Oncomine Comprehensive Assay Plus

Oncomine Comprehensive Assay Plus の主な特長：

• 固形腫瘍のドライバー遺伝子を含む、すべてのクラスのバリアントにわたる 500 以上のユニークな遺伝子の変異パターンをプロファイル
• TMB や MSI に加えて、関連する SNV、インデル、CNV、融合遺伝子、スプライスバリアントを同時に検出
• わずか20 ngのFFPEサンプル インプット核酸量においてもシーケンシング成功率は99％におよぶ
• サンプルからレポートへのワークフローが合理化されているため、数日で知見が得られる

Oncomine Comprehensive Assay Plus の遺伝子コンテンツ

Oncomine Comprehensive Assay Plus には、ホットスポット SNV とインデル、CNV、融合遺伝子およびスプライスバリアントが含まれます。

500 以上の幅広い遺伝子を対象とするアッセイに対処しなければならない場合でも、Oncomine ワークフローを使用することで 20 ngの FFPE サンプルからわずか 4 日間で変異解析データを取得できます。抽出、ライブラリ調製およびテンプレート調製などのサンプル調製の後、Ion 550 チップと Ion GeneStudio S5 Plus または Ion GeneStudio S5 Prime システムでシーケンスすることにより最大 4 サンプルをマルチプレックス化できます。Oncomine インフォマティックスワークフローは、多くのバリアントの一次配列解析から、関連するがんドライバー遺伝子の注釈、Oncomine Reporter の最終レポートまでのデータ解析用に院内でサンプル調製からレポートまで作成できる統合ソリューションです。このシンプルで合理化されたソリューションは、目的のバリアントデータを得るために特別なバイオインフォマティックスの専門知識を必要としません。

表 1.小規模なバリアントに対するコール性能を評価するため、Oncomine Comprehensive Assay Plus により、数百のSNVと数十の InDel を含む AcroMetrix Oncology Hotspot Control4（AOHC）を用いて、シーケンシング解析を実施しました。AOHC を 9 レプリケートでシーケンスしました。パフォーマンスは、検出時の％感度および％ PPV（陽性的中率）として計算し、測定しました。SNV パフォーマンスは、バリアントアリル頻度が 5％以上で評価し、INDEL はバリアントアリル頻度が 20％以上で評価しました。

特徴が明らかな固形腫瘍 FFPE サンプル（n=5）と市販の ATCC（n=3）および Coriell Institute for Medical Research（n=14）細胞株から得られた既知のコピー数バリアントに対してコピー数検出性能を評価しました。FFPE サンプルについて、別に Oncomine NGS アッセイを用いて既知の結果と比較しました。ATCCTM 細胞株については、文献および公開されているジェノタイピング発現アレイから既知の結果を得ました。Coriell 細胞株については、報告された細胞遺伝学的異常と異数性状態を用いて、陽性判定を推測しました。遺伝子レベルのコピーゲインは、コピー数推定値の信頼区間（CI）下限が 4 超の場合に判定されます。一方、コピーロスは、CI の上限が 2 未満の場合に判定されます。特異性の計算については、野生型のコピー数推定値（（1.8、2.2）範囲内の常染色体コピー数）は陰性とみなされ、その範囲外の CN 推定値は陽性と判定されました。

図 1.Oncomine Comprehensive Assay Plus の TMB 性能TMB 定量の最適な方法として、従来より全エクソームシーケンシングが選ばれてきました。OCA Plus の TMB 性能の特徴を明らかにするために、WES に対する in-silico 解析を実施しました。ターゲットとするアッセイ（y 軸）と TCGA MC33 からダウンロードした WES（x 軸）変異カウントとの相関を示す散布図により、高い相関が示されました（図 1A）。2 番目の比較は、実際のサンプルによる市販のアッセイに対して行いました。OCA Plus は、アッセイ F を用いて明らかにされた TMB との高い相関も示しています（図 1B）。