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基于质谱的免疫，并
immundome 是免疫系统区分自我和非自我的能力的关键，这为免疫治疗奠定了基础。确定并定量免疫的指定和定量对于了解免疫系统以及推进精准医疗和癌症疫苗至关重要。Thermo Fisher Scientific 质谱仪支持对规模的免疫球体进行准确和精确的定量分析，从而实现了深度覆盖。
Immunomics 包括细胞表面展示的免疫肽的鉴定和定量。小肽 (也称为抗原决定簇) 由主要组织相容性 (MHC) 蛋白呈递，其中 T 细胞识别它们以启动免疫反应。
基于质谱 (MS) 的免疫方法具有独特的能力，可以证明表位存在于细胞表面。然而，由于样品丰度较低，样品起始量有限以及表位的复杂性和多样性，测量免疫特定圆顶提出了独特的挑战。
免疫的 5 步工作流程
该 5 步工作流程提供了有关免疫方案实验的基本步骤的信息。
成功的免疫，共体平台的支柱
您从Thermo Scientific Immunopeptidomics平台获得的信息
Thermo Scientific immun同一 台平台符合成功的免疫特定技术的支柱，支持免疫肽的发现，表征和验证。
我们的免疫方案提供了灵敏度，动态分析范围，注释准确性和检测重现性，以便表征 MHC 向免疫系统呈递的抗原肽。
检测的灵敏度和动态范围
在免疫肽强度范围极高的样本中，预计肿瘤特异性肿瘤抗原含量相对较低。 基于 Thermo Scientific Orbitrap 的质谱仪支持同时检测极高和极低水平的分析物。
基于 Orbitrap 的质谱仪，包括 Thermo Scientific Orbitrap Astral MS ，支持同时检测极高和极低水平的分析物。它们提供了卓越的灵敏度和动态范围，可以检测样品中的高丰度和低丰度免疫肽，这些肽对于充分表征肿瘤相关和肿瘤特异性肿瘤抗原至关重要。
注释的准确性
为了准确注释可能由新突变组成或可能来自基因组非尖区 的肿瘤抗原的氨基酸序列，它无需从头测序解释。准确的从头测序需要质谱质量，具有准确的质量，高分辨率，全系列碎片离子以及支顶孢帚等辅助信息离子。
基于 Orbitrap 的质谱仪可提供 MS/MS 扫描的全 m/z 传输，可以检测整个 B/y 离子系列和支顶孢帚霉离子，而不会歧视地促进具有从头测序的明确注释。自动增益控制和标准化的碰撞能量可确保在和杂技 演员包的比赛中获得可重现的光谱质量。
工作流程可重现性
对肿瘤特异性或其他肿瘤抗原进行验证需要在生物样品或技术重复样品的组群上实现一致的性能和稳健的运行。Thermo Scientific HRAM Orbitrap MS 和液相色谱系统提供的高重现性可以实现不同样品的准确比较。
Thermo Scientific Vanquish Neo UHPLC 系统提供高度可重现的色谱分离，并支持从纳流到高微流的广泛操作范围。
Thermo Scientific免疫肽动力学工作流程
全面发现和表征免疫肽的工作流程
Thermo Scientific Orbitrap 基于质谱的发现工作流程提供了全动态分析的灵敏度，可进行全面的免疫肽检测和注释。 发现工作流程利用样品制备，高度可重现的色谱分离和高分辨率，准确的质量 Orbitrap 质谱仪，可为 MS 和 MS/MS 扫描提供高谱质量，从而对肿瘤抗原进行可靠注释或从头测序。
检测免疫肽，无论丰度如何
体验卓越的灵敏度和动态范围，检测样品中的高丰度和低丰度免疫肽，这些肽对于充分表征肿瘤相关和肿瘤特异性肿瘤抗原至关重要。
MS1 扫描中的宽动态范围检测。
客户对 Orbitrap Astral MS 的评价是什么
"Orbitrap Astral 的灵敏度，质量准确度和采集速度提高了免疫组化分析的完整性，并使其能够检测原代癌症标本中的低丰度抗原。
这些能力可促进识别来自所有基因组区域的肿瘤抗原，最终有助于更好地了解癌症免疫学。"
Pierre Thibault ，化学系教授
蒙特拉尔大学艺术和科学学院
高级蛋白组学分析中心免疫学和癌症研究研究所首席研究员
同时进行定量和发现 (squad) ，以便进行肿瘤抗原靶向验证和同时进行无偏倚免疫肽监测
Thermo Scientific Orbitrap Tribrid 质谱仪提供独有的工作流程，支持使用高灵敏度平行反应监测 (PRM) 进行靶向筛选，并在一种方法中同时进行无偏倚数据依赖性发现采集。 这种独特的方法能够对确定的肿瘤抗原进行验证研究，同时允许在珍贵样品单次进样期间同时调查未定义的抗原。
Orbitrap ascend Tribrid 质谱仪尤其适用于 squad
Orbitrap ascend Tribrid 质谱仪 配有高分辨率 Orbitrap 和灵敏的线性离子阱质谱仪。这意味着用于非靶向分析的高分辨率数据依赖性实验可以通过单次进样与离子阱 (平行反应监测 (PRM) 中的高灵敏度靶向定量数据结合。squad 工作流程的 PRM 部分允许同时进行序列确认，利用所有片段的全部 MS/MS 可见性，同时对靶标过渡进行定量。基于 PRM 的定量分析可以不含标记，但也可以通过添加外部肽标准品来绝对定量。
Squad 工作流程的示意图。
Deep immundome (深圆顶) ，带 squad (深圆顶)
squad 工作流程提供了广泛的灵敏度和动态范围，可以检测样品中的高丰度和低丰度免疫肽。
HCT 116 细胞的 1e6 细胞当量和检测动态范围的单次激发分析示例。
线性离子阱绝对定量
在 PRM 采集过程中添加了重合成肽标准品，可以绝对定量免疫肽。
加入 HCT 116 细胞的 1e6 细胞当量的重 AQUA 合成肽的示例，可实现绝对定量。
通过高通量的靶向筛选和定量免疫肽肿瘤抗原进行验证
Thermo Scientific 质谱仪为靶向定量提供稳定，灵敏和可重现的解决方案。Orbitrap Exploris 系列系统为 PRM 提供卓越的选择性和高分辨率精确质量精度。TSQ Plus 三重四极杆质谱仪利用与 Orbitrap 平台一致的成熟离子光学技术，实现肽的灵敏传输，并在发现和靶向定量之间的无缝过渡，从而实现终极灵敏度。
SureQuant 工作流程
Thermo Scientific Orbitrap Exploris 480 质谱仪提供独特的 SureQuant 工作流程，可实现靶向采集的动态控制，利用加标到样品中的内部标准品触发靶向定量扫描，其中较高特异性和灵敏度地检测内源性免疫肽。
SureQuant 工作流程的示意图。
使用三重四极杆质谱仪进行靶向定量
Thermo Scientific TSQ Altis Plus 三重四极杆质谱仪提供自动驻留时间优化，可轻松进行方法实施，扩展检测线性动态范围以防止饱和校准曲线和窄窗口分离 (NWI) -SRM 功能，以提高选择性和灵敏度。
SRM 方法的图示。
客户对 SureQuant 靶向定量的评价
"Explore 480 上的 SureQuant 靶向定量方法通过比较合成肽和内源性肽之间的色谱洗脱图谱和 MS/MS 谱，从而能够进行肽验证，同时提供有关内源性肽表达水平的定量信息。与多种合成同位素体结合时，该方法可提供内源性肽的绝对定量，包括肿瘤相关抗原和肿瘤特异性肿瘤抗原。 "
Forest White ， Ned C. 和 Janet C. (Bemi) Rice ，生物工程学教授
Koch Institute for integrative Cancer Research ，马萨诸塞州技术研究所
For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.