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使用 Thermo Scientific FAIMS Pro Duo 接口克服背景干扰,提高 LC-MS 方法的分析性能。在现有的工作流程中引入高场不对称离子迁移谱 (FAIMS),以利用正交选择性来快速、轻松地提高样品覆盖度,扩展定量动态范围,并扩大研究机会。
FAIMS Pro Duo 接口将微分离子迁移范围扩大到从小分子到完整蛋白质(通过直接进样或采用100 nL/min 至1 mL/min 流速的色谱分离进行分析)的广泛应用。FAIMS Pro Duo 接口可联用 Thermo Scientific TSQ 和 TSQ Plus;包括Thermo Scientific Orbitrap Exploris 和 Thermo Scientific Orbitrap Tribrid 质谱仪。FAIMS Pro 和 FAIMS Pro Duo 接口对研究的影响可以通过对1000多篇期刊文献的结果进行总结,这些文献涵盖了超过26种不同应用。
根据补偿电压 (CV) 设置,离子源处形成并引入 FAIMS Pro Duo 接口的目标前体离子会选择性地通过接口传输到离子传输管和质谱仪中,而其他离子则衰减或被过滤掉。
仪器控制软件有助于快速、准确地确定 FAIMS Pro Duo 接口的最佳补偿电压 (CV) 的设置。这些易于使用的方法可通过直接注入纯化标准品或在线分离后大规模优化内源性化合物进行操作。每种方法均提供涵盖多种 CV 设置的方法,以便确定目标化合物的最佳设置值或化合物类别的一般设置值。
在将离子引入质谱仪之前,利用在线气相分馏技术,尽可能减少离线馏分、蛋白质提取或富集的时间、费用和可变性。利用 CV 设置和电极温度可以改变穿过 FAIMS Pro Duo 接口的离子传输,以达到实验目标。
优化的圆柱几何形状可大幅增加离子在质谱仪的传输,且停留时间短,这允许每个数据采集方法进行多个 CV 值的设置。中心电极的定位阻断了离子源中形成的离子到质谱仪入口的直接路线,这可阻挡中性物质和不需要的离子以提高存在复杂样品时的工作流程稳健性。
能够在不破坏仪器真空的情况下进行单向组装和安装,这可以使 FAIMS Pro Duo 接口清洁或者 Thermo Scientific 质谱仪之间的移动顺畅无阻。简单且统一的校准程序确保了最高的可用性,能够使所有技能水平的用户获取高质量的数据。
在提高样品处理量的同时,尽可能提高蛋白组覆盖率和定量准确度。
使用 FAIMS 选择性来提高方法灵敏度和综合性。
利用正交选择性减少背景干扰。
基于质谱的单细胞蛋白质组学的新发展。
FAIMS 选择性支持用于蛋白分布成像的液体提取表面分析 (LESA)。
在提高样品处理量的同时,尽可能提高蛋白组覆盖率和定量准确度。
使用 FAIMS 选择性来提高方法灵敏度和综合性。
利用正交选择性减少背景干扰。
基于质谱的单细胞蛋白质组学的新发展。
FAIMS 选择性支持用于蛋白分布成像的液体提取表面分析 (LESA)。
要在不耗费大量资源的情况下扩展 LC-MS 工作流程能力,您可以引入正交选择性以实现您的目标。
FAIMS Pro Duo 接口利用微分离子迁移来引入空间离子选择性,从而增加 LC-MS 峰容量。此教学视频展示了离子如何进入新型圆柱形电极组件并穿过接口抵达质谱仪入口。
FAIMS Pro Duo 接口设计独特,不仅引入微分离子迁移技术来提高生产率,还实现了操作的简易性。本视频演示了简单的维护程序和校准程序。
利用替代肽来表征蛋白组以进行差分蛋白分析仍然是一种关键的研究方法。2018年纳入 FAIMS Pro 接口表明,正交选择性可提高蛋白组覆盖率。近期研究重点关注使用 FAIMS Pro Duo 接口开发扩展应用,以用于发现应用,以及谱库构建和定量分析。抑制背景离子会增加正常上样量以及进行单细胞蛋白质组学检测的低样品上样量的动态范围。
由于扩大的电荷状态包络和较高的电荷状态会稀释相应的质谱信号,生物分子的完整分析对质谱检测提出了重大挑战。此外,在复杂生物样品中进行分析会导致非靶向电荷状态包络和溶剂离子明显重叠,从而无法实现可靠表征。为了克服这些挑战,专门进行大量工作来开发需要更长时间和更高成本的样品富集和 / 或纯化策略。将 FAIMS Pro Duo 接口引入现有的质谱方法可通过微分离子迁移来克服这些挑战。由于生物分子电离过程中形成的电荷状态增加,可在目标生物分子和背景离子之间实现更大的离子迁移差异,从而减少对额外样品制备的需求,同时改善定性和定量分析。初始研究重点关注完整/自上而下的蛋白质和蛋白质组学分析,但最近已将覆盖范围扩大至包括寡核苷酸。
样品中检测到并量化的蛋白质可用作推定的生物标志物,以帮助定义生物状态或条件。但是,通过交联或翻译后修饰 (PTM) 分析(如磷酸化或糖基化)进行的蛋白质相互作用分析可以提供定义生物学状态的其他详细信息。由于拷贝数相对较低,存在复杂生物样品时这些肽的检测变得具有挑战性。使用 FAIMS Pro Duo 接口的生物学研究表明,这些肽的选择性提高,从而扩大了覆盖范围并增强了表征和定量分析。
虽然 FAIMS 选择性主要用于提高样品覆盖范围,但也可针对靶标化合物的传输优化正交选择性,以在存在复杂生物样品的情况下增加定量动态范围。 临床相关化合物通常是小分子,由于靶标化合物和背景离子的理化性质差异较小,需要不同的策略来优化实验参数,因此这可能会给 FAIMS Pro Duo 接口的操作带来额外的挑战。 纳入 FAIMS Pro Duo 接口的好处在于,不仅改善了靶标化合物的信噪比,还显著提高了质谱仪的耐用性。
通过访问 Thermo Scientific Xcalibur 软件版本3.1或更高版本以及 Thermo Scientific Proteome Discoverer 软件版本2.3或更高版本,您可以自动调谐和优化,利用数据采集方法模板建议并简化数据处理,使设置和实验成功获得结果变得更加容易。
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