Smart Deep™ 碱基识别软件

Smart Deep™ 碱基识别软件 (SDB) 采用创新的碱基识别算法，可帮助您改进Sanger测序结果并减少人工审查时间。Smart Deep™ 碱基识别软件可用于测序分析软件SeqA 8。

Two electropherograms with basecalls and quality value bars, one for KB Basecaller and one for SDB Basecaller

图 1. KB 与 SDB 碱基识别软件在染料峰峰图区域的碱基识别结果对比

与 KB 碱基识别软件相比，Smart Deep™ 碱基识别软件具有以下优势：

更长读长——在 5’ 和 3’ 端高质量识别更多碱基提高纯碱基和混合碱基识别的准确性
更强大的碱基识别——轻松应对染料峰峰图、N-1 峰和迁移率变动等测序假象以及GC 富集模板等复杂序列，提高碱基识别的准确性
新功能——强大的碱基识别确定杂合插入/缺失 (het indel) 变异
减少人工审查时间——减少编辑和假阳性
增强视图跟踪可视化选项，为质粒（纯碱基）序列的3’端提供清晰的基线和更高的分辨率

注意：SDB 碱基识别可用于 SeqStudio Flex、SeqStudio, 3730和3500系列基因分析仪获得的数据。

自动化命令碱基识别功能可用于批处理。在与 3730 系列基因分析仪一起使用时，作为仪器运行的一环，Smart Deep™ 碱基识别软件可进行自动碱基识别。

更长读长，更高通量

通过生成更准确的碱基识别结果，Smart Deep™ 碱基识别软件在经过先进的算法可以产生更长的读长。如下所示，对于使用 SeqStudio™ Flex、3730、SeqStudio™ 和3500 基因分析仪获得的数据集，读长的增幅为 9-16%。SDB 的先进算法提高了 5’ 和 3’ 端碱基识别的准确性，从而优化了每次读取的碱基数量。

Bar graph showing Q20 CRL read lengths for SeqStudio Flex StdSeq, 3500 StdSeq, 3730 XLRSeq, 3730 LongRead Seq, and SeqStudio LongSeq

图 2. KB 与 SDB 碱基识别软件的读长对比图。QV20 CRL（质量值QV 20 连续序列读长）

更强的稳健性

通过如染料峰峰图、N-1 峰和迁移率变动以及高GC复杂模板，Smart Deep™ 碱基识别软件强大的碱基识别功能轻松应对。

	最小 QV (QV 1) 矫正		QV 20 矫正 Trimming		QV 30 矫正 Trimming
碱基识别软件	KB	SDB	KB	SDB	KB	SDB
混合碱基参考位置	185	185	182	185	173	183
混合碱基识别位置	749	211	441	202	307	192
正确的混合碱基识别	166	185	163	185	158	183
假阴性	19 (10.3%)	0 (0.0%)	19 (10.4%)	0 (0.0%)	15 (8.7%)	0 (0.0%)
假阳性	583 (74.7%)	26 (11.5%)	278 (54.1%)	17 (8.0%)	149 (28.6%)	9 (1.4%)
插入/缺失错误	0	0	0	0	0	0
假阴性减少	100%		100%		100%
假阳性减少	95.5%		93.9%		94.0%