免疫組織化学(IHC)の対比染色(Counterstains)

ヘマトキシリンは、IHCにおける一般的な核対比染色であるだけでなく、診断組織学で用いられる主要な色素の一つです。酸化ヘマトキシリンは、アルミニウムイオンと結合すると、活性金属-色素複合体を形成します。この複合体は核ヒストン上のリジン残基に結合することによって、哺乳動物の細胞核を青色に染色します。これは、核酸を標的とした核酸染色とは異なります。

Nuclear fast red （別称： ケルネクトロート色素）も核染色のひとつです。この色素とヘマトキシリンの違いとして、Nuclear fast redを使用すると、わずか5分で核酸の染色（赤色に染色）が完了します。一方、ヘマトキシリンを用いた場合、同じ染色に1時間かかります。メチルグリーン も核酸色素の一種であり、核酸を緑色に短時間で染色します。

DAPI（4', 6-ジアミジノ-2-フェニルインドール）およびヘキストは、蛍光IHCに用いられる一般的な核色素です。これらの色素はDNAにインターカレートして、UV励起下で強い青色の染色を行います。ヨウ化プロピジウムも核酸色素の一種であり、核酸の赤染色に一般的に使用されています。

ファロイジンは真菌毒素であり、繊維状アクチンに結合しますが、球状（フリー）アクチンには結合しません。一般に、タンパク質は、フルオロフォアを修飾し、、蛍光顕微鏡法において細胞内アクチン細胞骨格の標識に使用します。使用する色は結合されるフルオロフォアに依存します。多種多様なフルオロフォア結合のファロイジン製品が販売されています。