SureQuant Targeted Quantitation

靶蛋白质定量的新范例

结合 Thermo Scientific SureQuant 靶向测定试剂盒和 LC-MS Orbitrap MS,SureQuant IS 靶向定量工作流程可提供从样品制备到靶标肽监测和定量的完整质谱测定,设置简单且结果可信度高。

HRAM Orbitrap MS 的高选择性为靶蛋白质组学设立了新范例,提供了一种高度灵敏的方法,能够以高定量准确度、精确度和特异性对复杂基质中的数百个蛋白质靶标进行定量。

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本页内容

提供更多靶标,且不会降低灵敏度

Thermo Scientific SureQuant 靶向质谱分析试剂盒是经过验证的模块化试剂,用于多通路靶向蛋白质定量。试剂盒配备齐全,包含成功监测 MS 性能、样品制备和靶蛋白/肽的绝对定量所需的所有试剂。经过验证的试剂盒意味着所有抗体、肽和对照裂解物都经过严格测试,以确保每个靶标肽的特异性和成功定量。每个 SureQuant 试剂盒还经过充分验证和优化,可与 SureQuant 仪器方法模板配合使用,因此完全省去了所有测试方法开发时间。每个试剂盒还提供易于使用、经过验证的 Skyline 数据处理模板,确保您可以随时通过测定获取洞察信息。

通过单一系统提供深入洞察信息,进一步突破当前科研成果

Orbitrap Eclipse Tribrid 质谱仪借助新型创新技术突破了典型的 LC-MS 限制,提供了扩展实验范围的极高灵活性,并具有确保较高数据质量和置信度的内置智能。借助单一系统提供深入洞察信息,让终端用户能够高效地突破当前科研成果。借助 SureQuant 定量工作流程,该质谱仪减少了靶向多通路检测、灵敏度和选择性之间不可避免的权衡,扩大了靶蛋白质检测板尺寸,显著提高了检测限 (LOD) 并提高了定量精确度,而无需使用保留时间窗口。


SureQuant 工作流程如何克服传统限制

细胞的大多数生化功能均由蛋白质执行,它们也是目前大部分药物的靶标。为了了解蛋白质的机能及其在复杂生物系统中的位置,有必要测量蛋白质丰度相对其他系统的变化。高灵敏度质谱技术的出现,推动实现了在样品和生物系统之间的蛋白质组范围内进行蛋白质的相对定量实验。

但是,测量蛋白质仍然存在一些基本挑战:

  • 不同基质类型的表达动态范围可能不同,在组织中为 6-7 个数量级,在血浆和血清等体液中大约为 12 个数量级
  • 必须考虑到蛋白质变体,这些变体是由前体 RNA 的选择性剪接而产生的
  • 翻译后修饰 (PTM) 增加了蛋白质变体的变异
     

蛋白质组的复杂性

Complexity of the proteome
 点击图片放大 由于外部因素的持续刺激,细胞会改变其动力学和特性并影响内部蛋白质。蛋白质以依赖于细胞类型的方式表达,因此蛋白质也会因所检测的细胞而异,并且需要考虑多种蛋白质变体。存在由遗传变异导致的相同基因产生的蛋白质、选择性剪接 RNA 转录本和翻译后修饰 (PTM)。蛋白质的丰度也可能因不同样本或细胞类型而异。蛋白质在空间位置上的分布可以影响蛋白质活性。外部刺激会影响蛋白质丰度及其空间分布,并且绝大多数蛋白质会因生物活性而相互作用。

一旦蛋白质在相对定量实验或假设驱动策略中被鉴定出发生变化,就需要在更大的样本群体中校验和验证这些蛋白质。这些靶蛋白的测量值可以是相对或绝对水平;这种方法称为靶向定量

传统靶向蛋白质定量验证的挑战

传统的靶向蛋白质定量测定基于亲和试剂的方法,例如 ELISA、蛋白质免疫印迹或免疫组织化学染色。这些技术受到动态范围、特异性、灵敏度,以及少数可检测和定量的靶标数量的限制。

使用质谱法进行靶向蛋白质定量可提供可靠的大量结果

使用质谱法进行靶蛋白质定量是克服这些限制的理想选择。传统上,三重四极杆质谱仪上的选择反应监测 (SRM)-MS 一直是靶向实验的金标准,只要蛋白质靶标不在复杂基质中,并且靶标数量较少(20-100 个肽段)。

SureQuant IS 靶向蛋白质定量工作流程与 HRAM Orbitrap MS 相结合,可对大量靶标进行灵敏的多重定量,且具有极高的可靠性。它使生命科学家能够使用独特、智能的实时监测,通过高灵敏度的质谱分析对蛋白质进行定量。通过充分利用标记的内标肽段来实时引导内源性肽的采集,实现对数百个靶标的可靠定量,不会影响数据质量且方法设置简单。

整个 SureQuant IS 靶向蛋白质定量工作流程由两个步骤组成:

  1. 测量运行以验证参考内标 (IS) 的可检测性;
  2. 采用 SureQuant 方法用于监测内源性/靶标肽的表达和定量。

第 1 步:测量运行以确定内标强度

测量运行分析评估了补充到代表性样品基质中的内标检测。仅需要在研究开始时在用户首选的 LC-MS 系统上运行一次测量,并且不需要随着时间的推移进一步调整。该分析验证了每个内标肽段的理想前体离子,并且可以检测到理想的相关碎片离子。内标信号强度和后续触发强度也由测量运行确定。Skyline 和 Proteome Discoverer 支持数据处理,可以导出这些信息片段,然后通过简单的复制/粘贴将这些信息传输至 SureQuant 方法。将所需信息导入 SureQuant 方法,然后完成此一次性调整之后,即可使用该方法对内标中加标的样品进行常规的靶向分析。


第 2 步:采用 SureQuant 方法进行监测、检测和定量

Thermo Scientific SureQuant 方法是一种质谱采集策略,在该方法中,质谱仪经过编程以使用低填充时间和分辨率来监测样品中的参考内标,并在检测到这些参数时动态增加这些参数,以提高内源性肽的数据质量。采集时间的实时管理较大程度地延长了专用于分析物定量的时间,从而可以为靶向蛋白质组学实验可靠地检测和定量更多的靶标。内置的阳性内标对照品为样品中是否存在蛋白质提供了明确的 LOD 测量,解决了许多分子生物学实验中评估蛋白质拷贝数表达的常见需求。


使用内置 SureQuant 验证的仪器方法模板节省时间

提供了经过验证的仪器方法模板以应用于测量运行和 SureQuant 方法分析,为各种 SureQuant 靶向质谱检测试剂盒(如 AKT/mTOR 信号通路试剂盒)预设。在这些模板中,肽前体、参考碎片离子和仪器参数均经过优化和预设——这意味着零测定开发时间。只需加标内部标准品即可采集数据。通用 SureQuant 方法模板也可用于简化定制蛋白质检测板测定的开发。


适用于完整 SureQuant IS 靶向蛋白质定量工作流程的产品

以下工作流程的每个步骤都针对简单性和可重现性进行了优化,以极高的定量准确度和精度靶向单个样本中的数百个靶标。

Novel Proteome Discoverer

新型 Proteome Discoverer 节点可在 Skyline 导入前协助进行常规测量运行分析,以及对 SureQuant 数据文件的预处理和过滤。这些新增功能极大地简化了测定部署并实现数据分析自动化。

Novel Proteome Discoverer

新型 Proteome Discoverer 节点可在 Skyline 导入前协助进行常规测量运行分析,以及对 SureQuant 数据文件的预处理和过滤。这些新增功能极大地简化了测定部署并实现数据分析自动化。


SureQuant 定量方法的专题科学海报