒相比，改变了 TPOX 基因座的反向引物；与 Yfiler 试剂盒相比，改变了 DYS391 的反向引物。为尽量减少假纯合子的出现，对以下基因座也增加了 SNP 特异性引物：D3S1358、vWA、D18S51、D19S433、TH01、FGA、D5S818 和 SE33。

问：最新版 3500 系列仪器的数据采集软件为哪一版？提供了哪些新功能？

答：3500 Data Collection Software v3.1 是 3500 仪器的最新版本软件，具有以下功能/优势

• 聚合物和缓冲液极限*从 7 天增加到 14 天，（8 通道毛细管仪器）从 120 次进样增加到 240 次，（24 通道毛细管仪器）从 50 次进样增加到 100 次
• 可支持 96 个样品袋
• RFID 限制升级（到期硬停机→警告更改）
• 兼容 32 位 Microsoft™ Windows™ 7 Professional SP1
• 新 PC (Dell™ Optiplex XE - 4 GB RAM, 500 GB RAID Disk)
• 现代许可技术，采用在线注册的全新许可方案
• Minor 软件更新

* *仪器支持的极限值：14天、规定的进样次数或有效期，以较低者为准。

问：我是否需要升级到 3500 DC v3.1，以便运行使用 GlobalFiler 试剂盒获得的数据？

答：不需要，GlobalFiler/GlobalFiler Express 试剂盒的数据可使用 Data Collection v1 运行，但 Data Collection v2 和 Data Collection v3.1 可为法医学实验室带来更多优势，包括但不限于兼容 Windows™ 7、取消硬停机、提高聚合物和缓冲液极限以及支持 96 个样品袋。

问：如果升级到 3500 Data Collection v3.1，我还需要升级 GeneMapper ID-X 软件吗？

答：不需要，使用 GeneMapper ID-X Software v1.2 及更高版本可以查看和分析 3500 Data Collection software v2 生成的人类身份鉴定 (HID) 检材文件。但是，推荐使用 Genemapper ID-X 软件 v1.5，因为它支持 CODIS CMF v3.2 (R13) 规格。

问：如果我为了运行 6 色荧光数据而升级 3130 系列仪器，还能分析 4 色荧光和 5 色荧光数据吗？

答：可以。升级不会影响仪器与当前STR系统的兼容性。

问：如果我升级到 3130/3130xl/3730 Data Collection Software v4，还需要升级 GeneMapper ID/ID-X 软件吗？

答：如果您升级到 Data Collection v4，但未激活 6 色荧光模块，则可以使用当前软件版本分析数据。如果您已启用 6 色荧光模块并且正在运行 GlobalFiler 试剂盒的数据，则建议使用 GeneMapper ID-X 软件 v1.5。

问：旧版 Data Collection 如何升级？

答：根据具体的升级版本，Data Collection 软件升级可由现场服务工程师或用户操作完成。

从 DC v1.0 升级到 v3.1 应由现场服务工程师操作完成。

该升级包括以下步骤：

1. 设置新 Dell Optiplex XE 计算机并安装操作系统映像
2. 运行脚本，以从原始计算机复制数据
3. 安装新版 Data Collection 软件，从原始计算机导入数据
4. 使用 Negative Controls 运行功能测试，以验证 Data Collection 软件是否与仪器正确通信

从 DC v2.0 或 v3.0 升级到 v3.1 可以由用户操作完成。

问：新版 Data Collection 软件有何新许可方案？

答：为了帮助我们更好地沟通软件更新或修复，我们利用 FlexNet™ 许可来注册您的 Data Collection 软件许可证。此模块利用计算机的 ID 和许可证密钥生成唯一的安装 ID，以便定期注册计算机并激活软件。

现场服务工程师会安装初始许可证，并引导您完成注册流程，以便将来续订许可证。Data Collection 软件向导程序将记录计算机 ID 和许可证密钥。

此信息用于在我们的注册网站上注册许可证密钥（仪器计算机不需要访问网络）。许可证注册流程可以通过拇指/闪存驱动器传输信息来完成。注册完成后，许可证文件将发送到计算机（需要网络连接）和您指定的电子邮件地址。如果仪器无法访问网络，则用户保存许可证并返回到 Data Collection 软件中的 License Activation Dialog（许可证激活对话框），完成安装和注册流程。Data Collection 软件许可证需要每年续订一次。为续订许可证，Data Collection 软件将通过续订流程建议您，这实际上要求您将计算机 MAC ID 和许可证密钥重新提交到注册站点。 

问：GeneMapper ID-X v1.5 软件具有哪些功能？ 

答：

有关该软件的更多详细信息，参见 GeneMapper ID-X v1.5软件用户公告。

问：我可以从 GeneMapper ID 升级到 GeneMapper ID-X v1.5 吗？

答：从 GeneMapper ID 到 GeneMapper ID-X v1.5 没有升级途径。要开始运行 GeneMapper ID-X v1.5 软件，您至少需要 1 个“完整安装”版本。为最大限度地减少实施和验证负担，GeneMapper ID-X 软件利用了与 GeneMapper ID 相同的可信赖和经验证的特性和功能，以及专门支持人类身份鉴定 (HID) 数据分析工作流程和许多实验室最新计算机要求的附加功能。具体参见关于 GeneMapper ID-X 软件功能的更多信息。

了解更多 ›

问：我正在使用早期版本的 GeneMapper ID-X 软件 – 如何升级到 GeneMapper ID-X v1.5？

答：您需要为每个待升级的 GeneMapper ID-X 实例安装一个升级许可证。例如，如果您有 1 个完整版 GeneMapper ID-X v1.1 软件和 3 个客户端 GeneMapper ID-X v1.1 软件许可证，则需要安装 1 个 GeneMapper ID-X v1.5 完整版升级软件的许可证和 3 个 GeneMapper ID-X v1.5 客户端升级软件的许可证，才能升级所有现有安装。实验室应开展内部研究以确认软件性能，并在必要时验证实验室方案的最佳分析参数。

问：如果我升级到 GeneMapper ID-X v1.5 软件，我仍然可以查看和分析旧数据吗？

答：可以，GeneMapper ID-X v1.5 软件可以分析所有Applied Biosystems™基因分析仪生成的 .fsa 和 .hid 文件、所有 AmpFlSTR和GlobalFiler PCR 扩增试剂盒以及使用 GeneMapper ID 软件和旧版 GeneMapper ID-X 软件创建的项目。