ジェネティックアナライザ　アプリケーションデザインサービス（ADS）

お申し込みの背景

• サンガーシーケンスによる変異解析の報告論文はあるが、自分の研究環境下で実験系が構築ができるか不安
• 確実な実験系を構築してほしい
• できれば簡便な実験系が望ましい

解決したい課題
疾患関連遺伝子のヘテロ変異を臨床患者で確認

概要

論文に掲載されている実験条件は、複数ある解析領域ごとにPCR条件が異なるなど、その内容は煩雑でした。プライマーや試薬を変えることで、よりシンプルな実験系を構築できることが期待されたため、ADSでは、プライマーの選択・設計から行いました。試薬にはApplied Biosystems™ BigDye™ Direct Cycle Sequencing Kitを採用しました。このキットでは、よりシンプルなワークフローでシーケンス解析を実施できます。PCR、サイクルシーケンス反応の条件を検討し、複数領域のシーケンスを、同一条件で解析できるプロトコルを確立しました。得られたシーケンスデータは、変異解析ソフトウエアで解析し、解析対象遺伝子に特化した解析設定の作成、ソフトウエア使用方法のトレーニングも実施しました。

このように、ADSにご依頼いただくことで、お客さまご施設にて、論文で報告されていた変異を解析できるようになりました。
さらにサービス終了後も、お客さまのご施設で得られた結果のフォローアップをさせていただきました。

お申し込みの背景

• 所有しているジェネティックアナライザでシーケンス解析は行っているが、フラグメント解析の経験がなく、何から着手したらよいか分からない
• フラグメント解析を開始するにあたりベースとなるプロトコルの作成と、所有装置で解析を行うための条件設定や解析手順のトレーニングをお願いしたい

解決したい課題
フラグメント解析で、がん化すると欠失が起こるマイクロサテライトマーカーの欠損有無を確認

概要
マイクロサテライトマーカーの欠失の解析は、欠失部位を挟むように設計されたプライマーを用いてPCR後、ジェネティックアナライザで解析することにより行います。そのためにまず、お客さまの装置の状況を確認したうえで、スムーズに実験を開始いただける試薬を選定しました。お客さまよりご提供いただいたがん部、非がん部のサンプルを用いて実験条件を検討し、目的マーカーを検出するプロトコルを確立しました。得られたデータは、フラグメント解析ソフトウエアを用いて解析し、お客さまの解析内容に特化した解析設定の作成を行いました。

お客さまのご施設にテクニカルスタッフが訪問し、ご所有装置でのフラグメント解析サンプルのランの設定、ソフトウエアでの解析手順のトレーニングを実施しました。

このように、ADSにご依頼いただいたことで、実施経験がなかったアプリケーションの使用を開始されています。

お申し込みの背景
ジェネティックアナライザ導入判断のためにご依頼

解決したい課題
イヌを対象に、注目している遺伝子の個体による違いを評価したい

概要
目的の評価は、フラグメント解析により行いました。まず、イヌのコントロールゲノムDNAを利用して実験条件を検討し、着目遺伝子を解析するためのプロトコルを確立しました。次に、お客さまにご用意いただいた複数の個体のゲノムDNAを解析し、確立したプロトコルで個体による違いを評価できることを確認しました。実験には、ご購入検討中のジェネティックアナライザを使用し、実験結果をご確認いただいたうえで、購入を決断いただきました。

装置をご購入後、お客さまのご施設にテクニカルスタッフが訪問し、装置の操作方法を含め、解析サンプルの調製からソフトウエアでのデータ解析まで、一連の操作のトレーニングも実施しました。