霉菌污染
霉菌是真菌界的真核微生物，可生长为称为菌丝的多细胞丝状体。这种多细胞丝状体连接而成的网络包含具有相同基因的细胞核，称为菌落或菌丝体。
与酵母菌污染类似，培养物的 pH 值在污染的最初阶段保持稳定，之后随着培养物感染加重和变浑浊而迅速升高。在显微镜下，菌丝体通常表现为纤细的丝束，有时表现为密集的孢子团。许多霉菌种属的孢子在其休眠期可以在极其恶劣和不宜生长的环境中存活，只有在遇到合适的生长条件时才会活化。
病毒污染
病毒是微小的感染性物质，可利用宿主细胞机器进行繁殖。其尺寸极小，在培养物中难以发现，并且难以从细胞培养实验室所用试剂中去除。大多数病毒对其宿主有非常严格的要求，因此，通常不会对来自非宿主物种的细胞培养物造成不利影响。但是，使用受病毒感染的细胞培养物可能会对实验室工作人员造成严重的健康危害，尤其是在实验室内培养人类或灵长类动物细胞时。
细胞培养物的病毒感染可通过电子显微镜、使用一组抗体的免疫染色、ELISA 检测试剂盒或采用适当病毒引物的 PCR 进行检测。