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采用 NGS 进行病毒基因组测序
为具有挑战性的传染病研究提供简单的病毒病原体检测和监测
靶向新一代测序 (NGS) 是一种快速、准确的病毒基因组解决方案，适用于病毒分型、流行病学研究和使用病毒调查存档样本的疾病监测。
我们的病毒分型 NGS 解决方案具有超高的灵敏度、可扩展性和短周转时间，这对病毒监测和研究都至关重要。
Ion Torrent NGS 技术基于超高多重 PCR，此种技术已使公共卫生机构能够密切监测病毒感染。
使用 Ion Torrent NGS 研究传染病的优点包括：
- 低上样量要求——仅需低至 1 ng 的 DNA 上样量即可靶向定位感兴趣区域
- 周转时间短和自动化——通过自动化的从 DNA 获取数据的 NGS 工作流程极大限度缩短实操时间，在24小时内即可从宝贵的样品中获得数据
- 变异检测的准确度
- 可扩展性——在单一平台上实现广泛的应用范围和高通量
- 灵活的Panel设计选项——订购用于传染病（如冠状病毒、埃博拉病毒、寨卡病毒、CMV、HIV 和 HCV）的 NGS 研究Panel或使用 ampliseq.com 上的 Ion AmpliSeq Designer 工具自行配置
以卓越灵敏度和稳健性能解锁低值样品的检测
Ion AmpliSeq SARS-CoV-2 Insight 科研测定试剂盒采用独特的靶向测序方法，提高了之前 NGS 难以达到样品覆盖率和均一性。Panel的智能设计会增加对病毒基因组中引入的新突变的耐受性。集成分析工具可实现自动一致的序列生成、突变注释和谱系分配。
用于传染病研究的较简单、较快速的靶向 NGS 工作流程
使用 Ion Torrent 靶向 NGS产品，可以在24小时内轻松获得DNA 数据，手动操作时间仅~45 分钟。手动制备或使用 Ion Chef 系统制备 Ion AmpliSeq 文库。然后，将文库置于 Ion Chef 系统中，以进行乳液 PCR、富集并加载到 Ion S5 芯片上。
从预设计的Panel中选择或通过 Ion AmpliSeq Designer 自行配置。
特色研究解决方案：
- 冠状病毒 (SARS-CoV-2)
- 埃博拉 (EBOV)
- 寨卡病毒 (ZIKV)
- 人免疫缺陷病毒 (HIV)
- 人乳头瘤病毒 (HPV)
单次反应中的靶标扩增
可重现的自动等温扩增
快速且可扩展的新一代测序
基于网络的直观分析
- Torrent Suite 软件——对单个样品进行碱基识别和比对，运行插件进行二次分析并轻松管理 NGS 数据
- Ion Reporter 软件——通过公共或私人数据库识别和注释您的感兴趣变异并进行多样品比较
从预设计的Panel中选择或通过 Ion AmpliSeq Designer 自行配置。
特色研究解决方案：
- 冠状病毒 (SARS-CoV-2)
- 埃博拉 (EBOV)
- 寨卡病毒 (ZIKV)
- 人免疫缺陷病毒 (HIV)
- 人乳头瘤病毒 (HPV)
单次反应中的靶标扩增
可重现的自动等温扩增
快速且可扩展的新一代测序
基于网络的直观分析
- Torrent Suite 软件——对单个样品进行碱基识别和比对，运行插件进行二次分析并轻松管理 NGS 数据
- Ion Reporter 软件——通过公共或私人数据库识别和注释您的感兴趣变异并进行多样品比较
用于传染病研究的特色Panel
微生物学家和病毒学家面临的主要挑战是预测疾病病原体的进化和出现方式。RNA 病毒均具有高遗传变异性的生物学特性，此特性会导致它们发生大量突变。病毒变异也可源于蝙蝠、蛇、猪和鸟等动物储存库中的抗原转移。
我们的 Ion AmpliSeq 检测Panel基于超高多通路 PCR，此种技术已使公共卫生机构能够密切监测病毒感染。
下面将重点介绍我们用于传染病研究的几个 NGS 研究检测Panel：
冠状病毒 (SARS-CoV-2) 研究
- 覆盖率 >99% 的 SARS-CoV-2 病毒全基因组测序和变异检测
寨卡病毒 (ZIKV)
- 使用基于扩增子的方法检测 ZIKV 基因组的覆盖率达到 >95%1
人乳头瘤病毒 (HPV)
- 覆盖率高达 99% 的 HPV 全基因组测序2
- 扩增子长度可达375 bp
埃博拉病毒研究
人免疫缺陷病毒 (HIV) 早期感染
- 一种检测 HIV 基因组是否有耐药性突变的方法
- 可具有1个和2个扩增子Pool，扩增子长度可达400 bp
- 覆盖的基因：蛋白酶、逆转录酶、RNase 和整合酶
1.Grubaugh ND, et al. Genomic epidemiology reveals multiple introductions of Zika virus into the United States.Nature.2017 Jun 15;546(7658):401-405.
2.Cullen M, et al. Deep sequencing of HPV16 genomes: 一种新的高通量工具，用于探索HPV16感染的致癌性和自然史。Papillomavirus Res.2015 Dec 1;1:3-11.
仅供科研使用，不可用于诊断目的。