微生物测序

基于靶向测序的微生物鉴定、菌株亚型分型和传染性疾病研究 Panel

Ion Torrent™ 新一代测序的进步使研究人员能够充分发挥高通量、高准确性和长读取的优势，利用简化的样品制备方法和简单的优化数据分析工作流程，对微生物进行快速准确的测序。在对来自疾病监测、疫情爆发调查以及病因确定研究的存档样品进行研究时，Ion Torrent 测序能够大大加快获得结果的速度。全基因组微生物测序的下游数据分析方法包括从头和基于参考序列组装以及微生物菌株分型。

在对一组特定基因（如 16S rRNA）进行靶向测序时，Ion AmpliSeq™ 技术能够提供简单快速的文库构建。该技术基于超高多重 PCR，仅需低至 1 ng 的起始 DNA 量。研究人员利用靶向测序，能够从混合群体中高效鉴别出微生物而无需培养样品，对回顾性疫情爆发样品进行研究，并发现可能与抗生物耐药相关的突变。

Automated and fast template preparation and sequencing of 400 to 600 base-read libraries using the Ion Chef™ System and the Ion S5™ and Ion S5™ XL Sequencing Systems is enabled using the Ion 520™ & Ion 530™ ExT Kit-Chef.

For targeted sequencing of a specific set of genes, such as 16S rRNA, Ion AmpliSeq™ technology delivers simple and fast library construction. Based on ultrahigh-multiplex PCR, Ion AmpliSeq technology requires as little as 1 ng of input DNA. Through the use of targeted sequencing, researchers can efficiently identify the microbes within a mixed population without the need to culture samples, perform research on retrospective outbreak samples, and discover mutations that may be associated with antibiotic resistance.

全基因组测序

微生物的深度全基因组测序是发现 SNP、插入、缺失、倒置和复杂重组等各种基因变异的终极工具。该方法可用于鉴别和发现新型微生物体或对特定细菌和病毒进行分型。

细菌和病毒分型研究

在疾病监测期间，可使用来自爆发调查和疾病病因学研究的存档样品，实现快速、经济的细菌和病毒分型研究。

使用 Ion AmpliSeq 技术进行靶向测序

现在，通过对特定基因进行靶向测序，可以从混合群体中鉴别出微生物、研究潜在的致病因子和传播模式以及发现可能与抗生物耐药相关的突变。

微生物分析工作流程

1选择
靶标

• Ion 16S Metagenomics 试剂盒
 • Ion AmpliSeq Ebola Research Panel
• Ion AmpliSeq TB Research Panel
• Ion AmpliSeq Targeted Custom Panels
• PathAmp Flua 试剂

2构建文库

• Ion Xpress Plus 片段文库试剂盒
 • ThermoScientific MuSeek™ 文库制备试剂盒
 • ThermoScientific ClaSeek 文库制备试剂盒

3制备模板

• Ion Chef 系统
 • Ion OneTouch 2 系统

4测序

• Ion S5 或 S5 XL 系统
 • Ion PGM 系统

5分析
数据

• Torrent Suite 软件
 • Torrent 浏览器插件
 • Ion Reporter 软件

更多详情请见各产品选择指南：

Ion S5 系统产品选择指南
Ion PGM 系统产品选择指南

微生物分析的全新解决方案

用于 Ion S5 系统的 600 bp 测序化学试剂

Ion 520™ &Ion 530™ ExT Kit-Chef 用在 Ion Chef™ 和 Ion S5™ 或 Ion S5 XL 系统上，能够在 2 天内完成自动化长读段测序工作流程。

Ion PGM 系统的测序化学试剂

现在，使用 Ion PGM™ Hi-Q View™ 测序化学试剂进行测序，您可以借助有色的离子微球微粒 (ISP) 成功制备模板，并提高 GC 区域的覆盖度。

利用等温扩增实现 Ion PGM 系统的快速模板制备

如今，几个小时的时间就能改变一切。与 Ion PGM 系统的其他模板制备工作流程相比，Ion PGM™ Template IA Kit 有助于将模板制备所需时间缩短一半，实现最快的微生物测序工作流程。

微生物的多样性

经过数十年的分析和数百项研究，我们发现微生物的多样性远远超出了我们的想象。根据这些物种的多样性，我们能够判断出一个生态系统的健康状态，或者它们的相互作用与炎症性肠道疾病、肥胖和难治性创面等疾病有哪些相关性。请听一听 George Watts 博士和 Charles Li 博士如何将 Ion 16S™ 测序应用于临床和环境研究中。