Search Thermo Fisher Scientific
RNA FISHアッセイ
超高感度なRNA FISH
RNA FISH（RNA蛍光in situハイブリダイゼーション）は、固定細胞中のRNAおよびタンパク質ターゲットの可視化と局在性を可能にする強力な手法です。Invitrogen ViewRNAおよびPrimeFlow RNAアッセイを使用した超高感度RNA FISHには、独自のプローブセットデザインと分岐DNA（bDNA）シグナル増幅技術が組み込まれています。この技術により、RNA精製や酵素操作を行うことなく、サンプルソースから直接RNAを測定できます。bDNAテクノロジーを使用したRNA FISHはより高い特異性、低いバックグラウンド、および高いシグナル対ノイズ比を実現します。
分岐DNA（bDNA）技術を用いたRNA FISHアッセイの仕組み
ターゲットハイブリダイゼーション
従来のFISH法では、1～5個のフルオロフォアで標識された大きなオリゴヌクレオチド配列が使用されており、非特異的結合や不十分なシグナル増幅により、高バックグラウンドと低感度という問題がありました。bDNAテクノロジーでは、約20の短いオリゴヌクレオチドペアからなるターゲット特異的プローブセットが、目的のターゲットRNA配列全体の特定領域にハイブリダイズします。その後のシグナル増幅ステップでは、各オリゴヌクレオチドペアが隣接する位置でターゲットRNAに結合する必要があります。これにより、ターゲットに特異性が得られます。また、他のオリゴヌクレオチドがハイブリダイズするためのドッキング部位も得られます。さらなるハイブリダイゼーションステップにより、最終的に蛍光標識された「ハイブリダイゼーションツリー」が得られ、イメージングまたはフローサイトメトリーによる単一RNA分子の検出を実現します。ViewRNA CellまたはPrimeFlow RNAの検出には、現在、異なるスペクトルを持つさまざまなAlexa Fluor色素を使用して、4種類の蛍光プローブセットが利用できます。1つのサンプルで複数のRNA標的をマルチプレックスする際、各Probe Setは、そのシグナルを他と区別するため、固有のタイプである必要があります。ViewRNA ISH Tissue Assaysでは、Fast Red基質またはFast Blue基質を使用して化学発光または蛍光によって検出できる2種類のプローブセットのみが利用可能です。
シグナル増幅
bDNA技術を使用したシグナル増幅は、一連の連続的なハイブリダイゼーションステップで達成でき、ツリー状のような構造を形成します。Pre-amplifier分子は、結合したオリゴヌクレオチドプローブのそれぞれのペアにハイブリダイゼーションし、ツリーの「幹」を形成します。複数のAmplifier分子がそれぞれのPre-amplifierにハイブリダイズして「枝」を形成します。最後に、複数のLabel ProbesがAmplifiersにハイブリダイズして、ツリーの「葉」を形成します。完全に構築されたシグナル増幅ツリーには、400のLabel Probe結合部位があります。20-オリゴヌクレオチドペアプローブセット中のすべての標的特異的オリゴヌクレオチドが標的RNA転写物に結合すると、8,000倍の増幅が可能です。
bDNAの形成bDNA技術によるシグナル増幅の仕組みを示す概略図。
研究に適したアッセイを選択してください
| ViewRNA ISH Cell Assays | ViewRNA Cell Plus Assay | ViewRNA Tissue Assay | ViewRNA Tissue Fluorescence Assay | PrimeFlow RNA Assay | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| mRNA ISH | High-content ISH | |||||
| サンプル | 培養細胞（接着または浮遊） | 培養細胞（接着または浮遊） | 培養細胞（接着または浮遊） | FFPE組織切片 | FFPE組織切片 凍結組織切片 培養細胞（接着） | 単一細胞懸濁液（初代または培養細胞） |
| マルチプレックス | 最大4つのRNAターゲット | 最大4つのRNAターゲット | 最大4つのRNAターゲット（miRNAを含む）と1つ以上のタンパク質ターゲット、または上記の任意の組み合わせ | 最大2つのRNAターゲット（miRNAを含む） | 最大4つのRNAターゲット（miRNAを含む） | 最大4つのRNAターゲット（miRNAを含む） |
| 抗体適合性（抗体免染の適用） | なし | なし | あり | なし | なし | あり |
| 検出シグナル | 蛍光
| 蛍光
| 蛍光
| 発色または蛍光
| 蛍光 Invitrogen Alexa Fluor 488、546、594、647、および750色素 | 蛍光
|
| 解析装置 | 蛍光顕微鏡またはハイコンテントイメージングシステム | ハイコンテントイメージングシステム | 蛍光顕微鏡またはハイコンテントイメージングシステム | 蛍光顕微鏡または明視野顕微鏡 | 蛍光顕微鏡、ハイコンテントイメージングシステム、またはスライドスキャナー | フローサイトメーター |
| アッセイフォーマット | スライド、チャンバースライド、または96ウェルプレート | 96または384ウェルプレート | スライド、チャンバースライド、または96ウェルプレート | 組織切片スライド | 組織切片スライド
| チューブまたは96ウェルV底プレート |
入手可能な（在庫がある）プローブセットを検索
プレートリーダーフォーマットでのRNA検出にご興味のある方はこちら
RNA検出用のQuantiGeneシングルプレックスアッセイを参照してください
リソース
サポート
For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.