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3’ mRNA 测序 | mRNA 测序 | 全转录组测序 | |
应用 |
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每个样本测序reads(百万) | 2–5 | 30 | 60 |
动手操作时间(小时) | 1.75 | 1.5 | 3.5 |
总时间(小时) | 4.5 | 4.5 | 6.5 |
样本起始量范围 | 100 pg–500 ng* | 1–25 ng** | 100–1000 ng |
是否兼容 FFPE 样本 | 是 | 是 | 是 |
兼容的物种 | 人 | 所有 | 人、小鼠、大鼠 |
*建议样本起始量 >200 ng 以高效检测低丰度转录本。
**去除 rRNA 的 RNA 或富集的 mRNA
总 RNA 测序可进行最全面 的全转录组分析。 如果研究仅集中在编码区域并且可用的起始材料数量有限,则 mRNA 测序是理想的选择。
RNA-seq 表达数据的差异变化可归因于多种因素,包括原材料的质量和实验人员的操作差异。External RNA Controls Consortium (ERCC) 是由 National Institute of Standards and Technology (NIST) 主导的学术组织、私人组织和公共组织组成的一个特别小组,其开发了一套通用的外源 RNA 对照品,以区分这些变异性来源和真正的基因表达。对照物包括一组未标记的多腺苷酸化转录物,设计用于在样本分离后加入到 RNA 测序实验中,以根据定义的性能标准进行测量分析。
Invitrogen ERCC Spike-In Mix92是转录物的一种预制混合物,源于 NIST 认证的 DNA 质粒并可进行溯源。转录物模拟天然真核 mRNA,长度为 250 至 2,000 nt。将 ERCC 对照添加至 RNA 测序实验中,为基因表达实验中的数据比较建立了一套标准方法,从而可以检测实验的灵敏度(检测下限)和动态范围。
仅供科研使用,不可用于诊断目的。