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在 DNA 组合文库中,序列内多个核苷酸位置均可突变,并且不同位置的突变可彼此结合。DNA 组合文库基于真正随机的设计,可实现最高多样性,用于筛选和鉴定协同有益的突变,例如通过噬菌体展示文库的亲和成熟度。
除了通过简并密码子(例如 NNS)进行随机分配外,GeneArt DNA 组合文库序列还可以通过化学合成过程中的预组装三核苷酸构件(三核苷酸诱变(TRIM)技术)实现多样化,获得比传统技术更高的质量。其允许在随机位点完全定制氨基酸组成,避免出现不需要的终止密码子或氨基酸。选择性地请求使用 Thermo Scientific Ion Torrent 测序平台对 DNA 组合文库进行二代测序,获得更高 QC 水平(参见以下案例研究)。
图 1.使用简并密码子 vs. TRIM 技术对序列随机化进行对比(例如,NNS,N:25% 下的所有 4 个碱基;S:50% 下的 G & C)。
请下载 GeneArt 组合文库定制服务需求表 ,提交项目信息。为了保护数据传输安全,请在我们的客户门户网站注册。
也可以使用传统结合简并密码子(NNS、VNS 等)的常规技术制成文库。请针对这两种技术完成上述问卷。
有关此服务或订购过程的更多信息,请联系 geneartsupport@thermofisher.com。
骨架区域测序(正确率 100%)
RT-PCR
批量测序
对等组测序,NGS(可选)
骨架区域测序(正确率 100%)
RT-PCR
批量测序
对等组测序,NGS(可选)
GeneArt 无缝克隆组合基因库 |
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GeneArt 已克隆组合基因库 |
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所有 GeneArt 组合文库产品均经过测序并进行统计学分析,帮助确保满足以下质量基准:
GeneArt 无缝克隆组合基因库 |
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GeneArt 已克隆组合基因库 |
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所有 GeneArt 组合文库产品均经过测序并进行统计学分析,帮助确保满足以下质量基准:
使用我们的现行标准质量控制方案(“ CE 测序”)和用于 DNA 组合文库的二代测序(NGS)质量控制方案(“ NGS 测序”)对生产工作流程中的 GeneArt DNA 组合文库进行表征 。预期氨基酸分布显示在最右侧面板中(“预期”); 在本例中,随机位置上不需要半胱氨酸。我们的现行标准 QC 方案要求至少对 96 个文库克隆进行 CE 测序,并对随机位置上的氨基酸分布进行后续统计分析。在本例中,对 304 个变体克隆进行了分析。相比之下,我们全新基于 NGS 的 DNA 组合文库质量控制方案通过 Ion PGM(个人基因组设备)测序仪来分析成千上万个文库克隆。在本例中,对 41,625 个克隆进行了分析。
该表显示了 4 个密码子(X1 – X4)每个氨基酸在该位置出现的百分比。请注意,在 CE 测序的对等组中,未找到两个氨基酸的密码子,尽管它们位于文库中,如 NGS 测序所示(红色和绿色圆圈)。
与 NGS 质量控制相关的研究获得 European Union Seventh Framework Programme(FP7/2007-2013)的资金支持,资金合约号为 613931。
GeneArt Strings DNA文库 | GeneArt混合文库 | 下一代测序GeneArt混合文库 | |
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优势 | 成本效益; 快速 | 如上所述 | 如上所述 |
设计灵活性 | + 可选全IUPAC编码,但对所生成氨基酸的控制有限 | +++ TRIM保证对所生成氨基酸及其比例的精确控制 | +++ TRIM保证对所生成氨基酸及其比例的精确控制 |
正确性 | + 使用基因合成工艺,非必要突变更多 | +++ 无差错模板保证最可能的正确结果 | +++ 无差错模板保证最可能的正确结果 |
复杂性 | <1011 | <1011 <1012 可选 | <1011 <1012 可选 |
成本 | + | ++ | +++ |
生产时间 | +++ 10–15 个工作日 | + 4–6 周 | + 4–6 周 |
了解更多 | 参见上文 | 参见上文 |
仅供科研使用,不可用于诊断目的。