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使用新一代测序进行全外显子组测序
用于 Ion GeneStudio S5 系统的 Ion AmpliSeq Exome RDY 试剂盒
快速获得结果。从 DNA 到识别变异仅需2天。
通过外显子组测序在您的研究中发现致病变异
外显子组测序是一种靶向测序方法，仅限于基因组的蛋白质编码区。外显子组估计约占基因组的 1%，但包含约 85% 的致病突变 [1]。对于试图识别6,800多种罕见疾病相关基因的遗传学研究人员来说 [2]，外显子组测序能够快速、经济高效地识别常见的单核苷酸变异 (SNV)、拷贝数变异 (CNV)、小插入或缺失 (indel)，以及可能解释孟德尔和复杂疾病遗传力的罕见从头突变 [3]。
在一日内对多达12个外显子组进行测序
Ion GeneStudio Prime 系统、Ion Chef 仪器和 Ion 550 芯片可实现每天多达12个、每周48个外显子组测序。*
*假设每天工作8小时、每周工作5天。需要两台 Ion Chef 仪器。
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快速且可扩展的外显子组测序
“速度对我们的服务很重要。但在没有批处理的情况下对外显子组的日常处理也是如此。 Ion Torrent 平台可让我们两者兼得。”
Sara Alvarez 博士，医学总监
NIMGenetics，西班牙
简单、高效的外显子组富集—查看数据
Ion AmpliSeq Exome RDY 试剂盒的工作流程需要不到50分钟的手动操作时间，可以在不到6小时的时间内完成外显子组富集和文库构建。与其他外显子组富集技术相比，该试剂盒的手动操作时间更短（图1），而且只需使用 50 ng 的 DNA。
外显子组富集的效率通过特异性和覆盖均匀性来衡量，特异性定义为靶上碱基的百分比，覆盖均匀性定义为在特定测序深度覆盖的碱基的百分比。序列覆盖的高度均匀性对于外显子组测序而言是重要的，因为这将尽可能减少为实现所需覆盖阈值（例如，20x）所需的测序量。覆盖深度对于准确的变异识别至关重要。Ion AmpliSeq Exome RDY 试剂盒提供高效率富集，>90% 的靶上碱基和 >90% 的覆盖均匀性（图2）。
灵活、按需的外显子组测序—探索方法
其他台式测序平台则没有那么灵活，运行少量样本可能成本高昂，或者研究人员可能不得不等待大量样本来填充每次运行。使用 Ion GeneStudio S5 系列的可扩展芯片规格，您可以在每次运行中对一到四种外显子组经济高效地测序，而无需批量样本。 只需在 Ion 540 和 Ion 550 芯片之间选择（以适合您的项目大小的芯片为准）。对于高通量实验室，使用 Ion Chef 系统、Ion GeneStudio Primer 系统和 Ion 550 芯片在一周内*对多达48个外显子进行测序。
*假设每天工作8小时、每周工作5天。需要两台 Ion Chef 仪器。
整合生物信息学 - 只需点击几下即可完成数据分析
Ion AmpliSeq 外显子组研究解决方案整合了软件和生物信息学管线，以提供一份有注释的外显子组变异的重点列表，这有助于尽可能减少对昂贵生物信息学资源的需求。
Torrent Suite 软件经过预配置，支持 Ion AmpliSeq 外显子组测序，包括优化的变异识别参数，让您能够自信地发现相关变异。 Torrent Suite 软件提供简单的运行质量报告、覆盖度指标访问和全变异识别，所有这些都不需要任何命令行技能。
Ion Reporter 软件 通过小而高效的文件将数据直接从 Torrent Suite 软件上传至 Ion Reporter 软件工作流程，让研究人员可以访问已识别变异的公共注释，以及仅针对相关变异的简单、直观筛选器。
对于更复杂的实验，如二联体或三联体，可使用更复杂的 Ion Reporter 工作流程来发现二联体或三联体分析中一个样本独有的变异。
客户评论…不要用我们的话来形容
了解研究人员如何利用外显子组测序加速他们的临床研究。
案例研究：用于复杂儿科疾病研究的全外显子组测序
“通过全外显子组测序，需要传输、分析和解释的数据更少，这是一个重要的考虑因素，而且它的性价比更高，周转时间更短。”
– Christian Marshall 博士，加拿大多伦多病童医院 (Hospital for Sick Children) 研究助理
“Ion AmpliSeq Exome RDY 试剂盒提供了较简单的外显子组富集。干粉形式的引物减少了移液步骤，并允许制备具有高度均匀性的序列的可重现的文库。工作流程简单，与 PCR 相似，让几乎没有新一代测序经验的人能够成功地执行方案。”
– Richard Allcock，西澳大利亚大学病理学和实验室医学基因组学学院 Lotterywest 州生物医学中心主任
使用 Ion AmpliSeq 外显子组工作流程快速、准确地进行外显子组测序
Ion AmpliSeq Exome RDY 试剂盒利用 Ion AmpliSeq 技术的超高多重 PCR 方法和新款 Ion GeneStudio S5 系统的优异准确度，可快速、准确地对基因组的关键外显子区域进行测序，从 DNA 到识别变异仅需2天。
全外显子组测序工作流程
全外显子组测序服务：Ion Torrent 认证服务供应商
Ion Torrent 认证服务供应商 (Certified Service Provider) 计划是一个由经认证的服务供应商组成的国际网络，通过此网络，中小型实验室的研究人员可以从少量起始材料中快速获得高质量的外显子组和转录组测序数据。
参考文献
- Liu, Qi et al.(2012) Exome-assistant: a rapid and easy detection of disease-related genes and genetic variations from exome sequencing.BMC Genomics 13:692.
- National Institutes of Health, Office of Rare Diseases Research.
- Marth GT, Yu F, Indap AR et al.(2011) The functional spectrum of low-frequency coding variation.Genome Biol 12(9):R84.
Ion Ampliseq™
外显子解决方案
体验多重PCR技术为基础的高效、简单和快速的外显子测序
Ion半导体测序使高品质外显子组测序贴近大众
目前，越来越多的科研实验室可以利用强有力的外显子组测序在罕见和复杂疾病的研究过程中更快速地识别致病变异体—从样本制备至数据分析都具有高通量、高准确度和最简单的工作流程。据估计，外显子组包含约1%的基因组，但仍包含约85%的致病突变。对于试图揭示超过6,800种罕见疾病原因的遗传研究人员而言[1]，外显子组测序能够识别单核苷酸变异体（SNVs）和引起孟德尔疾病的小插入或缺失（indels）以及能够解释复杂疾病遗传性的罕见的原发性突变[2]。Ion AmpliSeq™外显子组研究解决方案能够在不到60分钟的手动操作时间内，利用台式测序仪每次运行的最低费用，提供最简单的外显子组富集方法，并具有每次运行1至3个外显子组或每周多达24个外显子组的灵活通量。Ion Proton系统，结合Ion AmpliSeq™技术和综合数据分析解决方案，能够适应您的科研需要提供按比例缩放的快速和高品质的外显子组测序。
简单的外显子组富集
Ion AmpliSeq™外显子组试剂盒能够为外显子组富集提供无与伦比的简单性和速度。采用仅需要不到60分钟手动操作时间的工作流程，本Ion AmpliSeq™外显子组试剂盒能够在短短6小时内即完成1至8个样本的富集和文库构建。该试剂盒与其他外显子组富集技术相比，需要最少量的手动操作时间（图1），并且可应用低至50 ng的DNA进样量。凭借Ion AmpliSeq™技术和Ion Proton系统超高的多重PCR方法，Ion AmpliSeq™外显子组试剂盒允许进行快速的外显子组测序，在2天内即实现从DNA至注释变异体的工作流程。
图1. 比较单一外显子组富集工作流程的手动操作时间和总周转时间。
外显子组富集的效率是以特异性（定义为命中靶标的碱基百分比）以及覆盖均匀度（定义为在一定测序深度时所覆盖的碱基百分比）来衡量的。对于外显子组测序而言，序列覆盖的高均匀度是十分重要的，因为这可以最大限度地减少测序需要量以实现所需的覆盖阈值（例如，20x）。覆盖深度对于变异体识别是十分重要的。Ion AmpliSeq™外显子组试剂盒能够提供高效富集，其命中靶标的碱基> 90%，而覆盖均匀度> 92%。此外，在10x和20x的测序深度时，可覆盖相当高比例的碱基（图2）。其他外显子组富集技术提供了较低的特异性和在10x时较低的碱基覆盖百分比，导致低效率的外显子组测序。
图2. Ion PI™芯片每次运行适合1、2或3个外显子组，产生高比例的以10x和20x的测序深度所覆盖的碱基。上述结果是基于在整个30次测序运行过程中的54个外显子组的。运行Nextera快速外显子组捕获试剂盒的MiSeq系统每次运行可产生单一的外显子组，而在10x测序深度下仅覆盖80%的碱基。
按需外显子组测序
Ion Proton™系统结合Ion AmpliSeq™技术使外显子组测序更贴近各种规模的科研实验室。
替代的NGS台式平台是专为用于外显子组富集合并然后需要12次测序运行来产生足够分析数据的12个条码样本而设计的。每次运行的数据必须被分隔成12个条码。然后，将整个12次运行过程中具有相同条码的数据合并，最终准备用于外显子组分析。替代的NGS高通量平台采用相同的12次合并样本富集，并旨在每次测序运行产生23个外显子组。这些替代平台并不灵活，且在运行少量样本时即需要科研人员付出一定的成本代价，或等候大批量样本以填补每次运行。
利用Ion AmpliSeq™外显子组研究解决方案，研究人员拥有每次运行测序1-3个外显子组和每台仪器每周多达24个外显子组的灵活性。结合Ion PI™芯片、平台定价和综合而简单的分析工作流程，使Ion AmpliSeq™外显子组测序成为市场上最具成本效益的解决方案。
预定推向市场的 Ion Chef™ 系统*与Ion AmpliSeq™靶向技术和Ion Proton系统相结合，用于完全自动化的模板制备，将进一步提升外显子组测序工作流程的简单性和速度。
综合生物信息学
Ion AmpliSeq™外显子组研究解决方案整合了软件和生物信息学方案以提供注释外显子组变异体的集中列表，因而无需额外的生物信息资源。Torrent Suite™软件，作为Ion Proton™系统的一部分，是预先配置以支持Ion AmpliSeq™外显子组测序的，其中包括优化变异体识别参数。Torrent Suite™软件提供了简单的运行质量报告，访问覆盖度量，以及完整的变异体识别 - 而无需任何命令行技巧。
数据通过小型、高效的文件直接从Torrent Suite™软件轻松上传至Ion Reporter™的工作流程 – 允许研究人员访问识别变异体的公共注释以及只有最相关变异体的简单、直观的过滤器。对于更复杂的实验，如成对或三人组，可获得更为先进的Ion Reporter™的工作流程以在成对或三人组分析中发现一种样本的独特变异体。对于想要在公共领域内利用注释信息的研究人员，变异体列表可以直接输出至Ingenuity的Variant Analysis™（变异体分析）软件中，该软件结合分析工具和综合内容以帮助用户快速优选出变异体至小型靶向子集内。
Torrent Suite™软件，作为Ion Proton™系统的一部分，是预先配置以支持Ion AmpliSeq™外显子组测序的，其中包括优化的变异体识别参数。Ion AmpliSeq™外显子组研究解决方案整合了免费软件和生物信息学的方案，因而无需额外资源。数据直接从Torrent Suite™软件轻松上传至Ion Reporter™的工作流程 – 允许研究人员访问识别变异体的公共注释以及只有最相关变异体的简单、直观的过滤器。
Use Torrent Suite Software 3.6.2 for optimal Ion AmpliSeq Exome results >
参考文献
- 美国国立卫生研究院，罕见疾病研究办公室。
- Marth GT等.（2011）低频编码变异的功能谱。基因组生物学12 [9]：R84。
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