BioPharma Finder 软件

概述

完整生物治疗药物表征包括完整质量分析、肽图分析、寡核苷酸分析、自上而下和自中而下分析或多属性方法（MAM）工作流程。使用有助于全面解释和数据可视化的工作流程，可让您快速、简便、可靠地表征生物制品。从生成完整结果的新型去卷积算法到易于理解的数据可视化工具，Thermo Scientific Biopharma Finder 软件将帮助您选择合适的方法来实现可靠的表征。

软件平台包括从批处理到深度数据分析的所有功能，仅单独一个软件平台便可简化您的分析工作流程。工作流程可指导专家和非专家用户轻松设置、解读和直观显示结果，访问任何分析样品中所包含的信息。使用肽图分析全面表征基于蛋白质的治疗药物，提供完整的序列确认、翻译后修饰（PTM）、二硫键、宿主细胞蛋白质和氢氘交换（HDX）。全面的寡核苷酸分析功能可对大 mRNA 治疗药物的杂质、代谢物和序列图谱进行鉴定和检测。

全面的寡核苷酸分析 ›

BioPharma Finder 软件的主要优点

Utilize the accuracy of your high-resolution data for confident intact mass analyses

利用高分辨率数据的准确性实现可靠的完整质量分析

为确保去卷积分子量在酸性和自然条件下均绝对可靠，高级算法充分利用了高品质 Thermo Scientific Orbitrap 质量分析器的数据。

使用所有数据（而不仅仅是一小部分数据）实现更精确的去卷积，并通过滑动窗口算法对异构体和药物抗体比进行相对定量分析。

利用序列特异性同位素表的 Xtract 去卷积，可为复杂生物治疗药物（包括高度修饰的寡核苷酸）提供准确的结果。

Know more than ever about your peptide or oligonucleotide sequence

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比以往任何时候更多地了解肽序列或寡核苷酸序列

快速处理单个或多个数据文件，以可靠地识别序列覆盖率、预期和非预期 PTM、二硫键和序列变异。

完整的 MS、MS² 实验性与预测性质谱及片段覆盖图提高了肽序列和寡核苷酸序列的可靠性、而且数据可视化工具有助于深入分析鉴定，更快得出有意义结果。

在单次实验中可对即使是非常低水平的多肽或寡核苷酸及其杂质进行鉴定、图谱分析和相对定量分析。

工作流程驱动且易于执行，无需构建靶质量列表。

利用 Thermo Scientific Orbitrap 质谱仪提供的 HRAM、快速扫描速度和多种裂解技术的优势。

Completely characterize process and product quality attributes for high throughput QC monitoring

为高通量质量控制监控完整表征过程和产物质量属性

在单一软件平台内，通过易于理解的数据可视化技术可靠地发现、识别、定量和监控产物质量属性。

当需要执行符合 GxP 标准的监控时，可将 BioPharma Finder 软件提供的所有信息无缝传输到 Thermo Scientific Chromeleon 色谱数据系统（CDS）软件中，以便对多肽和完整蛋白质进行靶向定量和新峰值检测。

Comprehensive sequence mapping of mRNA therapeutics with high coverage for identity testing, sequence validation, and impurity analysis

全面可靠地表征 mRNA 疫苗和疗法

创新的 LC-HRAM MS 解决方案和受控的部分酶切支持通过直接序列确认鉴定 mRNA。以质量分析器算法和 MS² 动力学预测模型获得可靠的寡核苷酸片段鉴定。以快速的数据、mRNA 序列随机化工具带来的可靠评估以及可便于查看数据的直观用户界面，我们可实现全面且可重现的序列覆盖。

能够可靠表征关键质量属性（CQA），包括5’端加帽效率和3’端 poly（A）尾的分布。HRAM MS 和 MS/MS 可确保准确鉴定和定量加帽和不加帽5’端片段。高质量质谱和强大的反卷积算法可实现高分辨率的 poly（A）尾分布分析。

下载 mRNA 解决方案指南，了解更多信息。

了解有关 BioPharma Finder 软件的更多信息

生物制药行业正在研究的救命疗法极其复杂，因此从研究和发现到开发、批次放行和质量控制，方方面面均面临着巨大挑战。分析人员和质量控制化学家面临的极为艰巨的任务之一就是充分表征这些复杂分子，然后在整个生产过程中监控其质量属性。

了解如何从样品顺利过渡到知识。

完整质量分析

无论您是在变性条件下还是在天然状态下分析蛋白质，或者是确定高度修饰的寡核苷酸治疗药物，默认方法和自动参数优化器都能提供准确可靠的去卷积，使您的分析简单化。

BioPharma Finder 软件可执行批次间比较，或帮助您确认抗体-药物偶联物（ADC）的特征。强大的数据可视化工具通过滑动窗口算法提高了低丰度种类的检测水平，让您可以自信地分析蛋白质结构。

将化学修饰掺入治疗性寡核苷酸中，以防止被天然存在的核酸酶消解，这种做法较为常见。常用的修饰之一是硫代磷酸酯，它可在连接区用硫替换氧。BioPharma Finder 软件利用由 Orbitrap 质谱仪生成的、可揭示硫同位素独特丰度分布的 HRAM 数据，自动计算硫代磷分子的化学式，并使用此信息生成序列特异性同位素模型，以便获得准确的去卷积结果。

Biopharma Finder 软件让您能够在工作簿中储存完整质量分析和处理后的数据，还能编辑每个工作簿的内容。这便于进行数据存档和共享，确保结果透明和便于访问。

与肽图分析一样，分析人员越来越需要在合规条件下进行完整去卷积。对于需要在合规环境中采集、处理和报告结果的实验室，可以将 Intact Mass Workbook（完整质量工作簿）直接无缝导入到 Chromeleon 色谱数据系统（CDS）软件中。由于能通过在 BioPharma Finder 软件中进行方法开发，然后在 BioPharma Finder 软件或 Chromeleon CDS 软件中进行完整质量去卷积来维护合规工作流程，使得整个生物制药开发路径拥有了强大的解决方案。

滑动窗口算法

该先进的滑动窗口算法在整个色谱图范围内计算移动平均图谱（即，"滑动窗口"），为完整蛋白质和寡核苷酸分析提供了更彻底的 LC/MS 数据解析。这一强大的方法可为每种组分生成去卷积谱，从而得到所有蛋白质组分的单一去卷积谱。滑动窗口算法支持高分辨率（Xtract）和低分辨率（Respect）数据。

天然分离可能面临挑战，尤其是在分析产生的数据时。滑动窗口算法可确保使用所有数据（而不仅仅是可能遗漏低丰度物种关键信息的一小部分数据），还可用于去卷积，以确保药物抗体比（DAR）计算准确无误。

寡核苷酸分析

BioPharma Finder 软件提供了表征和确保寡核苷酸生物治疗药物安全性和有效性的全面工具。

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寡核苷酸序列编辑器提供了一个易于使用的界面，可快速、轻松地构建和直观显示定制的寡核苷酸序列。

Terminal Truncation searching capabilities

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完整质量分析工作流程为寡核苷酸提供了扩展的序列匹配，包括从3’ 端或 5’端进行端截断搜索，这样便能够更容易地识别杂质。滑动窗口算法去卷积（Xtract）产生的注释去卷积谱图可与寡核苷酸序列搜索相结合，用于去除5’端和3’端以及多种不同的可变修饰。

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LC-MS 碎片数据提供了一款用于结构和序列确认的强大工具。可无缝实施 BioPharma Finder 软件 MS² 碎片鉴定，以增强寡核苷酸序列确认。利用结合了预测碎片强度的新动力学模型进行寡核苷酸裂解预测，执行谱图匹配能更可靠地改善片段鉴定。

轻松查看注释的 MS² 碎片并与预测的 MS² 谱进行比较
访问颜色编码的碎片图，方便进行碎片直观显示
显示预测的碎片表，以评估碎片质量准确度
实施动态过滤器，自定义多个窗口中的数据显示
自定义窗口停驻以简化数据查看

Automatic sequencing of the MS2 spectrum

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MS² 谱的自动排序提高了对真实杂质序列鉴定和确认的可靠性。没有 MS² 信息，便会由于共享相同准确质量的异构体种类的普遍性而无法自信地确定寡核苷酸杂质的鉴定。

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mRNA 样品的大小和复杂性为完整分析带来了分析挑战。使用限制性内切酶进行的 mRNA 酶切为生成可预测的 mRNA 片段提供了一种合适的方法，可进一步分析以生成完整的 mRNA 序列图。BioPharma Finder 软件提供了先进的计算机模拟酶切工具，该工具可支持 mRNA 酶切片段和片段修饰的鉴定，以便实现高级 mRNA 图谱分析工作流程。

使用计算机模拟 mRNA 酶切工具进行 mRNA 图谱分析
从预定义的 RNase 选项中选择，或指定用户定义的切割位置
使用交互式覆盖图工具评估 mRNA 序列的总体覆盖度
识别 mRNA 序列片段以及预期和非预期修饰
直观显示独特和非独特 mRNA 序列片段的序列图谱覆盖度

Confident intact mass identification of phosphorotioate conversion of oligonucleotides

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由于频繁使用硫修饰，高度修饰的寡核苷酸的完整质量分析存在着分析和数据处理挑战。将 Orbitrap 质谱仪与 BioPharma Finder 软件配合使用，可实现对寡核苷酸的硫代磷酸酯转化进行可靠的完整质量鉴定，误差低于 5 ppm。

肽图分析

可靠地确认氨基酸序列，能利用基于质量和强度的 MS² 动力学裂解模型的预测数据来确保捕获所有信息，包括鉴定和定位预期及未知翻译后修饰（PTM）。从二硫键图谱分析到未知组分的从头测序，可以快速直观显示数据，以确保能看到所有信息（包括低水平杂质和序列变异）并计算相对丰度。

使用 Thermo Scientific HyperBridge 软件，通过互联环境中专用的数据处理、监管和报告，凭借提高 BioPharma 工作流程通量和可信度的高级功能，BioPharma Finder 软件可简化全面生物治疗药物属性表征，简化并支持全球范围内的合作。

连通性可通过连接到虚拟私有云或本地服务器的任何计算机上的多个用户，简化并支持本地和全球范围内的协作，实现数据无缝处理功能。BioPharma Finder 软件配合 HyperBridge 软件实现了包含所有功能的肽图分析解决方案，包括数据处理、审查和报告。使用版本控制的历史记录，实现肽结果和工作簿的动态协作、比较、追踪和定稿。使用针对整个工作流程的共享登录功能，可在单独的安全位置访问并保存结果，从而提高数据的完整性和安全性。

全面且易于使用的内置肽图分析报告功能

利用预构建或设计，然后共享报告模板，以 PDF 或 .xls 格式发布精选结果报告
使用报告设计器功能定制报告内容，包括动态数据表、列过滤器、自定义计算、图表和图形以及图像（如肽覆盖图）
共享并轻松导入自定义报告模板，以实施标准化结果报告方案
作为多属性方法工作流程的组成部分，可轻松地将工作簿导出到 Chromeleon CDS 软件中

检测和定量分析宿主细胞蛋白质

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作为工艺相关杂质的残余 HCP 的检测和定量分析，是符合监管指南要求的关键。BioPharma Finder 软件提供了一个完整的 HCP 工作流程，该工作流程可以识别产物特异性多肽及其修饰，然后根据用户选择的蛋白质数据库（即，Cricetulus griseus（CHO）、Homo sapiens（人）、Mus musculus（小鼠））搜索未识别的 MS² 图谱，并将信息合并到一个简单的报告中。该软件从每个 HCP 中自动选择丰度排名前三的肽，以进行相对定量分析。用户可以在多种条件下调整定量分析所用的多肽并生成 HCP 的定量分析谱图，以证明其清除情况。集成式工作流程可以在同一样品中和在一项全面分析中鉴定和定量分析靶分子、PTM （包括 N 端连接的糖肽）和 HCP。

HyperBridge Cloud 或服务器连通性实现了本地和全局协作

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更快的数据审核

在无需导入结果的情况下审核由另一位同事生成的结果，从共享的安全 HyperBridge 软件数据存储库中打开结果，进行评论或更改，软件将自动生成新版本以记录更改。

通过集中式安全数据实现更好的数据管理

所有结果均安全地保存在一个位置，无需再找到包含实验和数据的“正确”计算机或硬盘

动态版本控制历史记录

处理参数中被更改值的比较视图

Comparison view of changed values within the processing parameters

使用动态版本控制历史记录，在全球范围内进行协作，以安全的方式实现肽结果和工作簿的协作、比较、追踪和定稿。通过共享的安全环境加速方法优化和审查。

默认报告模板

易于使用的报告设计器和查看器

内置定制的肽图分析报告功能全面且易于使用，可加强数据审查并简化协作。

默认模板提供简单的起点
报告设计器便于自定义，包括动态数据表、列过滤器、自定义计算、图表和图形、绘图图像等
报告模板可以在报告显示内的多个页面选项卡上进行管理，保存和储存为模板以供未来实施，并可方便地与同事共享以实现报告标准化
所有报告都可以按 PDF 格式导出到 Excel 中

简化氢氘交换工作流程

BioPharma Finder 软件可实现 HDX 数据处理的自动化。HDX 工作流程生成一个可以用于快速评估和比较生物制药批次间蛋白质折叠的保护因子图。

Streamline Hydrogen Deuterium Exchange workflows

适用于抗体 Herceptin 轻链和重链的 HDX 保护因子图。

自上而下和自中而下分析

当您利用高分辨率获得极高质量数据，并将其与多裂解模式操作能力相结合时，需要确保能够可靠地处理和直观显示由此产生的数据。

用于对自上而下和自中而下分析排序的简单工作流程允许根据需要比较多个数据文件，并提供交互式组合碎裂覆盖图。BioPharma Finder 软件可通过支持多种裂解模式，为生物治疗药物的自上而下和自中而下分析提供无与伦比的序列覆盖度：CID、HCD、ETD、EThcD 和 UVPD。

An example of a middle-down analysis in BioPharma Finder software showing chromatographic separation of the light and heavy chains, with excellent mass accuracy observed upon deconvolution. Additionally, the sequence coverage when using both ETD and UVPD fragmentation is illustrated for each of the chains.

BioPharma Finder 软件中自中而下分析的示例显示了轻链和重链的色谱分离，以及在去卷积过程中观察到的优异质量精度。此外，还针对每个链说明了同时使用 ETD 和 UVPD 裂解技术时的序列覆盖度。

多属性方法

在生物治疗药物表征的研究和发现阶段，通常使用高分辨率质谱法在完整水平和多肽水平上提供准确可靠的见解。然而，在批次放行和质量控制（QC）期间，会执行许多放行方法。目前，这些方法非常耗时，而且对需要监控的单个或极少数关键质量属性（CQA）只能提供有限信息。

多属性方法（MAM）对行业有着重要的意义，因为它不仅能对生物治疗药物的表征和放行进行稳健的质谱分析，还有可能减少“传统”批次放行检测的数量，同时又能提供更多的产品知识，并提高所获信息的质量和深度。

根据 BioPharma Finder 软件中强大多肽工作簿作出的定义，运营条件不符合合规要求的发现和早期开发实验室可以从直接自动化多肽鉴定、属性监控和新峰值检测以及靶向峰值相对定量中获益。该工作簿允许快速筛选大型数据集以识别潜在 CQA，然后通过独特的 MS² 谱预测算法、同位素分布和精确质量信息进行验证。

对于需要在合规环境中采集、处理和报告结果的实验室，可以将多肽工作簿直接无缝导入到 Chromeleon 色谱数据系统中。由于能通过在 BioPharma Finder 软件中进行方法开发，然后在 BioPharma Finder 软件或 Chromeleon CDS 中进行完整质量去卷积来维护合规工作流程，使得整个生物制药开发路径拥有了强大的解决方案。

了解创新和监控策略如何减少检测数量并增强杂质验证方法。

多属性方法工作流程图示，BioPharma Finder 软件在此流程中用于全面表征生物治疗药物，并确定任何需要监控的潜在 CQA。Biopharma Finder 软件所具有的灵活性专为探索环境而设计，在这种环境中，合规并非总是必要的。当常规环境需要合规时，所获得的知识可以无缝传输到 Chromeleon CDS 软件中，用于 CQA 和新峰值监控。