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Oncomine 포커스 어세이
생물표지자(biomarker) 분석에 적합한 고체 종양 차세대 염기서열분석
Oncomine™ 포커스 어세이는 타겟, 복수-생물표지자(biomarker) 분석으로서 단일 워크플로우에서 DNA 및 RNA의 호발 부위(hotspots), SNV, 삽입-결실(indel), CNV, 유전자 융합 등을 타겟할 수 있습니다.
임상 및 이행적 암 연구를 위해 설계된 Oncomine 포커스 어세이는 Ion AmpliSeq™ 기술을 기반으로 신뢰성 있는 결과, 소량의 입력, 품질이 낮은 샘플의 분석 등이 가능하며, FFPE 미세침 흡입법 및 핵침 생검과 함께 사용가능합니다.
콘텐츠
- 고형 종양과 관련된 52개 유전자에 걸쳐 수백 개의 변이를 동시에 검출합니다.
- 단일 워크플로우에서 DNA 또는 RNA의 관련 호발 부위, SNV, 삽입-결실(indel), CNV, 유전자 융합 등을 표적화합니다.
- 시중에 나와 있는 종양학 약물 및 문헌적 근거에 의해 표적화된 고형 종양 유전자를 포함합니다.
- Oncomine™ Knowledgebase를 참고하여 구성한 콘텐츠로, 공인된 치료 요법과 표시 등에 맞춘 콘텐츠가 포함되어 있습니다.
Oncomine 포커스 어세이 유전자 목록
| ABL1 | ERBB2 | GNAQ | MYC |
| AKT1 | ERBB4 | HRAS | MYCN |
| AKT3 | ERBB3 | IDH1 | NRAS |
| ALK | ERG | IDH2 | NTRK1 |
| AR | ESR1 | JAK1 | NTRK2 |
| AXL | ETV1 | JAK2 | NTRK3 |
| BRAF | ETV4 | JAK3 | PDGFRA |
| CCND1 | ETV5 | KIT | PIK3CA |
| CDK4 | FGFR1 | KRAS | PPARG |
| CDK6 | FGFR2 | MAP2K1 | RAF1 |
| CTNNB1 | FGFR3 | MAP2K2 | RET |
| DDR2 | FGFR4 | MET | ROS1 |
| EGFR | GNA11 | MTOR | SMO |
Oncomine 어세이와 Ion AmpliSeq 패널 성분의 비교
표적화된 차세대 염기서열분석(NGS)은 어떠한 규모의 실험실에서도 암 연구 분야의 혁신을 선도할 수 있도록 지원하고 있습니다. 이러한 혁신의 중심에는 최소한의 입력 샘플에서도 감도가 높은 결과를 얻을 수 있도록 설계된 분석법과 패널이 있으며 미래의 차세대 동반 진단 검사 또는 치료법 개발에 필요한 정보를 제공해 줍니다.
임상 암 연구에는 수 많은 의사결정이 필요합니다. 그 중에서도 분석 성분과 관련한 의사결정이 특히 중요합니다. Oncomine™ 어세이와 Ion AmpliSeq™ 패널 성분의 비교는 원하는 성분을 선택하는 데 도움을 주기 위해 만들어졌습니다.
Examples of Oncomine assays and Ion AmpliSeq panels and a subset of their associated genes and tumor types for research use. The Oncomine Knowledgebase shows that the specific gene had a variant detected in specific tumor type at a minimum of a 1% frequency. Additional genes are available on these and other Oncomine assays and Ion AmpliSeq panels.
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성능
- 여러 암 유형에 걸쳐 높은 재현성과 감도로 변이 검출
- FFPE 미세침 생검 및 핵침 흡입 샘플을 포함한 최소 10ng의 샘플과 호환
- 단일 워크플로우 내에서 DNA 및 RNA 검사 한 회당 최대 6개의 샘플과 2개의 대조군에서 결과 제공
- Ion Torrent™ 염기서열분석 기술 및 Ion S5™ 시스템 또는 Ion PGM™ 시스템을 활용하여 수 주가 아닌 수 일 내로 NGS 결과 제공
- 당사의 ISO 13485 규정 준수 시설에서 엄격한 기준에 맞춰 제조한 Ion Select 소모품 및 시약 포함
분석 성능 요약
변이 유형 전반에 걸쳐 Oncomine 포커스 어세이는 Ion S5 시스템에서 염기서열분석된 임상 연구 샘플을 사용하여 높은 감도, 특이성 및 재현성을 달성합니다.
| 감도 | PPV(특이성) | 재현성 | |
| SNV | 98.77% | 99.63% | 99.6% |
| Indel | 100% | 100% | 100% |
| CNV | 96.42% | 100% | 96.42% |
| 유전자 융합 | 100% | 100% | 100% |
| 전체 | 98.70% | 99.67% | 99.01% |
표 1. Ion S5 시스템에서 Oncomine 포커스 어세이를 사용하여 도출한 변이 유형별 감도, 특이성 및 재현성
보고
Oncomine 정보학를 통해 활성화되는 기능:
- 변이 우선 순위 지정, 관련 소수 찾기
- 암 유발 변이의 콜(call), 식별 및 주석화
- 신속하게 맞춤형 실험실 보고서 생성
- 10개 언어로 제공되는 맞춤형 보고서 템플릿
워크플로우
Oncomine NGS 종양학 워크플로우를 통해 결과에 대한 해석을 포함, 단지 몇 개의 관련 암 유발 변이로 줄일 수 있습니다.
For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.